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Yorodumi- PDB-7yh1: Roadblock from Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum strain MK-D1 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7yh1 | ||||||||||||
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Title | Roadblock from Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum strain MK-D1 | ||||||||||||
Components | Roadblock/LC7 domain protein | ||||||||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Asgard archaea / MGLB / roadblock | ||||||||||||
Function / homology | Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain protein Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum (archaea) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.69 Å | ||||||||||||
Authors | Robinson, R.C. / Tran, L.T. | ||||||||||||
Funding support | Japan, 3items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Roadblock from Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum strain MK-D1 Authors: Robinson, R.C. / Tran, L.T. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7yh1.cif.gz | 198.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7yh1.ent.gz | 160.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7yh1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7yh1_validation.pdf.gz | 456.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7yh1_full_validation.pdf.gz | 462.1 KB | Display | |
Data in XML | 7yh1_validation.xml.gz | 18.7 KB | Display | |
Data in CIF | 7yh1_validation.cif.gz | 25 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/7yh1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/7yh1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7f8mS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12879.196 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum (archaea) Gene: DSAG12_02202 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A5B9DB95 #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 100 mM MES, pH 6.0 250 mM Zn(CH3COO)2 6% PEG 3000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: TPS 05A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Mar 16, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.69→20 Å / Num. obs: 14124 / % possible obs: 91.6 % / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 23.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.69→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 1384 / CC1/2: 0.952 / Rpim(I) all: 0.185 / Rrim(I) all: 0.261 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7F8M Resolution: 2.69→19.94 Å / SU ML: 0.5 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / Phase error: 34.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 142.56 Å2 / Biso mean: 65.7839 Å2 / Biso min: 28.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.69→19.94 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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