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万見
- PDB-9k1w: Structure of the SF3B core, harboring the K700E mutation in SF3B1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9k1w
タイトルStructure of the SF3B core, harboring the K700E mutation in SF3B1, in complex with intron-U2 snRNA
要素
  • (Splicing factor 3B subunit ...) x 3
  • PHD finger-like domain-containing protein 5A
  • U2 snRNA
  • pre-mRNA intron
キーワードSPLICING/RNA / mRNA splicing / K700E mutation / SPLICING-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


U11/U12 snRNP / B-WICH complex / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / splicing factor binding / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / SAGA complex / U2 snRNP ...U11/U12 snRNP / B-WICH complex / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / splicing factor binding / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / SAGA complex / U2 snRNP / U2-type prespliceosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / regulation of RNA splicing / mRNA Splicing - Minor Pathway / U2 snRNA binding / regulation of DNA repair / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / stem cell differentiation / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of protein catabolic process / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / nuclear matrix / nuclear speck / chromatin remodeling / mRNA binding / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Splicing factor 3B, subunit 5 / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1 / PHF5-like / PHF5-like protein / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / : / PPP2R1A-like HEAT repeat ...Splicing factor 3B, subunit 5 / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1 / PHF5-like / PHF5-like protein / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / : / PPP2R1A-like HEAT repeat / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 3 / PHD finger-like domain-containing protein 5A / Splicing factor 3B subunit 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zhang, Y. / Yin, C. / Huang, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: A common structural mechanism for RNA recognition by the SF3B complex in mRNA splicing and export.
著者: Yuzhu Zhang / Changping Yin / Yimin Wang / Kunming Yan / Bo Zhao / Xin Hu / Youzhong Wan / Hong Cheng / Jing Huang /
要旨: The SF3B complex plays a critical role in branch point adenosine recognition during pre-mRNA splicing. Its largest subunit SF3B1 is frequently mutated in cancers, leading to aberrant alternative ...The SF3B complex plays a critical role in branch point adenosine recognition during pre-mRNA splicing. Its largest subunit SF3B1 is frequently mutated in cancers, leading to aberrant alternative splicing. Besides its function in pre-mRNA splicing, the SF3B complex also binds mature or intronless mRNAs to facilitate their nuclear export. Notably, the RNA motifs recognized by the SF3B complex exhibit no apparent sequence similarities, raising the question of how the SF3B complex recognizes diverse mRNA sequences for various cellular activities. Here we report the cryo-EM structures of the human SF3B complex associated with either intronless histone mRNAs or intron-U2 snRNA. These structures unveil that both mRNA molecules adopt a similar conformation featuring a bulged adenosine and bind the SF3B complex in a remarkably resembling manner, suggesting that SF3B recognizes the specific shape rather than the sequence of its RNA targets. Further cryo-EM and molecular dynamics analyses of the hotspot-mutant SF3B complexes bound to intron-U2 snRNA demonstrate that the SF3B1K700E and SF3B1R625H mutations similarly repel the attachment of the intronic polypyrimidine tract around the mutation sites, leading to reduced RNA-binding affinity. Altogether, our study provides structural insights into the RNA-recognition mechanism of the SF3B complex and suggests that the cancer-associated SF3B1 mutations could potentially affect multiple cellular processes including mRNA splicing and export, which advances our understanding of the pathogenic mechanisms of the SF3B1 mutations.
履歴
登録2024年10月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Splicing factor 3B subunit 1
D: PHD finger-like domain-containing protein 5A
A: Splicing factor 3B subunit 3
B: Splicing factor 3B subunit 5
G: pre-mRNA intron
H: U2 snRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,0689
ポリマ－276,8726
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Splicing factor 3B subunit ... , 3種, 3分子 CAB

#1: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 1 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 155 kDa subunit / SF3b155 / Spliceosome-associated protein 155 / SAP 155


分子量: 101192.609 Da / 分子数: 1 / 変異: K700E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF3B1, SAP155 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O75533
#3: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 3 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 130 kDa subunit / SF3b130 / STAF130 / Spliceosome-associated protein ...Pre-mRNA-splicing factor SF3b 130 kDa subunit / SF3b130 / STAF130 / Spliceosome-associated protein 130 / SAP 130


分子量: 136678.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF3B3, KIAA0017, SAP130 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q15393
#4: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 5 / SF3b5 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 10 kDa subunit


分子量: 10149.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF3B5, SF3B10 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BWJ5

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RNA鎖 , 2種, 2分子 GH

#5: RNA鎖 pre-mRNA intron


分子量: 10718.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他)
#6: RNA鎖 U2 snRNA


分子量: 5705.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他)

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 4分子 D

#2: タンパク質 PHD finger-like domain-containing protein 5A / PHD finger-like domain protein 5A / Splicing factor 3B-associated 14 kDa protein / SF3b14b


分子量: 12427.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHF5A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7RTV0
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SF3B core with K700E mutation in SF3B1 complexed with intron-U2 snRNA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 62574 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00218096
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.48824675
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.0922742
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0412833
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033058

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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