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万見
- PDB-9jro: Structural Insights into Selective Antagonism of PF04418948 and E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jro
タイトルStructural Insights into Selective Antagonism of PF04418948 and EP2 Prostaglandin Receptor
要素
  • GFP-like fluorescent chromoprotein,Prostaglandin E2 receptor EP2 subtype,Soluble cytochrome b562,Prostaglandin E2 receptor EP2 subtype,Soluble cytochrome b562
  • Heavy chain of Fab fragment
  • Light chain of Fab fragment
  • Nb
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / GPCR / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin E receptor activity / Prostanoid ligand receptors / response to nematode / response to progesterone / electron transport chain / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / regulation of cell population proliferation / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / response to lipopolysaccharide ...prostaglandin E receptor activity / Prostanoid ligand receptors / response to nematode / response to progesterone / electron transport chain / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / regulation of cell population proliferation / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / response to lipopolysaccharide / G alpha (s) signalling events / electron transfer activity / periplasmic space / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prostanoid EP2 receptor / Prostanoid receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Soluble cytochrome b562 / Prostaglandin E2 receptor EP2 subtype
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Wu, Y.L. / Zhang, H. / Xu, J.Y. / Wu, C.R. / Xu, E.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2025
タイトル: Structural insights into selective and dual antagonism of EP2 and EP4 prostaglandin receptors.
著者: Yanli Wu / Heng Zhang / Jiuyin Xu / Kai Wu / Wen Hu / Xinheng He / Gaoming Wang / Canrong Wu / H Eric Xu /
要旨: Prostaglandin E2 (PGE2) signaling through EP2 and EP4 receptors is crucial in regulating inflammation, pain, and cancer progression. While selective and dual antagonists for these receptors hold ...Prostaglandin E2 (PGE2) signaling through EP2 and EP4 receptors is crucial in regulating inflammation, pain, and cancer progression. While selective and dual antagonists for these receptors hold therapeutic potential, their binding mechanisms and selectivity have remained unclear. In this study, we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of human EP2 and EP4 receptors in complex with selective antagonists PF-04418948 and grapiprant, as well as with the dual antagonist TG6-129. These structures reveal distinct binding pockets and interaction networks that dictate antagonist selectivity and efficacy. Notably, TG6-129 displays a novel binding mode, engaging deeply with EP2 while interacting more superficially with EP4 in a two-warhead manner. Furthermore, comparisons of active and inactive receptor structures elucidate the mechanisms underlying EP2 activation and antagonism. Overall, these findings provide a structural framework for understanding prostanoid receptor pharmacology and offer valuable insights for the rational design of improved selective and dual antagonists targeting EP2 and EP4 receptors.
履歴
登録2024年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年11月26日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / em_admin ...chem_comp / em_admin / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _em_admin.last_update / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.02025年11月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Experimental summary / Structure summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / entity
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _em_admin.last_update / _entity.pdbx_description

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain of Fab fragment
L: Light chain of Fab fragment
N: Nb
A: GFP-like fluorescent chromoprotein,Prostaglandin E2 receptor EP2 subtype,Soluble cytochrome b562,Prostaglandin E2 receptor EP2 subtype,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,9155
ポリマ－137,5064
非ポリマー4091
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: 抗体 Heavy chain of Fab fragment


分子量: 24152.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: 抗体 Light chain of Fab fragment


分子量: 23398.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: タンパク質 Nb


分子量: 13276.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#4: タンパク質 GFP-like fluorescent chromoprotein,Prostaglandin E2 receptor EP2 subtype,Soluble cytochrome b562,Prostaglandin E2 receptor EP2 subtype,Soluble cytochrome b562 / PGE receptor EP2 subtype / PGE2 receptor EP2 subtype / Prostanoid EP2 receptor / Cytochrome b-562


分子量: 76678.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物), (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: PTGER2, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43116, UniProt: P0ABE7
#5: 化合物 ChemComp-A1ECS / PF-04418948 / 1-(4-fluorophenyl)carbonyl-3-[(6-methoxynaphthalen-2-yl)oxymethyl]azetidine-3-carboxylic acid


分子量: 409.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H20FNO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human prostaglandin E receptor EP2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #4, #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31Escherichia coli (大腸菌)562
41Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.3
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 214366 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0017077
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4129621
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.082499
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0361095
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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