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万見
- PDB-9jqz: Structural Insights into Selective Antagonism Grapiprant and EP4 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jqz
タイトルStructural Insights into Selective Antagonism Grapiprant and EP4 Prostaglandin Receptor
要素
  • GFP-like fluorescent chromoprotein,Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype
  • Heavy chain of Fab fragment
  • Light chain of Fab fragment
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / GPCR / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of eosinophil extravasation / prostaglandin E receptor activity / negative regulation of integrin activation / Prostanoid ligand receptors / T-helper cell differentiation / regulation of stress fiber assembly / negative regulation of cytokine production / response to mechanical stimulus / response to prostaglandin E / JNK cascade ...negative regulation of eosinophil extravasation / prostaglandin E receptor activity / negative regulation of integrin activation / Prostanoid ligand receptors / T-helper cell differentiation / regulation of stress fiber assembly / negative regulation of cytokine production / response to mechanical stimulus / response to prostaglandin E / JNK cascade / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of cytokine production / cellular response to mechanical stimulus / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / bone development / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of inflammatory response / cellular response to prostaglandin E stimulus / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (s) signalling events / immune response / inflammatory response / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prostanoid EP4 receptor / Prostaglandin DP receptor / Prostanoid receptor / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Wu, Y.L. / Zhang, H. / Xu, J.Y. / Wu, C.R. / Xu, E.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Insights into Selective and Dual Antagonism of EP2 and EP4 Prostaglandin Receptor
著者: Wu, Y.L. / Zhang, H. / Xu, J.Y. / Wu, K. / Hu, W. / Wu, C.R. / Xu, E.H.
履歴
登録2024年9月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain of Fab fragment
A: GFP-like fluorescent chromoprotein,Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype
L: Light chain of Fab fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,4744
ポリマ－117,9823
非ポリマー4921
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: 抗体 Heavy chain of Fab fragment


分子量: 27574.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: タンパク質 GFP-like fluorescent chromoprotein,Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype / prostaglandin E receptor EP4 / PGE receptor EP4 subtype / PGE2 receptor EP4 subtype / Prostanoid EP4 receptor


分子量: 61463.859 Da / 分子数: 1 / Mutation: T228A,N232Q,A287L,G331R,N402Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: PTGER4, PTGER2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35408
#3: 抗体 Light chain of Fab fragment


分子量: 28944.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#4: 化合物 ChemComp-A1ECR / 1-[2-[4-(2-ethyl-4,6-dimethyl-imidazo[4,5-c]pyridin-1-yl)phenyl]ethyl]-3-(4-methylphenyl)sulfonyl-urea / Grapiprant / methylbenzenesulfonamide


分子量: 491.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H29N5O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human prostaglandin E receptor EP4 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1, #3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.3
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 287641 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0015509
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4037507
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.6381944
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.038862
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004923

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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