PDB-9jww: T200H Carbonic Anhydrase II pH 7.8 20 atm CO2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jww

タイトル

T200H Carbonic Anhydrase II pH 7.8 20 atm CO2

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.251 Å

データ登録者

Lim, S.W. / Kim, C.U.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cells / 年: 2025
タイトル: Conformational flexibility of His200 enables catalytic activity in the T200H mutant of carbonic anhydrase II.
著者: Lim, S.W. / Jeong, H. / Kim, G.H. / Min, D. / Kim, J.K. / Kim, C.U.

履歴

登録	2024年10月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jww.cif.gz	169.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jww.ent.gz	100.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jww.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jww_validation.pdf.gz	951.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jww_full_validation.pdf.gz	952.9 KB	表示
XML形式データ	9jww_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	9jww_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/9jww ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/9jww	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jweC 9jwuC 9u5bC 9jwm PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

30.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.659, 41.668, 72.587
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.683, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide ...Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide hydratase CA2 分子量: 30154.977 Da / 分子数: 1 / 変異: T200H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase, cyanamide hydratase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素分子量: 44.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.2 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.3M of Sodium Citrate, 50mM Tris-HCl pH 7.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→30 Å / Num. obs: 66624 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.074 / Χ²: 1.046 / Net I/σ(I): 28.076
反射シェル	解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 2.368 / Num. unique obs: 3111 / CC_1/2: 0.801 / CC star: 0.943 / R_pim(I) all: 0.282 / R_rim(I) all: 0.625 / Χ²: 0.759 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.251→29.321 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / WR_factor R_free: 0.161 / WR_factor R_work: 0.137 / SU B: 1.206 / SU ML: 0.024 / Average fsc free: 0.9845 / Average fsc work: 0.9897 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.04 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1593	3396	5.098 %
R_work	0.1365	63212	-
all	0.138	-	-
obs	-	66608	97.607 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.877 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.134 Å²	-0 Å²	0.125 Å²
2-	-	0.14 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.299 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.251→29.321 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2051	0	7	282	2340

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2230
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.887	1.821	3044
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.693	1.786	4776
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.106	5	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.771	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.715	10	374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.997	10	104
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	315
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2662
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	507
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	416
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.319	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.233	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.81	1.127	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.761	1.127	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.517	2.03	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.526	2.032	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.093	1.326	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.06	1.328	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.197	2.323	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.183	2.325	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.363	14.013	2535
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.636	12.633	2453
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.86	3	4284

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.251-1.284	0.256	208	0.226	4374	0.227	4978	0.972	0.979	92.045	0.204
1.284-1.319	0.192	231	0.174	4457	0.175	4904	0.981	0.986	95.5954	0.152
1.319-1.357	0.181	233	0.144	4352	0.146	4745	0.982	0.989	96.628	0.123
1.357-1.399	0.156	241	0.129	4228	0.13	4615	0.985	0.99	96.8364	0.108
1.399-1.444	0.153	252	0.113	4079	0.116	4458	0.985	0.992	97.1512	0.094
1.444-1.495	0.145	249	0.104	4002	0.106	4361	0.986	0.993	97.4776	0.088
1.495-1.551	0.128	213	0.102	3858	0.103	4173	0.989	0.994	97.5557	0.087
1.551-1.614	0.137	170	0.097	3787	0.099	4031	0.988	0.994	98.1642	0.085
1.614-1.686	0.13	192	0.099	3572	0.101	3830	0.989	0.994	98.2768	0.088
1.686-1.768	0.151	182	0.107	3476	0.109	3718	0.987	0.993	98.3862	0.097
1.768-1.863	0.143	185	0.113	3318	0.115	3552	0.988	0.993	98.6205	0.106
1.863-1.976	0.153	165	0.122	3114	0.124	3310	0.985	0.991	99.0634	0.117
1.976-2.111	0.158	156	0.131	2951	0.132	3133	0.985	0.991	99.1701	0.129
2.111-2.28	0.158	132	0.129	2781	0.13	2932	0.986	0.99	99.352	0.13
2.28-2.496	0.14	126	0.134	2557	0.134	2694	0.987	0.989	99.5917	0.139
2.496-2.788	0.192	148	0.149	2299	0.151	2454	0.978	0.986	99.7148	0.16
2.788-3.214	0.164	94	0.164	2079	0.164	2175	0.981	0.983	99.9081	0.182
3.214-3.925	0.143	114	0.146	1726	0.146	1844	0.987	0.987	99.7831	0.169
3.925-5.501	0.168	57	0.151	1395	0.151	1453	0.988	0.99	99.9312	0.18
5.501-29.321	0.208	48	0.214	806	0.213	854	0.978	0.977	100	0.252

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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