PDB-9jrk: outward-open hSLC19A1 + MTX

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jrk

タイトル

outward-open hSLC19A1 + MTX

要素

Soluble cytochrome b562,Reduced folate transporter,fusion protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / outward-open hSLC19A1

機能・相同性

機能・相同性情報

folate:monoatomic anion antiporter activity / methotrexate transport / folic acid transmembrane transporter activity / methotrexate transmembrane transporter activity / folic acid transport / folate transmembrane transport / folate import across plasma membrane / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å

データ登録者

Zhang, Q.X. / Liu, K.X. / Gao, P.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of SLC19A1-mediated folate and cyclic dinucleotide transport.
著者: Qixiang Zhang / Xuyuan Zhang / Kexin Liu / Yalan Zhu / Xiaohua Nie / Junxiao Ma / Panpan Sun / Zhaolong Li / Yina Gao / Songqing Liu / Ang Gao / Liguo Zhang / Pu Gao /

要旨: The solute carrier protein SLC19A1 is crucial for transporting folate nutrients, antifolate chemotherapeutics, and more recently cyclic dinucleotides (CDNs) immune transmitters, influencing various ...

履歴

登録	2024年9月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月26日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月26日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月26日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月26日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月26日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月26日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jrk.cif.gz	95.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jrk.ent.gz	68 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jrk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/9jrk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/9jrk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	61758MC 61690C 61756C 61759C 61760C 61761C 9jozC 9jriC 9jrlC 9jrmC 9jrnC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (4) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (4) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (4) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (4) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (2) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (4)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (4)
#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
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#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (4)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (4)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (4)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
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#34 - 2002年10月
ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase)
類似性 (2)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Soluble cytochrome b562,Reduced folate transporter,fusion protein

ヘテロ分子

78 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: 抗体	Soluble cytochrome b562,Reduced folate transporter,fusion protein / Cytochrome b-562 / FOLT / Cyclic dinucleotide:anion antiporter SLC19A1 / Folate:anion antiporter ...Cytochrome b-562 / FOLT / Cyclic dinucleotide:anion antiporter SLC19A1 / Folate:anion antiporter SLC19A1 / Intestinal folate carrier 1 / IFC-1 / Placental folate transporter / Reduced folate carrier protein / RFC / hRFC / Reduced folate transporter 1 / RFT-1 / Solute carrier family 19 member 1 / hSLC19A1 分子量: 77519.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: cybC, SLC19A1, FLOT1, RFC1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P41440
#2: 化合物	ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト分子量: 454.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 化学療法薬*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: outward-open hSLC19A1 + MTX / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 3.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 97106 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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