PDB-9jue: Roadblock3 homodimer structure from Candidatus Prometheoarchaeum ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jue

タイトル

Roadblock3 homodimer structure from Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum strain MK-D1

要素

Roadblock/LC7 domain protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Roadblock domain homodimer

機能・相同性

Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain protein

機能・相同性情報

生物種

Promethearchaeum syntrophicum (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Ponlachantra, K. / Robinson, R.C.

資金援助

タイ,

米国, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Roadblock domain protein from Asgard archaea
著者: Ponlachantra, K. / Robinson, R.C.

履歴

登録	2024年10月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jue.cif.gz	498.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jue.ent.gz	347.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jue.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/9jue ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/9jue	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9jq8C 7yh1 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: Roadblock/LC7 domain protein

C: Roadblock/LC7 domain protein

B: Roadblock/LC7 domain protein

A: Roadblock/LC7 domain protein

F: Roadblock/LC7 domain protein

E: Roadblock/LC7 domain protein

ヘテロ分子

84.5 kDa, 6 ポリマー
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1

D: Roadblock/LC7 domain protein

E: Roadblock/LC7 domain protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
28.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Roadblock/LC7 domain protein

F: Roadblock/LC7 domain protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.1 kDa, 2 ポリマー
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3

B: Roadblock/LC7 domain protein

A: Roadblock/LC7 domain protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.692, 88.909, 112.416
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Roadblock/LC7 domain protein 分子量: 14051.306 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Promethearchaeum syntrophicum (古細菌) 遺伝子: DSAG12_02037 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5B9DBI1
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.11 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 0.2 M sodium chloride 0.1 M HEPES pH 7.0 20 % w/v PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→19.86 Å / Num. obs: 35992 / % possible obs: 96.71 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 42.53 Å² / CC_1/2: 0.978 / CC star: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.129 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 17.71
反射シェル	解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.727 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3236 / CC_1/2: 0.618 / CC star: 0.874 / R_pim(I) all: 0.506 / R_rim(I) all: 0.893 / % possible all: 87.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→19.86 Å / SU ML: 0.2811 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.5942
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2481	1746	4.86 %
R_work	0.2093	34216	-
obs	0.211	35962	96.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5384	0	15	101	5500

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0028	5515
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5316	7480
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0451	966
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	925
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.3476	2064

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.26	0.3172	131	0.2944	2491	X-RAY DIFFRACTION	86.19
2.26-2.34	0.2836	133	0.2584	2771	X-RAY DIFFRACTION	94.87
2.34-2.42	0.2957	134	0.2403	2750	X-RAY DIFFRACTION	94.71
2.42-2.52	0.2878	150	0.2284	2772	X-RAY DIFFRACTION	96.31
2.52-2.63	0.2976	162	0.2349	2826	X-RAY DIFFRACTION	97.08
2.63-2.77	0.2385	145	0.2253	2861	X-RAY DIFFRACTION	97.79
2.77-2.94	0.3245	148	0.2332	2858	X-RAY DIFFRACTION	98.27
2.94-3.17	0.2609	155	0.2279	2899	X-RAY DIFFRACTION	99.06
3.17-3.49	0.2411	152	0.2037	2933	X-RAY DIFFRACTION	99.45
3.49-3.99	0.2466	135	0.1873	2968	X-RAY DIFFRACTION	99.49
3.99-5.01	0.2043	133	0.1688	2998	X-RAY DIFFRACTION	99.75
5.01-19.86	0.2272	168	0.2209	3089	X-RAY DIFFRACTION	99.06

