PDB-9jti: X-ray structure of NeIle indicator complexed with isoleucine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jti

タイトル

X-ray structure of NeIle indicator complexed with isoleucine

要素

NeIle,Leu/Ile/Val-binding protein

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / chimeric protein / branched-chain amino acids indicator

機能・相同性

機能・相同性情報

branched-chain amino acid transport / isoleucine transport / valine transport / L-leucine transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Samygina, V.R. / Subach, O.M. / Vlaskina, A.V. / Dronova, E.A. / Subach, F.V.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: ACS Sens / 年: 2024
タイトル: NeIle, a Genetically Encoded Indicator for Branched-Chain Amino Acids Based on mNeonGreen Fluorescent Protein and LIVBP Protein.
著者: Asanova, A.N. / Subach, O.M. / Myachina, S.A. / Evteeva, M.A. / Gunitseva, N.M. / Borisova, A.A. / Patrushev, M.V. / Vlaskina, A.V. / Nikolaeva, A.Y. / Yang, L. / Gabdulkhakov, A. / Dronova, ...

履歴

登録	2024年10月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月1日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jti.cif.gz	146.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jti.ent.gz	106.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jti.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jti_validation.pdf.gz	475.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jti_full_validation.pdf.gz	478 KB	表示
XML形式データ	9jti_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	9jti_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/9jti ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/9jti	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8z0gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NeIle,Leu/Ile/Val-binding protein

ヘテロ分子

65 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.100, 69.200, 80.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.110, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	NeIle,Leu/Ile/Val-binding protein / LIV-BP 分子量: 64521.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GYG = CR2 (chromophore) 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) 遺伝子: livJ, b3460, JW3425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AD96
#2: 化合物	ChemComp-ILE / ISOLEUCINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 560 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, 0.2M Sodium Acetate, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→75.55 Å / Num. obs: 88962 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 1.62→1.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 6547 / CC_1/2: 0.56

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.62→75.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 1.714 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1837	3978	5.001 %
R_work	0.1575	75559	-
all	0.159	-	-
obs	-	79537	99.953 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.545 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.274 Å²	0 Å²	-0.129 Å²
2-	-	0.119 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.226 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→75.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4370	0	47	560	4977

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	4624
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	4206
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.731	1.65	6274
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.338	1.584	9798
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.649	5	594
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.028	23.553	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.184	15	757
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.413	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	593
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.234	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5269
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	952
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	627
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	3158
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.151	0.2	2005
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.242	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.206	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.645	1.684	2325
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.646	1.684	2324
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.645	2.515	2912
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.645	2.514	2913
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.667	1.981	2299
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.666	1.982	2300
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.194	2.833	3354
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.193	2.834	3355
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.592	20.893	4731
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.207	20	4617

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.62-1.662	0.296	291	0.268	5540	X-RAY DIFFRACTION	99.9828
1.662-1.708	0.296	287	0.246	5454	X-RAY DIFFRACTION	99.9826
1.708-1.757	0.248	277	0.233	5252	X-RAY DIFFRACTION	100
1.757-1.811	0.228	267	0.213	5144	X-RAY DIFFRACTION	99.9631
1.811-1.87	0.241	262	0.19	4968	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.936	0.221	273	0.175	4750	X-RAY DIFFRACTION	99.9403
1.936-2.009	0.182	224	0.159	4673	X-RAY DIFFRACTION	99.9796
2.009-2.091	0.187	204	0.15	4520	X-RAY DIFFRACTION	99.9788
2.091-2.184	0.166	205	0.145	4315	X-RAY DIFFRACTION	100
2.184-2.291	0.183	257	0.146	4033	X-RAY DIFFRACTION	100
2.291-2.414	0.178	202	0.139	3893	X-RAY DIFFRACTION	99.9756
2.414-2.561	0.167	206	0.141	3720	X-RAY DIFFRACTION	99.9491
2.561-2.737	0.179	197	0.143	3428	X-RAY DIFFRACTION	99.9449
2.737-2.956	0.166	170	0.146	3260	X-RAY DIFFRACTION	100
2.956-3.238	0.171	147	0.142	3005	X-RAY DIFFRACTION	99.9049
3.238-3.619	0.174	155	0.14	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.8944
3.619-4.177	0.153	127	0.13	2383	X-RAY DIFFRACTION	99.9602
4.177-5.112	0.141	125	0.126	2034	X-RAY DIFFRACTION	99.9537
5.112-7.213	0.181	63	0.179	1596	X-RAY DIFFRACTION	99.8796
7.213-7.55	0.182	39	0.17	907	X-RAY DIFFRACTION	98.6444

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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