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- PDB-9k2e: Crystal structure of mSMPDL3B-dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9k2e
タイトルCrystal structure of mSMPDL3B-dimer
要素Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3b
キーワードHYDROLASE / Dimer / N-Glycosylation / GPI-anchor / Lipid-modulating phosphodiesterase.
機能・相同性
機能・相同性情報


sphingomyelin catabolic process / membrane lipid catabolic process / sphingomyelin phosphodiesterase activity / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / phosphoric diester hydrolase activity / side of membrane / negative regulation of innate immune response / negative regulation of inflammatory response ...sphingomyelin catabolic process / membrane lipid catabolic process / sphingomyelin phosphodiesterase activity / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / phosphoric diester hydrolase activity / side of membrane / negative regulation of innate immune response / negative regulation of inflammatory response / inflammatory response / innate immune response / extracellular space / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase, predicted / Acid sphingomyelinase/endopolyphosphatase, metallophosphatase domain / Sphingomyelin phosphodiesterase, C-terminal domain / Acid sphingomyelin phosphodiesterase C-terminal region / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3b
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Zhang, C.G. / Hou, Y.F. / Liu, P.Y. / Fan, S.L.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82241074 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070875 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Membrane integrity changes upon viral infection activate sphingomyelinase SMPDL3B to restrict cGAS-STING signaling via cGAMP degradation
著者: Zhang, C.G. / Hou, Y.F.
履歴
登録2024年10月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3b
B: Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,45911
ポリマ－96,3442
非ポリマー1,1159
水12,124673
1
A: Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6195
ポリマ－48,1721
非ポリマー4474
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area680 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area15940 Å2
手法PISA
2
B: Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8406
ポリマ－48,1721
非ポリマー6685
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area16050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.800, 87.430, 93.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3b / ASM-like phosphodiesterase 3b


分子量: 48171.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Smpdl3b, Asml3b
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P58242, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 673 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M BIS-TRIS [pH 5.5]

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→39.49 Å / Num. obs: 103192 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 22.35 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.02→2.07 Å / Num. unique obs: 3863 / CC1/2: 0.739

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.02→39.49 Å / SU ML: 0.233 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.4077
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2339 3917 3.8 %
Rwork0.2223 99275 -
obs0.2228 103192 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→39.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6599 0 56 673 7328
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00366855
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70459357
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451993
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00611220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.98372452
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.02-2.040.29971410.32683492X-RAY DIFFRACTION99.13
2.04-2.070.33161350.30013538X-RAY DIFFRACTION99.32
2.07-2.10.37711410.3033575X-RAY DIFFRACTION99.36
2.1-2.130.29831410.3043590X-RAY DIFFRACTION99.31
2.13-2.160.30061360.29323515X-RAY DIFFRACTION99.35
2.16-2.190.28571420.26663548X-RAY DIFFRACTION99.43
2.19-2.220.26541340.26363479X-RAY DIFFRACTION99.15
2.22-2.260.34161430.27013599X-RAY DIFFRACTION99.55
2.26-2.30.24791430.26223617X-RAY DIFFRACTION99.47
2.3-2.340.26131360.26063482X-RAY DIFFRACTION99.26
2.34-2.390.29381410.2593526X-RAY DIFFRACTION99.24
2.39-2.430.26811410.26053540X-RAY DIFFRACTION99.19
2.43-2.490.28321410.25513554X-RAY DIFFRACTION99.6
2.49-2.540.28771420.25533613X-RAY DIFFRACTION99.36
2.55-2.610.25391390.23943476X-RAY DIFFRACTION99.23
2.61-2.680.28391410.23653619X-RAY DIFFRACTION99.55
2.68-2.760.28261380.23763478X-RAY DIFFRACTION99.48
2.76-2.850.24421440.23623575X-RAY DIFFRACTION99.33
2.85-2.950.26251370.22773536X-RAY DIFFRACTION99.7
2.95-3.070.22761390.22873543X-RAY DIFFRACTION99.35
3.07-3.210.22761430.2143583X-RAY DIFFRACTION98.99
3.21-3.380.24891370.20123564X-RAY DIFFRACTION99.38
3.38-3.590.20391380.19273519X-RAY DIFFRACTION99.29
3.59-3.860.16781400.17353553X-RAY DIFFRACTION99.35
3.86-4.250.16891450.16893553X-RAY DIFFRACTION99.44
4.25-4.870.17961400.16583522X-RAY DIFFRACTION99.32
4.87-6.130.18231350.18643557X-RAY DIFFRACTION99.38
6.13-39.490.19711440.20013529X-RAY DIFFRACTION98.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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