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タイトルMolecular basis of SLC19A1-mediated folate and cyclic dinucleotide transport.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 3146, Year 2025
掲載日2025年4月2日
著者Qixiang Zhang / Xuyuan Zhang / Kexin Liu / Yalan Zhu / Xiaohua Nie / Junxiao Ma / Panpan Sun / Zhaolong Li / Yina Gao / Songqing Liu / Ang Gao / Liguo Zhang / Pu Gao /
PubMed 要旨The solute carrier protein SLC19A1 is crucial for transporting folate nutrients, antifolate chemotherapeutics, and more recently cyclic dinucleotides (CDNs) immune transmitters, influencing various ...The solute carrier protein SLC19A1 is crucial for transporting folate nutrients, antifolate chemotherapeutics, and more recently cyclic dinucleotides (CDNs) immune transmitters, influencing various physiological and pathological processes. While the inward-open state of human SLC19A1 (hSLC19A1) has been previously described, key aspects regarding its conformational dynamics, substrate selectivity, and precise mechanisms underlying CDNs transport remain elusive. Using an antibody-facilitated conformation screening strategy, we present cryo-electron microscopy structures of hSLC19A1 in its outward-open state with and without bound substrates, revealing detailed mechanisms of substrate recognition and conformational changes during transport. We identify both general and specific features for folate/antifolate recognition, including an SLC19A1-specific pocket for accommodating γ-carboxylate-modified antifolates. Intriguingly, CDNs bind as monomers within the canonical pocket of outward-open hSLC19A1, contrasting with dimeric binding in inward-open structures. Together with functional assays, these findings provide a framework for developing antifolate drugs and CDN-targeted therapies, advancing our understanding of SLC19A1's physiological and therapeutic functions.
リンクNat Commun / PubMed:40175380 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.94 - 3.74 Å
構造データ

61690

9joz

EMDB-61690, PDB-9joz:
outward-open hSLC19A1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.94 Å

61756

9jri

EMDB-61756, PDB-9jri:
outward-open hSLC19A1 + 5-MTHF
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

61758

9jrk

EMDB-61758, PDB-9jrk:
outward-open hSLC19A1 + MTX
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.44 Å

61759

9jrl

EMDB-61759, PDB-9jrl:
outward-open hSLC19A1 + PT523
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.25 Å

61760

9jrm

EMDB-61760, PDB-9jrm:
outward-open hSLC19A1 + 2'3'-CDAS
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

61761

9jrn

EMDB-61761, PDB-9jrn:
outward-open hSLC19A1 + TPP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.74 Å

化合物

ChemComp-C2F:
5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID

ChemComp-MTX:
METHOTREXATE

ChemComp-COP:
N-(4-CARBOXY-4-{4-[(2,4-DIAMINO-PTERIDIN-6-YLMETHYL)-AMINO]-BENZOYLAMINO}-BUTYL)-PHTHALAMIC ACID

ChemComp-GJF:
(1~{R},3~{S},6~{R},8~{R},9~{R},10~{S},12~{S},15~{R},17~{R},18~{R})-8,17-bis(6-aminopurin-9-yl)-3,12-bis(oxidanylidene)-3,12-bis(sulfanyl)-2,4,7,11,13,16-hexaoxa-3$l^{5},12$l^{5}-diphosphatricyclo[13.2.1.0^{6,10}]octadecane-9,18-diol

ChemComp-TPP:
THIAMINE DIPHOSPHATE

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / outward-open hSLC19A1

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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