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- PDB-7yh1: Roadblock from Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum strain MK-D1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yh1
タイトルRoadblock from Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum strain MK-D1
要素Roadblock/LC7 domain protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Asgard archaea / MGLB / roadblock
機能・相同性Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / Roadblock/LC7 domain protein
機能・相同性情報
生物種Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Robinson, R.C. / Tran, L.T.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJCR19S5 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H00476 日本
Other privateMoore and Simons foundations GBMF9743
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: The eukaryotic-like characteristics of small GTPase, roadblock and TRAPPC3 proteins from Asgard archaea.
著者: Tran, L.T. / Akil, C. / Senju, Y. / Robinson, R.C.
履歴
登録2022年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22025年1月29日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Roadblock/LC7 domain protein
A: Roadblock/LC7 domain protein
B: Roadblock/LC7 domain protein
C: Roadblock/LC7 domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,30216
ポリマ－51,5174
非ポリマー78512
水1,11762
1
D: Roadblock/LC7 domain protein
A: Roadblock/LC7 domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,28210
ポリマ－25,7582
非ポリマー5238
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area11280 Å2
手法PISA
2
B: Roadblock/LC7 domain protein
C: Roadblock/LC7 domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0206
ポリマ－25,7582
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area11090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.338, 53.574, 59.856
Angle α, β, γ (deg.)76.650, 75.320, 80.610
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Roadblock/LC7 domain protein


分子量: 12879.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum (古細菌)
遺伝子: DSAG12_02202 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5B9DB95
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM MES, pH 6.0 250 mM Zn(CH3COO)2 6% PEG 3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→20 Å / Num. obs: 14124 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 2.69→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 1384 / CC1/2: 0.952 / Rpim(I) all: 0.185 / Rrim(I) all: 0.261

