[日本語] English
万見
- PDB-9jui: Crystal structure of FFAT motif of Nir2 bound to VAPB -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jui
タイトルCrystal structure of FFAT motif of Nir2 bound to VAPB
要素
  • Nir2 FFAT motif
  • Vesicle-associated membrane protein-associated protein B
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / PLC signaling / PI cycle / Membrane contact site / lipid transfer / lipid binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of PI / FFAT motif binding / endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering / endoplasmic reticulum membrane organization / RHOC GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / phosphatidylinositol transfer activity / RHOD GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RHOG GTPase cycle ...Synthesis of PI / FFAT motif binding / endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering / endoplasmic reticulum membrane organization / RHOC GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / phosphatidylinositol transfer activity / RHOD GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / phosphatidic acid binding / phosphatidylcholine binding / Golgi cisterna membrane / IRE1-mediated unfolded protein response / cleavage furrow / lipid droplet / phosphatidylinositol binding / receptor tyrosine kinase binding / phospholipid binding / intracellular calcium ion homeostasis / protein transport / cell body / midbody / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
DDHD domain / DDHD domain / PITM 1-3, LNS2 domain / PITM 1-3, beta-sandwich domain / DDHD domain profile. / DDHD / : / Phosphatidylinositol transfer protein / Phosphatidylinositol transfer protein / Vesicle-associated membrane-protein-associated protein ...DDHD domain / DDHD domain / PITM 1-3, LNS2 domain / PITM 1-3, beta-sandwich domain / DDHD domain profile. / DDHD / : / Phosphatidylinositol transfer protein / Phosphatidylinositol transfer protein / Vesicle-associated membrane-protein-associated protein / LNS2/PITP / LNS2 / Major sperm protein (MSP) domain / MSP (Major sperm protein) domain / Major sperm protein (MSP) domain profile. / PapD-like superfamily / START-like domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane-associated phosphatidylinositol transfer protein 1 / Vesicle-associated membrane protein-associated protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kim, D. / Lee, C.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2021M3A9G8022417 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2021R1A2C2009550 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Nir2 reveals a phosphatidic acid sensing mechanism at the ER-PM contact sites
著者: Kim, D. / Lee, S. / Jun, Y. / Lee, C.
履歴
登録2024年10月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Vesicle-associated membrane protein-associated protein B
B: Nir2 FFAT motif
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0745
ポリマ－15,8782
非ポリマー1963
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area8190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.973, 52.973, 88.283
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 Vesicle-associated membrane protein-associated protein B / VAMP-B / VAMP-associated protein B / VAP-B / VAMP-associated protein 33b


分子量: 14637.852 Da / 分子数: 1 / 断片: MSP domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Vapb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QY76
#2: タンパク質・ペプチド Nir2 FFAT motif / Drosophila retinal degeneration B homolog 1 / RdgB1 / Mpt-1 / Phosphatidylinositol transfer protein ...Drosophila retinal degeneration B homolog 1 / RdgB1 / Mpt-1 / Phosphatidylinositol transfer protein / membrane-associated 1 / PITPnm 1 / Pyk2 N-terminal domain-interacting receptor 2 / NIR-2


分子量: 1240.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O35954
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.38 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2M zinc acetate dihydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 9386 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.981 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.132 / Χ2: 2.569 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 36942
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.05-2.094.10.5164510.7450.9240.290.5941.68399.8
2.09-2.124.20.4794770.8310.9530.2660.5491.672100
2.12-2.164.10.4364340.860.9620.2440.5011.864100
2.16-2.214.10.4034820.8220.950.2240.4631.802100
2.21-2.264.10.3844430.9090.9760.2140.4411.968100
2.26-2.314.20.3794760.9380.9840.210.4341.84299.8
2.31-2.374.10.3254620.9510.9870.1820.3731.839100
2.37-2.434.10.2714610.9470.9860.1510.3122.052100
2.43-2.54.10.2634750.9480.9870.1470.3031.974100
2.5-2.584.10.2424580.960.990.1370.2792.143100
2.58-2.684.10.1944630.9660.9910.1080.2232.243100
2.68-2.7840.1654830.9770.9940.0940.192.43100
2.78-2.9140.1514540.9820.9950.0850.1732.67199.8
2.91-3.0640.1214750.9860.9960.0690.142.94799.8
3.06-3.253.90.1044710.9860.9960.0610.1213.27499.8
3.25-3.513.80.0844790.9890.9970.0490.0983.33499.6
3.51-3.863.70.074760.9920.9980.0420.0823.62899
3.86-4.423.60.0654860.9930.9980.040.0774.36999
4.42-5.563.50.0614720.9920.9980.0380.0724.43697.1
5.56-5030.0665080.990.9970.0420.0794.56993

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX1.14精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→50 Å / 交差検証法: NONE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 --
Rwork0.276 --
obs-8402 93.6 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1060 0 3 61 1124
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID
2.05-2.090.516451X-RAY DIFFRACTION
2.09-2.120.479477X-RAY DIFFRACTION
2.12-2.160.436434X-RAY DIFFRACTION
2.16-2.210.403482X-RAY DIFFRACTION
2.21-2.260.384443X-RAY DIFFRACTION
2.26-2.310.379476X-RAY DIFFRACTION
2.31-2.370.325462X-RAY DIFFRACTION
2.37-2.430.271461X-RAY DIFFRACTION
2.43-2.50.263475X-RAY DIFFRACTION
2.5-2.580.242458X-RAY DIFFRACTION
2.58-2.680.194463X-RAY DIFFRACTION
2.68-2.780.165483X-RAY DIFFRACTION
2.78-2.910.151454X-RAY DIFFRACTION
2.91-3.060.121475X-RAY DIFFRACTION
3.06-3.250.104471X-RAY DIFFRACTION
3.25-3.510.084479X-RAY DIFFRACTION
3.51-3.860.07476X-RAY DIFFRACTION
3.86-4.420.065486X-RAY DIFFRACTION
4.42-5.560.061472X-RAY DIFFRACTION
5.56-500.066508X-RAY DIFFRACTION

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る