PDB-9jyr: Crystal structure of the PIN1 and fragment 4 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jyr

タイトル

Crystal structure of the PIN1 and fragment 4 complex

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

キーワード

ISOMERASE / cis-trans isomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

cis-trans isomerase activity / phosphothreonine residue binding / negative regulation of cell motility / ubiquitin ligase activator activity / regulation of protein localization to nucleus / GTPase activating protein binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / protein targeting to mitochondrion / protein peptidyl-prolyl isomerization / regulation of mitotic nuclear division ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Xiao, Q.J. / Wu, T.T. / Shu, H.L. / Qin, W.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Uncovering druggable hotspots on Pin1 via X-ray crystallographic fragment screening.
著者: Xiao, Q. / Tang, J. / Shu, H. / Wu, T. / Zhang, H. / Wang, W. / Wang, L. / Qin, W.

履歴

登録	2024年10月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jyr.cif.gz	79.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jyr.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jyr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jyr_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jyr_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9jyr_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	9jyr_validation.cif.gz	15 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/9jyr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/9jyr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jyoC 9jypC 9jytC 9jyvC 9jz2C 9jz3C 9jz4C 9jz6C 9jzgC 9jzsC 9jzuC 9jzvC 9ke7C 9ke9C 9kebC 9kecC 9kelC 9keqC 9kesC 9kewC 9keyC 9kezC 9kf0C 9kfcC 9kfhC 9kg9C 9kxhC 9kxiC 9kxjC 9kxlC 9kxmC 9kxnC 9kxqC 9v92C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (8) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (8)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

ヘテロ分子

19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.393, 69.393, 79.998
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase Pin1 / PPIase Pin1 / Rotamase Pin1 分子量: 18185.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIN1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13526, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1ED0 / 1H-indol-4-ylmethanol / Indole-4-methanol 分子量: 147.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₉NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₉
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.77 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 2.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M HEPES BUFFER PH7.5, 1% PEG 40

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: NFPSS

/ ビームライン: BL18U / 波長: 0.96 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 27408 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.7 % / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.157 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.161 / Χ²: 1.115 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 540195

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.65-1.68	20.2	3.429	1338	0.877	0.967	0.765	3.514	0.508	99.6
1.68-1.71	20.1	2.742	1361	0.909	0.976	0.616	2.811	0.517	99.6
1.71-1.74	19.5	2.315	1359	0.94	0.984	0.532	2.376	0.555	99.7
1.74-1.78	20.3	1.902	1328	0.939	0.984	0.425	1.949	0.547	100
1.78-1.82	20.2	1.324	1339	0.971	0.993	0.298	1.358	0.589	99.8
1.82-1.86	19.9	1.204	1367	0.967	0.992	0.273	1.235	0.618	99.9
1.86-1.9	20.7	2.616	1348	0.976	0.994	0.579	2.681	0.716	99.9
1.9-1.96	18.8	1.263	1346	0.958	0.989	0.299	1.299	2.281	99.9
1.96-2.01	20.3	0.687	1349	0.987	0.997	0.154	0.704	0.771	99.9
2.01-2.08	19.5	0.43	1372	0.989	0.997	0.099	0.441	0.854	100
2.08-2.15	20.4	0.353	1364	0.991	0.998	0.079	0.362	0.885	100
2.15-2.24	19	0.327	1365	0.994	0.999	0.077	0.336	1.044	100
2.24-2.34	18.2	0.303	1347	0.98	0.995	0.079	0.313	1.68	100
2.34-2.46	20.6	0.19	1392	0.996	0.999	0.043	0.194	1.058	100
2.46-2.62	19.8	0.154	1348	0.996	0.999	0.035	0.158	1.183	100
2.62-2.82	20.3	0.132	1386	0.997	0.999	0.03	0.136	1.31	100
2.82-3.11	20.1	0.106	1383	0.997	0.999	0.024	0.109	1.531	100
3.11-3.55	20.2	0.089	1407	0.998	1	0.02	0.092	1.885	100
3.55-4.48	18.5	0.085	1408	0.998	1	0.02	0.087	2.313	100
4.48-50	18	0.067	1501	0.998	0.999	0.016	0.069	1.59	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19_4092: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→30.05 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2176	2001	7.37 %
R_work	0.2054	-	-
obs	0.2063	27152	99.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→30.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1211	0	10	135	1356

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1245
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.92	1664
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.57	206
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	163
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	213

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.69	0.3511	142	0.3159	1780	X-RAY DIFFRACTION	99
1.69-1.74	0.3137	144	0.2815	1781	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.79	0.2814	139	0.2622	1774	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.84	0.2667	143	0.2164	1776	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.91	0.3008	138	0.2658	1730	X-RAY DIFFRACTION	97
1.91-1.99	0.313	137	0.2947	1698	X-RAY DIFFRACTION	94
1.99-2.08	0.2308	144	0.2027	1802	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.19	0.2069	141	0.2151	1797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.32	0.218	144	0.2465	1792	X-RAY DIFFRACTION	98
2.32-2.5	0.2187	139	0.2002	1799	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.75	0.1997	145	0.2156	1809	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-3.15	0.2184	147	0.2002	1830	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.97	0.1966	143	0.1801	1843	X-RAY DIFFRACTION	100
3.97-30.05	0.1887	155	0.1742	1940	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.246	1.1999	-0.7352	4.4646	-0.5078	3.4919	-0.162	0.8169	-0.937	-0.4193	0.3955	-1.4807	0.5833	0.2774	-0.0823	0.4382	-0.083	-0.0234	0.3151	-0.0427	0.566	-14.8098	17.4627	1.8606
2	2.9883	1.8445	-0.7578	2.2038	0.59	2.0147	0.0641	-0.0176	-0.1702	0.0221	-0.1045	-0.4986	0.02	0.5038	0.0694	0.3234	-0.1399	0.0163	0.2857	0.0082	0.3048	-16.6181	21.8509	4.6679
3	3.2908	-2.2018	0.2192	2.947	-0.0465	2.5774	-0.1156	-0.2789	-0.3043	-0.1108	0.2563	0.3968	0.8952	-0.4179	-0.1196	0.2664	-0.1323	-0.0036	0.2528	0.0261	0.181	-31.6421	17.3249	18.2673
4	4.2033	0.6366	1.5317	2.6054	0.0398	0.57	0.0758	0.2174	-0.4538	-0.3138	-0.1285	0.1747	0.3181	-0.4445	-0.2871	0.0383	-0.2536	-0.1147	0.8892	-0.0176	0.2626	-45.6196	23.5992	9.1376
5	2.676	0.4824	-0.8058	1.4535	-0.1549	2.4597	-0.0104	-0.0903	0.2314	-0.0954	0.0348	0.0395	-0.1539	-0.3815	-0.0101	0.1493	-0.0441	0.0006	0.2594	0.0201	0.2164	-34.4474	31.1558	13.9627
6	1.7008	-1.3102	-0.5765	1.0295	0.8675	2.3658	-0.1409	-0.0623	-0.2224	0.068	-0.0135	0.1273	0.9292	-0.6999	0.0773	0.343	-0.2224	0.0248	0.4141	0.0208	0.2679	-35.358	16.1244	19.2639
7	2.3511	-0.3562	0.3749	1.6166	-0.0336	1.9121	-0.0417	0.037	-0.0877	-0.1949	0.0963	-0.0702	0.6663	-0.2725	-0.0688	0.3041	-0.1575	0.0138	0.2304	-0.0025	0.1979	-28.6221	17.0057	12.1683

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 53 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 54 through 62 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 63 through 72 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 73 through 110 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 111 through 131 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 132 through 163 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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