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- EMDB-61984: Structure of the SF3B core, harboring the R625H mutation in SF3B1... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61984
タイトルStructure of the SF3B core, harboring the R625H mutation in SF3B1, in complex with intron-U2 snRNA
マップデータ
試料
  • 複合体: SF3B core with R625H mutation in SF3B1 complexed with intron-U2 snRNA
    • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: PHD finger-like domain-containing protein 5A
    • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 5
    • RNA: pre-mRNA intron
    • RNA: U2 snRNA
  • リガンド: ZINC ION
キーワードmRNA splicing / hotspot mutation / SPLICING/RNA / SPLICING-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


U11/U12 snRNP / B-WICH complex / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / splicing factor binding / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / SAGA complex / U2 snRNP ...U11/U12 snRNP / B-WICH complex / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / splicing factor binding / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / SAGA complex / U2 snRNP / U2-type prespliceosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / precatalytic spliceosome / regulation of RNA splicing / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / U2 snRNA binding / regulation of DNA repair / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / stem cell differentiation / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of protein catabolic process / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / nuclear matrix / nuclear speck / chromatin remodeling / mRNA binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Splicing factor 3B, subunit 5 / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1 / PHF5-like / PHF5-like protein / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / : / PPP2R1A-like HEAT repeat ...Splicing factor 3B, subunit 5 / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1 / PHF5-like / PHF5-like protein / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / : / PPP2R1A-like HEAT repeat / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 3 / PHD finger-like domain-containing protein 5A / Splicing factor 3B subunit 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhang Y / Yin C / Huang J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: A common structural mechanism for RNA recognition by the SF3B complex in mRNA splicing and export.
著者: Yuzhu Zhang / Changping Yin / Yimin Wang / Kunming Yan / Bo Zhao / Xin Hu / Youzhong Wan / Hong Cheng / Jing Huang /
要旨: The SF3B complex plays a critical role in branch point adenosine recognition during pre-mRNA splicing. Its largest subunit SF3B1 is frequently mutated in cancers, leading to aberrant alternative ...The SF3B complex plays a critical role in branch point adenosine recognition during pre-mRNA splicing. Its largest subunit SF3B1 is frequently mutated in cancers, leading to aberrant alternative splicing. Besides its function in pre-mRNA splicing, the SF3B complex also binds mature or intronless mRNAs to facilitate their nuclear export. Notably, the RNA motifs recognized by the SF3B complex exhibit no apparent sequence similarities, raising the question of how the SF3B complex recognizes diverse mRNA sequences for various cellular activities. Here we report the cryo-EM structures of the human SF3B complex associated with either intronless histone mRNAs or intron-U2 snRNA. These structures unveil that both mRNA molecules adopt a similar conformation featuring a bulged adenosine and bind the SF3B complex in a remarkably resembling manner, suggesting that SF3B recognizes the specific shape rather than the sequence of its RNA targets. Further cryo-EM and molecular dynamics analyses of the hotspot-mutant SF3B complexes bound to intron-U2 snRNA demonstrate that the SF3B1K700E and SF3B1R625H mutations similarly repel the attachment of the intronic polypyrimidine tract around the mutation sites, leading to reduced RNA-binding affinity. Altogether, our study provides structural insights into the RNA-recognition mechanism of the SF3B complex and suggests that the cancer-associated SF3B1 mutations could potentially affect multiple cellular processes including mRNA splicing and export, which advances our understanding of the pathogenic mechanisms of the SF3B1 mutations.
履歴
登録2024年10月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月3日-
マップ公開2025年9月3日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61984.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61984.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 75.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 270 pix.
= 297. Å		1.1 Å/pix.
x 270 pix.
= 297. Å		1.1 Å/pix.
x 270 pix.
= 297. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.032349423 - 0.07002001
平均 (標準偏差)-0.0000014689157 (±0.0022154977)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ270270270
Spacing270270270
セルA=B=C: 297.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_61984_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61984_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61984_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SF3B core with R625H mutation in SF3B1 complexed with intron-U2 snRNA

