PDB-9jwu: T200H Carbonic Anhydrase II pH 7.8 0 atm CO2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jwu

タイトル

T200H Carbonic Anhydrase II pH 7.8 0 atm CO2

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.229 Å

データ登録者

Lim, S.W. / Kim, C.U.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cells / 年: 2025
タイトル: Conformational flexibility of His200 enables catalytic activity in the T200H mutant of carbonic anhydrase II.
著者: Lim, S.W. / Jeong, H. / Kim, G.H. / Min, D. / Kim, J.K. / Kim, C.U.

履歴

登録	2024年10月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jwu.cif.gz	166.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jwu.ent.gz	98.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jwu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jwu_validation.pdf.gz	948.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jwu_full_validation.pdf.gz	950.3 KB	表示
XML形式データ	9jwu_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	9jwu_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/9jwu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/9jwu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jweC 9jwwC 9u5bC 9jwm PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.005, 41.242, 72.482
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.524, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide ...Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide hydratase CA2 分子量: 30154.977 Da / 分子数: 1 / 変異: T200H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase, cyanamide hydratase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.65 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.3M of Sodium Citrate, 50mM Tris-HCl pH 7.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.229→50 Å / Num. obs: 69635 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.079 / Χ²: 0.965 / Net I/σ(I): 23.39
反射シェル	解像度: 1.229→1.25 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.538 / Num. unique obs: 3217 / CC_1/2: 0.899 / CC star: 0.973 / R_pim(I) all: 0.215 / R_rim(I) all: 0.473 / Χ²: 0.542 / % possible all: 92.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.229→28.955 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / WR_factor R_free: 0.182 / WR_factor R_work: 0.154 / SU B: 1.402 / SU ML: 0.028 / Average fsc free: 0.9781 / Average fsc work: 0.9852 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.042 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1752	3533	5.075 %
R_work	0.1493	66085	-
all	0.151	-	-
obs	-	69618	99.342 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.735 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0.009 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.005 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.229→28.955 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2051	0	1	261	2313

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2192
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.956	1.817	2992
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.689	1.783	4694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.015	5	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.017	5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.342	10	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.043	10	103
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2601
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	496
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	422
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	1895
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.205	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.25	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.079	1.222	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.04	1.221	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.702	2.199	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.716	2.201	1343
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.251	1.419	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.25	1.424	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.446	2.483	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.444	2.486	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.378	16.025	2494
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.963	14.083	2433
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.075	3	4211

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.229-1.261	0.264	206	0.231	4588	0.233	5118	0.96	0.97	93.6694	0.209
1.261-1.296	0.256	252	0.202	4710	0.205	5009	0.964	0.976	99.0617	0.18
1.296-1.333	0.217	237	0.173	4628	0.175	4886	0.973	0.982	99.5702	0.151
1.333-1.374	0.187	255	0.166	4488	0.167	4756	0.978	0.983	99.7267	0.144
1.374-1.419	0.186	259	0.151	4329	0.153	4598	0.977	0.985	99.7825	0.129
1.419-1.469	0.172	254	0.139	4184	0.141	4449	0.979	0.987	99.7528	0.12
1.469-1.524	0.168	243	0.126	4023	0.129	4272	0.982	0.99	99.8596	0.11
1.524-1.586	0.162	180	0.13	3980	0.131	4160	0.983	0.989	100	0.115
1.586-1.656	0.175	196	0.123	3756	0.125	3952	0.98	0.99	100	0.112
1.656-1.737	0.161	179	0.123	3628	0.124	3807	0.984	0.991	100	0.117
1.737-1.83	0.171	197	0.128	3402	0.13	3600	0.982	0.99	99.9722	0.128
1.83-1.941	0.175	164	0.136	3256	0.138	3420	0.979	0.989	100	0.142
1.941-2.074	0.186	170	0.146	3084	0.148	3255	0.981	0.988	99.9693	0.156
2.074-2.239	0.17	134	0.141	2856	0.142	2990	0.982	0.988	100	0.151
2.239-2.452	0.142	133	0.135	2650	0.136	2784	0.985	0.988	99.9641	0.148
2.452-2.739	0.181	152	0.152	2360	0.154	2512	0.981	0.986	100	0.172
2.739-3.158	0.163	101	0.164	2127	0.164	2230	0.982	0.983	99.9103	0.191
3.158-3.856	0.171	115	0.152	1781	0.153	1904	0.983	0.986	99.5798	0.191
3.856-5.405	0.142	55	0.15	1426	0.15	1483	0.991	0.99	99.8651	0.191
5.405-28.955	0.199	51	0.196	829	0.196	880	0.98	0.981	100	0.245

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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