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.15259675159	1.71614428529	0.802480647309	3.48207372259	1.11024943646	3.42906782478	0.233066975142	0.279388103338	0.00239263787817	-1.55288771757	-0.343770085506	0.119558623307	-0.813360026668	-0.112355522466	0.00160328232007	0.752954057106	0.0780698399895	-0.103610793936	0.445421062885	-0.0290031892754	0.426609148217	49.0643490273	21.7725661528	4.48684496059
2	1.06780062131	0.2468076379	1.10183011716	2.17246475547	1.44336920227	1.76262566624	0.390933024504	0.00595305995975	-0.275501667628	-0.110243731046	-0.295919082516	0.0680319821052	0.401949860818	-0.47751851625	0.000280891698531	0.398022184026	-0.0254229914852	-0.0622543248331	0.38061817619	-0.0339283938066	0.428406156491	50.1289781093	6.12169749737	13.2711072237
3	1.47156282928	-2.24751597264	0.288373885127	4.95787392252	0.915873769012	3.04022986003	0.17970896172	-0.664721313911	0.0140334997363	0.520382269307	-0.207178883832	0.170678717429	0.374468728773	-0.153399736713	3.68197603753E-5	0.343098437487	-0.066285510946	0.0165074720002	0.476813827987	-0.0558665316023	0.333810387293	50.2360242961	12.6000955807	19.7674653633
4	1.34081042548	-1.70799598174	-1.20606770784	2.86093322181	0.721463897586	1.67213705858	0.367192739279	-0.701071784475	-0.27868839013	-0.459632133591	-0.445182110167	-0.218417547829	-0.218993945329	-0.328739838887	-3.20107556254E-5	0.389724856736	-0.00830017603828	-0.0442381147469	0.474004808337	-0.0350491510674	0.300983600975	50.5191893363	19.3006940662	13.358880821
5	0.734227294046	0.448352331818	-0.90485516008	1.32201980784	0.349376501606	1.25015685676	-0.0374107411677	-0.00676873963032	0.616808847051	-0.291021367425	-0.659250084239	1.12936498893	-0.158242966274	-0.503300337321	-0.0018836167888	0.529777926049	0.0660297872176	-0.182717357912	0.482687306157	-0.167224010162	0.538852436548	40.9068473185	22.6084937157	13.1007662031
6	0.639567564136	0.185654467746	-0.329866193582	0.676354074808	0.261829771764	0.703981314777	0.215573334446	-0.605460008409	-1.23103568799	0.317530995013	-0.45362684594	1.26249192762	0.254639114457	-0.0906229853116	-0.013251551417	1.3058192948	-0.0558611663019	0.280883797223	0.648949369025	0.144224623224	0.803139500381	49.4343499144	-27.7042631319	29.5224884219
7	0.574951591042	0.924432937908	-0.142355307262	1.51171475693	-0.200219451688	0.0710173815453	1.01777558045	-0.419424050065	-0.758162647697	1.23464885296	-0.683225052453	0.0411155065351	-0.343785215065	0.401376819766	0.0537925089507	0.559034692117	0.151336283529	-0.0976451482418	0.52978369034	0.146163281578	0.567312631508	57.9869598767	-25.8558014202	23.7507850567
8	0.931438567797	1.22413372783	-0.363648500178	4.44144636686	1.3402652988	2.06582060633	-0.391744874492	-0.222628693776	0.0296575859215	2.03973472596	-0.0497058896705	-0.328125029079	-0.287929145111	-0.0142922368792	-0.0108426831046	0.692420002218	0.07026008103	0.00364714781847	0.483259378749	-0.0266349432363	0.444696766064	53.2033409229	-11.0509681751	24.9880489343
9	0.426928646329	0.348928068456	1.43452491244	3.66333267904	0.751237159614	3.05100883818	-0.179213544433	0.233297751974	-0.330447653185	0.38705153804	-0.0279077376321	0.417997326583	0.433766155971	-0.359944397836	-0.00033629056449	0.444532941745	0.0781245136309	0.0646300558432	0.378313572755	-0.0195993029435	0.404426807534	52.8585061058	-14.5130733838	16.0386360876
10	2.93023500942	2.61925537418	1.36668788836	6.24887412091	-4.64966052468	9.67021368708	-0.633754714008	-0.196189362788	-0.647784981122	0.0331165772237	0.356092161674	-1.43905849687	-0.951601776169	1.59123123054	-1.45728927616	0.630649581228	0.275547293679	0.138352571425	0.659748994632	-0.185994342076	0.963849001841	66.020828936	-24.8469055945	14.3543783008
11	0.657714800817	-0.307407739797	0.0203835793109	0.339002311579	-0.4940697663	0.422046251625	-0.479267675585	0.843866492502	-0.583223022818	0.443142401088	0.200320271626	0.740393839984	0.509924010711	-1.13569868794	-0.00022272771505	0.632446982909	0.0363976610044	0.191571034002	0.527604367964	-0.0528021042451	0.762383512737	47.1709625898	-25.1668107453	18.7078901201
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精密化 TLSグループ

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17	17	chain 'A' and (resid 12 through 51 )	A	D	12 - 51	1 - 40
18	18	chain 'A' and (resid 52 through 131 )	A	D	52 - 131	41 - 120
19	19	chain 'F' and (resid 11 through 25 )	F	E	11 - 25	1 - 15
20	20	chain 'F' and (resid 26 through 51 )	F	E	26 - 51	16 - 41
21	21	chain 'F' and (resid 52 through 72 )	F	E	52 - 72	42 - 62
22	22	chain 'F' and (resid 73 through 98 )	F	E	73 - 98	63 - 88
23	23	chain 'F' and (resid 99 through 110 )	F	E	99 - 110	89 - 100
24	24	chain 'F' and (resid 111 through 129 )	F	E	111 - 129	101 - 119
25	25	chain 'E' and (resid 12 through 24 )	E	F	12 - 24	1 - 13
26	26	chain 'E' and (resid 25 through 36 )	E	F	25 - 36	14 - 25
27	27	chain 'E' and (resid 37 through 45 )	E	F	37 - 45	26 - 34
28	28	chain 'E' and (resid 46 through 72 )	E	F	46 - 72	35 - 61
29	29	chain 'E' and (resid 73 through 98 )	E	F	73 - 98	62 - 87
30	30	chain 'E' and (resid 99 through 110 )	E	F	99 - 110	88 - 99
31	31	chain 'E' and (resid 111 through 129 )	E	F	111 - 129	100 - 118

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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