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- PDB-9jv3: Structure of Human HDAC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jv3
タイトルStructure of Human HDAC2
要素Histone deacetylase 2
キーワードTRANSCRIPTION / Histone deacetylase 2
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of male mating behavior / protein de-2-hydroxyisobutyrylase activity / protein lysine delactylase activity / negative regulation of dendritic spine development / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation / behavioral response to ethanol / NuRD complex ...positive regulation of male mating behavior / protein de-2-hydroxyisobutyrylase activity / protein lysine delactylase activity / negative regulation of dendritic spine development / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation / behavioral response to ethanol / NuRD complex / positive regulation of interleukin-1 production / regulation of cell fate specification / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / negative regulation of stem cell population maintenance / histone deacetylase activity, hydrolytic mechanism / ESC/E(Z) complex / histone deacetylase / regulation of stem cell differentiation / cardiac muscle hypertrophy / cellular response to dopamine / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / response to caffeine / protein lysine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / embryonic digit morphogenesis / histone deacetylase activity / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / Notch-HLH transcription pathway / Sin3-type complex / eyelid development in camera-type eye / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of stem cell population maintenance / dendrite development / response to amyloid-beta / RNA Polymerase I Transcription Initiation / histone deacetylase complex / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of proteolysis / Regulation of MECP2 expression and activity / progesterone receptor signaling pathway / hair follicle placode formation / response to hyperoxia / NF-kappaB binding / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / cellular response to retinoic acid / heat shock protein binding / SUMOylation of chromatin organization proteins / negative regulation of cell migration / response to amphetamine / Regulation of PTEN gene transcription / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / transcription coregulator binding / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / response to nicotine / response to cocaine / HDACs deacetylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / promoter-specific chromatin binding / circadian regulation of gene expression / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / NoRC negatively regulates rRNA expression / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / protein modification process / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / histone deacetylase binding / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of tumor necrosis factor production / heterochromatin formation / negative regulation of neuron projection development / cellular response to heat / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / histone binding / response to lipopolysaccharide / Potential therapeutics for SARS / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / chromosome, telomeric region / chromatin remodeling / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Histone deacetylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Tojo, T. / Itoh, Y. / Kurohara, T. / Li, Y. / Singh, R. / Narozny, R. / Wiel, A. / Miyake, Y. / Yamashita, Y. / Kusakabe, K. ...Tojo, T. / Itoh, Y. / Kurohara, T. / Li, Y. / Singh, R. / Narozny, R. / Wiel, A. / Miyake, Y. / Yamashita, Y. / Kusakabe, K. / Uchida, S. / Suzuki, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery of an HDAC2-selective inhibitor based on enzyme-inhibitor binding thermodynamics and kinetics, and its potential as a therapeutic drug for neurological disorders
著者: Tojo, T. / Itoh, Y. / Kurohara, T. / Li, Y. / Singh, R. / Narozny, R. / Wiel, A. / Miyake, Y. / Yamashita, Y. / Kusakabe, K. / Uchida, S. / Suzuki, T.
履歴
登録2024年10月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 2
B: Histone deacetylase 2
C: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,50134
ポリマ－137,9943
非ポリマー2,50731
水5,423301
1
A: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,75411
ポリマ－45,9981
非ポリマー75610
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,14313
ポリマ－45,9981
非ポリマー1,14512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,60410
ポリマ－45,9981
非ポリマー6069
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.024, 97.584, 138.967
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Histone deacetylase 2 / HD2 / Protein deacylase HDAC2


分子量: 45997.965 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92769, histone deacetylase, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 8種, 332分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M CHES pH 9.5, 35-38% (v/v) PEG 600

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→79.91 Å / Num. obs: 39492 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.3 % / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.57→2.82 Å / Num. unique obs: 9527 / Rrim(I) all: 0.53

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 2.57→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 13.036 / SU ML: 0.282 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.081 / ESU R Free: 0.327 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25647 953 2.4 %RANDOM
Rwork0.1815 ---
obs0.18336 38538 97.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.168 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.36 Å2-0 Å20 Å2
2--2.45 Å2-0 Å2
3----1.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.57→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8855 0 145 301 9301
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0199135
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.241.95712242
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.86851103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.96423.695433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.534151460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1691547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216956
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2385.9534442
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.748.9255512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1386.1974693
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.83981.56214099
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.637 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 66 -
Rwork0.247 2820 -
obs--98.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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