PDB-9u5b: T200H Carbonic Anhydrase II pH 7.8 5 atm CO2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9u5b

タイトル

T200H Carbonic Anhydrase II pH 7.8 5 atm CO2

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / Metal Binding Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Lim, S.W. / Kim, C.U.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cells / 年: 2025
タイトル: Conformational flexibility of His200 enables catalytic activity in the T200H mutant of carbonic anhydrase II.
著者: Lim, S.W. / Jeong, H. / Kim, G.H. / Min, D. / Kim, J.K. / Kim, C.U.

履歴

登録	2025年3月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9u5b.cif.gz	166.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9u5b.ent.gz	98.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9u5b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9u5b_validation.pdf.gz	732.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9u5b_full_validation.pdf.gz	732.9 KB	表示
XML形式データ	9u5b_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	9u5b_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/9u5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/9u5b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jweC 9jwuC 9jwwC 9jwm PDB 未公開エントリ 9u59 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

30.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.161, 41.401, 72.682
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.622, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide ...Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide hydratase CA2 分子量: 30154.977 Da / 分子数: 1 / 変異: T200H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase, cyanamide hydratase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.57 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.3M of Sodium Citrate 50mM Tris-HCl pH 7.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→50 Å / Num. obs: 67198 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.1 / Χ²: 1.017 / Net I/σ(I): 22.37
反射シェル	解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3270 / CC_1/2: 0.809 / CC star: 0.946 / R_pim(I) all: 0.293 / R_rim(I) all: 0.591 / Χ²: 0.484 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.25→29.058 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / WR_factor R_free: 0.172 / WR_factor R_work: 0.144 / SU B: 1.399 / SU ML: 0.027 / Average fsc free: 0.9805 / Average fsc work: 0.9868 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.042 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1704	3427	5.101 %
R_work	0.1432	63756	-
all	0.145	-	-
obs	-	67183	99.822 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.569 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.024 Å²	0 Å²	0.063 Å²
2-	-	-0.122 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→29.058 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2051	0	5	263	2319

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.911	1.817	2995
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.686	1.783	4694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.878	5	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.525	5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.248	10	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.445	10	103
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2605
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	496
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	411
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.054	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.198	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.24	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.041	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.797	1.183	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.749	1.183	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.364	2.13	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.374	2.132	1343
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.247	1.405	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.231	1.409	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.605	2.446	1649
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.588	2.45	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.55	14.394	2480
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.989	13.18	2418
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.047	3	4213

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.25-1.282	0.257	215	0.24	4612	0.241	4921	0.965	0.97	98.0898	0.227
1.282-1.317	0.228	232	0.204	4575	0.205	4808	0.971	0.978	99.9792	0.187
1.317-1.356	0.199	226	0.176	4454	0.177	4680	0.974	0.982	100	0.159
1.356-1.397	0.174	234	0.148	4343	0.149	4578	0.98	0.986	99.9782	0.129
1.397-1.443	0.184	246	0.135	4159	0.137	4406	0.98	0.988	99.9773	0.116
1.443-1.493	0.179	264	0.124	3986	0.127	4262	0.98	0.99	99.7184	0.106
1.493-1.55	0.152	236	0.114	3910	0.116	4146	0.987	0.992	100	0.1
1.55-1.613	0.162	172	0.111	3799	0.113	3971	0.984	0.992	100	0.097
1.613-1.684	0.129	188	0.106	3610	0.107	3798	0.989	0.993	100	0.094
1.684-1.766	0.15	168	0.11	3461	0.112	3629	0.985	0.993	100	0.101
1.766-1.861	0.169	200	0.117	3282	0.12	3483	0.983	0.992	99.9713	0.112
1.861-1.974	0.163	163	0.126	3159	0.128	3322	0.983	0.991	100	0.122
1.974-2.109	0.166	162	0.134	2921	0.136	3083	0.985	0.99	100	0.134
2.109-2.277	0.165	127	0.135	2745	0.136	2872	0.983	0.989	100	0.138
2.277-2.493	0.174	122	0.139	2546	0.141	2668	0.983	0.988	100	0.146
2.493-2.785	0.145	153	0.148	2268	0.148	2421	0.986	0.986	100	0.157
2.785-3.211	0.209	89	0.164	2055	0.166	2144	0.97	0.983	100	0.185
3.211-3.92	0.154	113	0.151	1710	0.152	1826	0.986	0.986	99.8357	0.178
3.92-5.494	0.185	69	0.15	1361	0.152	1430	0.984	0.99	100	0.184
5.494-29.058	0.18	48	0.193	799	0.192	847	0.984	0.981	100	0.228

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)