PDB-9jyo: Crystal structure of the Pin1 and fragment 2 complex.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jyo

タイトル

Crystal structure of the Pin1 and fragment 2 complex.

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

キーワード

ISOMERASE / cis-trans isomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

cis-trans isomerase activity / phosphothreonine residue binding / negative regulation of cell motility / ubiquitin ligase activator activity / regulation of protein localization to nucleus / GTPase activating protein binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / protein targeting to mitochondrion / protein peptidyl-prolyl isomerization / regulation of mitotic nuclear division ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Xiao, Q.J. / Wu, T.T. / Shu, H.L. / Qin, W.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Uncovering druggable hotspots on Pin1 via X-ray crystallographic fragment screening.
著者: Xiao, Q. / Tang, J. / Shu, H. / Wu, T. / Zhang, H. / Wang, W. / Wang, L. / Qin, W.

履歴

登録	2024年10月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jyo.cif.gz	79.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jyo.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jyo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jyo_validation.pdf.gz	1014.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jyo_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9jyo_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	9jyo_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/9jyo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/9jyo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jypC 9jyrC 9jytC 9jyvC 9jz2C 9jz3C 9jz4C 9jz6C 9jzgC 9jzsC 9jzuC 9jzvC 9ke7C 9ke9C 9kebC 9kecC 9kelC 9keqC 9kesC 9kewC 9keyC 9kezC 9kf0C 9kfcC 9kfhC 9kg9C 9kxhC 9kxiC 9kxjC 9kxlC 9kxmC 9kxnC 9kxqC 9v92C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (8) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (8)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

ヘテロ分子

18.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.512, 69.512, 79.653
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase Pin1 / PPIase Pin1 / Rotamase Pin1 分子量: 18185.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIN1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13526, peptidylprolyl isomerase

-
非ポリマー , 5種, 172分子

#2: 化合物	ChemComp-A1EDY / 2-(4-aminophenyl)ethanoic acid / 4-Aminophenylacetic acid 分子量: 151.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₉NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₉
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.74 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 2.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M HEPES BUFFER PH7.5, 1% PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: NFPSS

/ ビームライン: BL18U / 波長: 0.96 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 30114 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.7 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.145 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.149 / Χ²: 1.619 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 594558

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.6-1.63	18.2	0.945	1509	0.919	0.979	0.225	0.972	0.548	100
1.63-1.66	20.1	0.9	1472	0.93	0.982	0.206	0.924	0.571	100
1.66-1.69	20.2	0.798	1479	0.96	0.99	0.181	0.819	0.599	100
1.69-1.72	20	0.689	1472	0.968	0.992	0.158	0.707	0.634	100
1.72-1.76	19.7	0.567	1487	0.965	0.991	0.131	0.582	0.689	100
1.76-1.8	20.3	0.459	1468	0.981	0.995	0.105	0.471	0.75	100
1.8-1.85	19.7	0.4	1503	0.982	0.996	0.092	0.41	0.866	100
1.85-1.9	20.7	0.376	1502	0.985	0.996	0.085	0.385	0.995	100
1.9-1.95	19.9	0.474	1482	0.979	0.995	0.111	0.487	1.792	100
1.95-2.02	20.3	0.279	1483	0.989	0.997	0.064	0.286	1.355	100
2.02-2.09	19.5	0.245	1497	0.99	0.998	0.057	0.252	1.528	100
2.09-2.17	20.3	0.218	1508	0.991	0.998	0.05	0.224	1.649	100
2.17-2.27	19.2	0.225	1487	0.992	0.998	0.053	0.231	2.132	100
2.27-2.39	20.6	0.184	1505	0.992	0.998	0.042	0.189	1.919	100
2.39-2.54	20.3	0.163	1509	0.994	0.999	0.037	0.168	2.049	100
2.54-2.74	19.8	0.155	1503	0.992	0.998	0.036	0.16	2.263	100
2.74-3.01	19.9	0.141	1533	0.996	0.999	0.032	0.145	2.543	100
3.01-3.45	20.2	0.126	1522	0.996	0.999	0.029	0.129	2.978	100
3.45-4.34	18.3	0.111	1559	0.996	0.999	0.027	0.114	3.393	100
4.34-50	17.8	0.105	1634	0.996	0.999	0.025	0.108	3.104	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19_4092: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→28.16 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2211	1984	6.61 %
R_work	0.2007	-	-
obs	0.2021	30016	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1200	0	6	168	1374

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1228
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.888	1640
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.687	192
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	163
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	213

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.3718	139	0.3067	1948	X-RAY DIFFRACTION	99
1.64-1.68	0.2702	141	0.2644	1990	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.73	0.2616	142	0.2487	1979	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.79	0.269	144	0.2279	1991	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.85	0.2482	138	0.2259	1960	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.92	0.2727	133	0.2373	1989	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-2.01	0.2124	140	0.2252	1965	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.12	0.2377	147	0.2043	1993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.25	0.2485	144	0.2059	2003	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.42	0.2421	141	0.2047	1982	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.67	0.2101	141	0.2138	2031	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-3.05	0.23	146	0.2062	2014	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.84	0.2142	138	0.1843	2054	X-RAY DIFFRACTION	100
3.84-28.16	0.1828	150	0.1743	2133	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7979	0.802	0.0016	1.7383	-0.1298	2.4899	-0.2862	0.0389	-0.2387	-0.199	0.1666	-0.4582	0.2593	0.3134	0.0842	0.3143	-0.1534	0.0286	0.2483	-0.0031	0.2963	-19.1541	19.9141	6.5796
2	2.2504	-0.0753	-0.9174	1.3098	-0.0586	1.3565	-0.1026	0.0291	0.2797	-0.2175	0.1229	0.0589	-0.1424	-0.544	-0.0592	0.1657	-0.07	-0.0134	0.392	0.0491	0.212	-36.6983	29.5902	12.8543
3	1.8005	-0.6528	0.0211	1.3938	-0.1788	0.9692	-0.2349	-0.1002	-0.0978	-0.2101	0.2185	0.0237	0.6464	-0.562	-0.0138	0.311	-0.21	-0.0013	0.2973	0.0247	0.1864	-31.1362	16.7575	14.6954

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 62 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 110 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 111 through 163 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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