全体名称: SF3B core with R625H mutation in SF3B1 complexed with intron-U2 snRNA
要素
  • 複合体: SF3B core with R625H mutation in SF3B1 complexed with intron-U2 snRNA
    • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: PHD finger-like domain-containing protein 5A
    • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 5
    • RNA: pre-mRNA intron
    • RNA: U2 snRNA
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: SF3B core with R625H mutation in SF3B1 complexed with intron-U2 snRNA

超分子名称: SF3B core with R625H mutation in SF3B1 complexed with intron-U2 snRNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Splicing factor 3B subunit 1

分子名称: Splicing factor 3B subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 101.173633 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MASAWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EKSDLEVLFQ GPLGSMKSVN DQPSGNLPFL KPDDIQYFDK LLVDVDESTL SPEEQKERK IMKLLLKIKN GTPPMRKAAL RQITDKAREF GAGPLFNQIL PLLMSPTLED QERHLLVKVI DRILYKLDDL V RPYVHKIL ...文字列:
MASAWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EKSDLEVLFQ GPLGSMKSVN DQPSGNLPFL KPDDIQYFDK LLVDVDESTL SPEEQKERK IMKLLLKIKN GTPPMRKAAL RQITDKAREF GAGPLFNQIL PLLMSPTLED QERHLLVKVI DRILYKLDDL V RPYVHKIL VVIEPLLIDE DYYARVEGRE IISNLAKAAG LATMISTMRP DIDNMDEYVH NTTARAFAVV ASALGIPSLL PF LKAVCKS KKSWQARHTG IKIVQQIAIL MGCAILPHLR SLVEIIEHGL VDEQQKVRTI SALAIAALAE AATPYGIESF DSV LKPLWK GIRQHRGKGL AAFLKAIGYL IPLMDAEYAN YYTREVMLIL IREFQSPDEE MKKIVLKVVK QCCGTDGVEA NYIK TEILP PFFKHFWQHR MALDRRNYRQ LVDTTVELAN KVGAAEIISR IVDDLKDEAE QYRKMVMETI EKIMGNLGAA DIDHK LEEQ LIDGILYAFQ EQTTEDSVML NGFGTVVNAL GKRVKPYLPQ ICGTVLWRLN NKSAKVRQQA ADLISRTAVV MKTCQE EKL MGHLGVVLYE YLGEEYPEVL GSILGALKAI VNVIGMHKMT PPIKDLLPRL TPILKNRHEK VQENCIDLVG RIADRGA EY VSAREWMRIC FELLELLKAH KKAIRRATVN TFGYIAKAIG PHDVLATLLN NLKVQERQNR VCTTVAIAIV AETCSPFT V LPALMNEYRV PELNVQNGVL KSLSFLFEYI GEMGKDYIYA VTPLLEDALM DRDLVHRQTA SAVVQHMSLG VYGFGCEDS LNHLLNYVWP NVFETSPHVI QAVMGALEGL RVAIGPCRML QYCLQGLFHP ARKVRDVYWK IYNSIYIGSQ DALIAHYPRI YNDDKNTYI RYELDYIL

UniProtKB: Splicing factor 3B subunit 1

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分子 #2: PHD finger-like domain-containing protein 5A

分子名称: PHD finger-like domain-containing protein 5A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.427524 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MAKHHPDLIF CRKQAGVAIG RLCEKCDGKC VICDSYVRPC TLVRICDECN YGSYQGRCVI CGGPGVSDAY YCKECTIQEK DRDGCPKIV NLGSSKTDLF YERKKYGFKK R

UniProtKB: PHD finger-like domain-containing protein 5A

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分子 #3: Splicing factor 3B subunit 3

