PDB-9jyp: Crystal structure of the PIN1 and fragment 3 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jyp

タイトル

Crystal structure of the PIN1 and fragment 3 complex

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

キーワード

ISOMERASE / cis-trans isomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

cis-trans isomerase activity / phosphothreonine residue binding / negative regulation of cell motility / ubiquitin ligase activator activity / regulation of protein localization to nucleus / GTPase activating protein binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / protein targeting to mitochondrion / protein peptidyl-prolyl isomerization / regulation of mitotic nuclear division ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Xiao, Q.J. / Wu, T.T. / Shu, H.L. / Qin, W.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Uncovering druggable hotspots on Pin1 via X-ray crystallographic fragment screening.
著者: Xiao, Q. / Tang, J. / Shu, H. / Wu, T. / Zhang, H. / Wang, W. / Wang, L. / Qin, W.

履歴

登録	2024年10月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jyp.cif.gz	80 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jyp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jyp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jyp_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jyp_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9jyp_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	9jyp_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/9jyp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/9jyp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jyoC 9jyrC 9jytC 9jyvC 9jz2C 9jz3C 9jz4C 9jz6C 9jzgC 9jzsC 9jzuC 9jzvC 9ke7C 9ke9C 9kebC 9kecC 9kelC 9keqC 9kesC 9kewC 9keyC 9kezC 9kf0C 9kfcC 9kfhC 9kg9C 9kxhC 9kxiC 9kxjC 9kxlC 9kxmC 9kxnC 9kxqC 9v92C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (8) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (8)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

ヘテロ分子

18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.668, 69.668, 79.223
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase Pin1 / PPIase Pin1 / Rotamase Pin1 分子量: 18185.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIN1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13526, peptidylprolyl isomerase

-
非ポリマー , 5種, 200分子

#2: 化合物	ChemComp-A1EDZ / 4-oxidanylidene-4-thiophen-2-yl-butanoic acid / 3-(2-Thenoyl)propionic acid 分子量: 184.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.7 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 2.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M HEPES BUFFER PH7.5, 1% PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: NFPSS

/ ビームライン: BL18U / 波長: 0.96 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 29763 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.1 % / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.141 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.145 / Χ²: 1.224 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 567077

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.6-1.63	15.3	1.951	1456	0.9	0.973	0.513	2.019	0.523	100
1.63-1.66	17.5	1.843	1478	0.924	0.98	0.453	1.899	0.538	100
1.66-1.69	18.5	1.72	1451	0.969	0.992	0.41	1.769	0.556	100
1.69-1.72	18.6	1.557	1470	0.958	0.989	0.371	1.601	0.598	100
1.72-1.76	19	1.446	1470	0.965	0.991	0.34	1.486	0.601	100
1.76-1.8	19.7	0.99	1476	0.983	0.996	0.228	1.016	0.631	100
1.8-1.85	19.4	0.852	1460	0.986	0.996	0.197	0.875	0.709	100
1.85-1.9	20.1	0.891	1482	0.986	0.996	0.204	0.914	0.943	100
1.9-1.95	18.8	0.739	1466	0.989	0.997	0.175	0.76	1.361	100
1.95-2.02	20	0.463	1454	0.991	0.998	0.106	0.475	1.039	100
2.02-2.09	19	0.399	1499	0.993	0.998	0.093	0.41	1.282	100
2.09-2.17	20.1	0.295	1474	0.994	0.999	0.067	0.303	1.199	100
2.17-2.27	19.1	0.24	1484	0.994	0.998	0.056	0.247	1.428	100
2.27-2.39	20.6	0.197	1494	0.997	0.999	0.044	0.201	1.282	100
2.39-2.54	20.2	0.157	1473	0.997	0.999	0.036	0.161	1.407	100
2.54-2.74	19.7	0.138	1502	0.996	0.999	0.032	0.142	1.608	100
2.74-3.01	19.9	0.107	1521	0.997	0.999	0.025	0.11	1.702	100
3.01-3.45	20	0.089	1503	0.998	1	0.02	0.091	2.043	100
3.45-4.34	17.8	0.076	1531	0.999	1	0.018	0.078	2.495	99.9
4.34-50	18	0.07	1619	0.998	0.999	0.017	0.073	2.201	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19_4092: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→28.19 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2161	1982	6.69 %
R_work	0.1873	-	-
obs	0.1892	29630	99.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1198	0	11	195	1404

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1232
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.973	1648
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.42	190
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	163
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	215

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.329	137	0.2784	1873	X-RAY DIFFRACTION	96
1.64-1.69	0.2511	135	0.2321	1952	X-RAY DIFFRACTION	99
1.69-1.73	0.2653	136	0.231	1959	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.79	0.2181	136	0.2194	1962	X-RAY DIFFRACTION	99
1.79-1.85	0.2339	141	0.2164	1936	X-RAY DIFFRACTION	99
1.85-1.93	0.2562	146	0.2126	1961	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-2.02	0.2718	137	0.2021	1940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.12	0.2143	143	0.1905	1981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.26	0.22	146	0.1993	1983	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.43	0.2178	140	0.1911	1978	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.67	0.2245	142	0.1998	2009	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-3.06	0.2065	145	0.1993	1986	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.85	0.1966	149	0.1689	2030	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-28.19	0.2046	149	0.1643	2098	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2584	0.3196	0.0771	0.4545	0.2303	0.397	-0.0545	0.1279	-0.18	0.0282	-0.0312	-0.3222	0.0282	0.2206	0.0039	0.3452	-0.1677	0.0093	0.2496	0.0099	0.3137	-15.9508	20.5764	3.562
2	0.5543	-0.3147	-0.1625	0.4085	0.071	0.3585	-0.0165	0.0678	0.0024	-0.1114	-0.0603	-0.0878	0.5954	-0.4759	-0.0125	0.2258	-0.1329	-0.0307	0.3754	0.0145	0.1769	-38.9043	20.5719	13.3453
3	0.565	-0.2146	-0.2615	0.4176	0.1801	0.3292	0.0513	-0.0569	0.2282	-0.097	-0.0025	-0.0024	-0.1372	-0.3245	0.0001	0.1576	-0.0271	-0.0052	0.3118	0.04	0.228	-34.4243	31.261	13.6162
4	0.7689	-0.3854	-0.1687	0.7661	0.198	0.6333	-0.13	-0.0646	-0.0078	-0.073	0.1339	-0.0123	0.5208	-0.4556	-0.0089	0.2826	-0.1243	-0.0064	0.2468	0.0179	0.1895	-31.149	16.7695	14.658

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 53 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 54 through 72 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 73 through 110 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 111 through 163 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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