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Yorodumi- PDB-9jue: Roadblock3 homodimer structure from Candidatus Prometheoarchaeum ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9jue | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Roadblock3 homodimer structure from Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum strain MK-D1 | ||||||||||||
Components | Roadblock/LC7 domain protein | ||||||||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Roadblock domain homodimer | ||||||||||||
| Function / homology | Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain protein Function and homology information | ||||||||||||
| Biological species | Promethearchaeum syntrophicum (archaea) | ||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||||||||
Authors | Ponlachantra, K. / Robinson, R.C. | ||||||||||||
| Funding support | Thailand, United States, 3items
| ||||||||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Roadblock domain protein from Asgard archaea Authors: Ponlachantra, K. / Robinson, R.C. | ||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9jue.cif.gz | 498.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9jue.ent.gz | 347.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9jue.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9jue_validation.pdf.gz | 724.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9jue_full_validation.pdf.gz | 729.7 KB | Display | |
| Data in XML | 9jue_validation.xml.gz | 31.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 9jue_validation.cif.gz | 40.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/9jue ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/9jue | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9jq8C C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 14051.306 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Promethearchaeum syntrophicum (archaea)Gene: DSAG12_02037 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-EPE / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 42.11 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: microbatch Details: 0.2 M sodium chloride 0.1 M HEPES pH 7.0 20 % w/v PEG 6000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: TPS 05A / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 9M / Detector: PIXEL / Date: Apr 19, 2024 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.2→19.86 Å / Num. obs: 35992 / % possible obs: 96.71 % / Redundancy: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 42.53 Å2 / CC1/2: 0.978 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 17.71 |
| Reflection shell | Resolution: 2.2→2.279 Å / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.727 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3236 / CC1/2: 0.618 / CC star: 0.874 / Rpim(I) all: 0.506 / Rrim(I) all: 0.893 / % possible all: 87.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2→19.86 Å / SU ML: 0.2811 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.5942 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 57.15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→19.86 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
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Promethearchaeum syntrophicum (archaea)
X-RAY DIFFRACTION
Thailand,
United States, 3items
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