分子名称: Splicing factor 3B subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 136.678891 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHHHHHHMFL YNLTLQRATG ISFAIHGNFS GTKQQEIVVS RGKILELLRP DPNTGKVHTL LTVEVFGVIR SLMAFRLTGG TKDYIVVGS DSGRIVILEY QPSKNMFEKI HQETFGKSGC RRIVPGQFLA VDPKGRAVMI SAIEKQKLVY ILNRDAAARL T ISSPLEAH ...文字列:
MHHHHHHMFL YNLTLQRATG ISFAIHGNFS GTKQQEIVVS RGKILELLRP DPNTGKVHTL LTVEVFGVIR SLMAFRLTGG TKDYIVVGS DSGRIVILEY QPSKNMFEKI HQETFGKSGC RRIVPGQFLA VDPKGRAVMI SAIEKQKLVY ILNRDAAARL T ISSPLEAH KANTLVYHVV GVDVGFENPM FACLEMDYEE ADNDPTGEAA ANTQQTLTFY ELDLGLNHVV RKYSEPLEEH GN FLITVPG GSDGPSGVLI CSENYITYKN FGDQPDIRCP IPRRRNDLDD PERGMIFVCS ATHKTKSMFF FLAQTEQGDI FKI TLETDE DMVTEIRLKY FDTVPVAAAM CVLKTGFLFV ASEFGNHYLY QIAHLGDDDE EPEFSSAMPL EEGDTFFFQP RPLK NLVLV DELDSLSPIL FCQIADLANE DTPQLYVACG RGPRSSLRVL RHGLEVSEMA VSELPGNPNA VWTVRRHIED EFDAY IIVS FVNATLVLSI GETVEEVTDS GFLGTTPTLS CSLLGDDALV QVYPDGIRHI RADKRVNEWK TPGKKTIVKC AVNQRQ VVI ALTGGELVYF EMDPSGQLNE YTERKEMSAD VVCMSLANVP PGEQRSRFLA VGLVDNTVRI ISLDPSDCLQ PLSMQAL PA QPESLCIVEM GGTEKQDELG ERGSIGFLYL NIGLQNGVLL RTVLDPVTGD LSDTRTRYLG SRPVKLFRVR MQGQEAVL A MSSRSWLSYS YQSRFHLTPL SYETLEFASG FASEQCPEGI VAISTNTLRI LALEKLGAVF NQVAFPLQYT PRKFVIHPE SNNLIIIETD HNAYTEATKA QRKQQMAEEM VEAAGEDERE LAAEMAAAFL NENLPESIFG APKAGNGQWA SVIRVMNPIQ GNTLDLVQL EQNEAAFSVA VCRFSNTGED WYVLVGVAKD LILNPRSVAG GFVYTYKLVN NGEKLEFLHK TPVEEVPAAI A PFQGRVLI GVGKLLRVYD LGKKKLLRKC ENKHIANYIS GIQTIGHRVI VSDVQESFIW VRYKRNENQL IIFADDTYPR WV TTASLLD YDTVAGADKF GNICVVRLPP NTNDEVDEDP TGNKALWDRG LLNGASQKAE VIMNYHVGET VLSLQKTTLI PGG SESLVY TTLSGGIGIL VPFTSHEDHD FFQHVEMHLR SEHPPLCGRD HLSFRSYYFP VKNVIDGDLC EQFNSMEPNK QKNV SEELD RTPPEVSKKL EDIRTRYAF

UniProtKB: Splicing factor 3B subunit 3

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分子 #4: Splicing factor 3B subunit 5

分子名称: Splicing factor 3B subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.149369 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MTDRYTIHSQ LEHLQSKYIG TGHADTTKWE WLVNQHRDSY CSYMGHFDLL NYFAIAENES KARVRFNLME KMLQPCGPPA DKPEEN

UniProtKB: Splicing factor 3B subunit 5

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分子 #5: pre-mRNA intron

分子名称: pre-mRNA intron / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.718358 KDa
配列文字列:
GAACAGAUAC UGACACAGUC CCUUUUUUUU CCAC

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分子 #6: U2 snRNA

分子名称: U2 snRNA / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 5.705339 KDa
配列文字列:
GUGUAGUAUC UGUUCUUG

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分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 71636
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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