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- PDB-9jw6: STING bound with a novel small molecule agonist -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jw6
タイトルSTING bound with a novel small molecule agonist
要素Stimulator of interferon genes protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / endoplasmic reticulum / cyclic dinucleotides / signaling / adaptor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / STING mediated induction of host immune responses / serine/threonine protein kinase complex / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / cGAS/STING signaling pathway ...STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / STING mediated induction of host immune responses / serine/threonine protein kinase complex / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / cGAS/STING signaling pathway / proton channel activity / pattern recognition receptor signaling pathway / reticulophagy / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / protein complex oligomerization / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to interferon-beta / positive regulation of defense response to virus by host / signaling adaptor activity / antiviral innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / activation of innate immune response / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of interferon-beta production / autophagosome / cytoplasmic vesicle membrane / secretory granule membrane / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / peroxisome / regulation of inflammatory response / defense response to virus / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / cilium / ciliary basal body / Golgi membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / STING transmembrane domain / : / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / STING ligand-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Han, J. / Zhang, S. / Hou, Y. / Wang, Y. / Zhang, Z. / Yang, J. / Chen, K. / Liu, X. / Zhang, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of STING binding with phospholipid PI4P and activation by a molecule targeting a new pocket
著者: Han, J. / Zhang, S. / Hou, Y. / Wang, Y. / Zhang, Z. / Yang, J. / Chen, K. / Liu, X. / Zhang, C.
履歴
登録2024年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon genes protein
B: Stimulator of interferon genes protein
C: Stimulator of interferon genes protein
D: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,6608
ポリマ－148,2354
非ポリマー2,4254
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Stimulator of interferon genes protein / hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / ...hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / Transmembrane protein 173


分子量: 37058.645 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STING1, ERIS, MITA, STING, TMEM173 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86WV6
#2: 化合物 ChemComp-A1EDL / 4-[6-(2-chloranyl-6-cyclopropyl-phenyl)carbonylimidazo[1,5-a]pyrimidin-8-yl]-2-oxidanyl-benzoic acid / GNE-6468


分子量: 433.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H16ClN3O4
#3: 化合物 ChemComp-A1EER / [(2R)-2-dodecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2R,3R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrakis(oxidanyl)-4-phosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] dodecanoate


分子量: 778.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H64O16P2
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: STING bound with a novel small molecule agonist / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM10
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 296029 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.71 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0044962
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7516741
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.543681
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041756
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.01858

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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