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7F8M

7f8m


解像度: 2.69→19.94 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 34.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2651 660 4.67 %
Rwork0.2216 13464 -
obs0.2235 14124 90.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 142.56 Å2 / Biso mean: 65.7839 Å2 / Biso min: 28.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.69→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3612 0 12 62 3686
Biso mean--72.14 52.27 -
残基数----464
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.69-2.90.42061290.31252702283192
2.9-3.190.31421320.28512847297995
3.19-3.640.34991390.23682714285393
3.64-4.580.22761430.20032618276188
4.58-19.940.20021170.18712583270086
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2911.0131-0.86471.6565-0.46241.0007-1.712-1.98140.18672.68941.2924-3.1438-0.10570.1284-0.28170.9690.2793-0.28440.9307-0.11480.8002-14.5871-30.30058.9416
24.0068-2.5540.13543.7203-1.63158.0786-0.3967-0.04310.27690.33560.1989-0.4204-0.5606-0.5794-0.00020.63530.0422-0.05620.6014-0.07230.5368-23.2851-26.24321.9619
34.2697-0.69581.09872.4933-1.71283.3147-0.229-0.4775-0.09890.41980.50530.57451.39930.83270.02520.4713-0.16360.10030.58470.06180.5168-30.6483-37.9123-6.3426
43.22121.1096-0.47211.99354.76515.88210.11960.0414-0.0009-0.2039-0.2171-0.0010.43450.5060.00120.394-0.0220.00870.4438-0.00720.4037-24.4471-30.9996-8.7496
57.2941-2.7504-2.65155.57930.57653.06440.54194.68010.6555-1.0922-1.3184.05551.2589-1.954-0.13080.7516-0.1605-0.2120.71590.43161.4083-23.7977-15.6935-11.7613
6-0.0324-0.8944-0.80560.66090.90441.26220.30660.84680.6973-0.6518-0.4843-0.431-0.22091.425-0.00070.57020.0398-0.05390.8810.14410.7413-13.0692-28.3918-6.503
70.61340.352-0.18071.5651.17671.19810.20633.79930.4356-1.7382-0.93651.1045-0.56190.5570.00061.11610.4252-0.25290.8834-0.07870.7567-34.8017-28.3568-36.9579
80.78450.85821.58523.12960.62093.4712-0.66160.4911.0951-0.04440.0867-0.19060.22250.2448-0.00030.75860.0429-0.01190.71590.0420.5643-27.1361-31.9805-29.856
9-0.09420.44841.70173.0639-0.42733.3786-0.29760.0422-0.08510.29640.48310.4850.7627-1.13680.27010.96210.1706-0.14280.752-0.0980.6604-35.283-38.3609-27.6725
102.8846-1.24561.40013.4287-1.19340.4905-0.0213-0.3578-0.2326-0.62480.00620.46-0.2725-0.5656-0.00060.5182-0.10640.06990.5040.08060.6001-37.0278-30.671-13.4672
112.65512.05271.66091.78782.33992.26040.08210.37680.5399-0.3965-0.2998-0.59170.11370.215-0.00270.60270.12210.05520.4342-0.01080.3899-25.7899-32.9288-18.7797
122.17223.14370.85456.4991-1.72854.43910.5979-0.1957-0.1309-0.8741-0.6328-0.23380.05270.29690.04250.5780.1170.12720.64160.0040.5259-26.5694-31.6045-23.8787
130.7252-0.02760.69531.52920.93920.4254-0.06490.45620.9961-0.2555-0.0011-0.9222-1.80620.5306-0.00030.8050.04470.04530.71780.08630.7146-27.791-21.9122-26.7501
143.1992.62262.20473.846-0.21692.50510.4292.0229-2.3763-0.4303-0.89231.92990.9129-1.0548-0.00590.88170.2555-0.17440.8427-0.14530.8639-51.0569-59.5335-7.4427
151.3609-0.39682.45627.71810.4977.93830.57080.42890.4267-0.7405-0.4785-0.0031-0.45410.4466-0.00020.485-0.0176-0.06740.5520.03330.52-47.9018-49.4537-2.873
160.59870.12220.33821.1184-0.07350.90520.06350.28160.1794-0.125-0.1094-0.33170.43970.81730.00750.5548-0.00290.02320.6110.05750.6099-36.2585-49.74768.5086
171.92162.01842.37024.4162-1.43075.6969-0.15990.19270.0657-0.2352-0.2433-0.0740.16250.1354-00.4066-0.022300.42520.0250.4268-47.5283-49.81226.3738
181.8521-0.67970.27050.5528-1.46471.0935-0.6507-0.80420.35171.07190.43730.58150.67060.11460.00010.8439-0.02550.14180.6161-0.08640.8643-52.7026-58.16546.743
190.50940.20360.56711.3477-0.00860.31920.64150.2929-0.52124.17560.2445-1.01310.42720.56730.00151.23210.3599-0.11390.8865-0.01420.7203-44.4884-39.043537.1804
202.7338-1.91121.76173.7530.86746.1427-0.19270.13470.18550.5762-0.2823-0.27380.32220.5355-0.00040.69470.16060.0130.6101-0.06550.5246-40.2386-46.306928.8181
211.3794-0.8664-1.38541.69681.34141.0009-0.5839-0.240.993-0.21280.1054-0.695-0.6959-0.0643-0.00240.5941-0.1076-0.06060.57630.06520.6125-41.9126-39.328613.2369
226.33330.86714.11940.36761.24893.9105-0.1039-0.47350.2320.0088-0.13740.11910.042-0.09910.00010.57920.09480.04070.4250.02350.4069-43.2267-48.20420.4786
230.96020.58941.06091.6101-1.79662.3489-0.20180.0571-0.6277-0.0896-0.65410.83850.4704-0.9325-0.00020.6608-0.03090.0510.7215-0.09460.8795-51.6454-49.226625.4268
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 0 through 9 )D0 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 10 through 40 )D10 - 40
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 41 through 61 )D41 - 61
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 62 through 93 )D62 - 93
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 94 through 98 )D94 - 98
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 99 through 115 )D99 - 115
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 0 through 12 )A0 - 12
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 13 through 25 )A13 - 25
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 26 through 40 )A26 - 40
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 41 through 68 )A41 - 68
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 69 through 84 )A69 - 84
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 85 through 98 )A85 - 98
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 99 through 115 )A99 - 115
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 0 through 14 )B0 - 14
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 15 through 40 )B15 - 40
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 41 through 68 )B41 - 68
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 69 through 93 )B69 - 93
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 94 through 115 )B94 - 115
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 0 through 9 )C0 - 9
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 10 through 40 )C10 - 40
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 41 through 68 )C41 - 68
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 69 through 93 )C69 - 93
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 94 through 115 )C94 - 115

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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