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- PDB-9jv8: Crystal structure of M. tuberculosis EccCb1-D2 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jv8
タイトルCrystal structure of M. tuberculosis EccCb1-D2 domain
要素ESX-1 secretion system protein EccCb1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / M. tuberculosis ESX-1 / EccC1 / EsxAB / Molecular docking / Dynamics simulation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type VII secretion system / symbiont-mediated evasion of host immune response / biological process involved in interaction with host / peptidoglycan-based cell wall / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EccCb-like, Actinobacteria / : / FtsK domain / FtsK/SpoIIIE family / FtsK domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ESX-1 secretion system protein EccCb1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Saxena, A.K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)EMR/2016/000867 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: M. tuberculosis EccCb1-D2 domain
著者: Saxena, A.K.
履歴
登録2024年10月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESX-1 secretion system protein EccCb1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9503
ポリマ－34,4181
非ポリマー5312
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.389, 75.642, 102.524
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ESX-1 secretion system protein EccCb1 / ESX conserved component Cb1 / Snm2 secretory protein / Type VII secretion system protein EccCb1 / ...ESX conserved component Cb1 / Snm2 secretory protein / Type VII secretion system protein EccCb1 / T7SS protein EccCb1


分子量: 34418.121 Da / 分子数: 1 / 断片: D2 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: eccCb1, snm2, Rv3871 / プラスミド: pET23a(+)
詳細 (発現宿主): vectors carry an N-terminal T7Tag sequence plus an optional C-terminal HisTagsequence.
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): pLys / 参照: UniProt: P9WNB1
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.86 %
解説: Rectangular shaped crystals dimension 0.3 x 0.2 x 0.1 mm3
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 20% (v/v) PEG 4000 and 20% (v/v) 2-Propanol
PH範囲: 5.6-6.4 / Temp details: Stabe at 4 degree

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen temperature / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER TURBO X-RAY SOURCE / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2020年5月4日
放射モノクロメーター: Ni / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→35 Å / Num. obs: 15346 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.092 / Rsym value: 0.02 / Χ2: 0.91 / Net I/av σ(I): 23.7 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.2813.20.24514280.9860.9970.070.2551.20695.6
2.28-2.3714.10.21215080.9920.9980.0590.2210.923100
2.37-2.4814.20.17715080.9940.9980.0490.1840.914100
2.48-2.6114.20.15115110.9950.9990.0420.1570.918100
2.61-2.7714.20.13115290.9960.9990.0360.1360.926100
2.77-2.9914.30.10915150.9970.9990.030.1130.953100
2.99-3.2914.20.08715410.9980.9990.0240.0910.863100
3.29-3.7613.90.07515640.9980.9990.0210.0780.927100
3.76-4.7413.90.06515770.99810.0180.0680.874100
4.74-3513.20.05216650.99910.0150.0540.64399.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
SCALEPACK2.3.10データスケーリング
PHASER1.20.1-4487位相決定
HKL-30002.3.10データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→28.05 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.27 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Phenix refinement, individual B factor refinement, Electron density fitting with COOT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2285 1528 10 %0.1
Rwork0.1767 ---
obs0.1819 15284 99.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.1 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2160 0 32 154 2346
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072237
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0093042
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.439320
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061334
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006402
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.270.26131280.20911156X-RAY DIFFRACTION95
2.27-2.350.26011370.19561233X-RAY DIFFRACTION99
2.35-2.450.25871360.17791222X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.560.24881380.19071241X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.690.24151380.19111243X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.860.26841380.20771239X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.080.28711390.20071252X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.390.24781410.19541270X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.880.22531380.16371251X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.880.17861430.14471283X-RAY DIFFRACTION100
4.89-28.050.17531520.14941366X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.0013 Å / Origin y: -3.3207 Å / Origin z: 20.7818 Å
111213212223313233
T0.0826 Å2-0.011 Å2-0.0121 Å2-0.0944 Å2-0.0078 Å2--0.1102 Å2
L1.3139 °20.2111 °2-0.6255 °2-1.1257 °2-0.3917 °2--1.4857 °2
S-0.0529 Å °0.0609 Å °-0.0348 Å °-0.0291 Å °0.0324 Å °0.0103 Å °0.075 Å °-0.0764 Å °0.0147 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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