PDB-9jqv: The crystal structure of SFTSV Gn and SD12 antibody complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jqv

タイトル

The crystal structure of SFTSV Gn and SD12 antibody complex

要素

Envelopment polyprotein
SD12 heavy chain
SD12 light chain

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SFTSV / Gn / SD12 / antibody / severe fever with thrombocytopenia syndrome virus / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell Golgi membrane / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

SFTS virus HB29 (ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Shi, W.F. / Quan, C.S. / Qi, J.X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: High affinity human-derived antibodies effectively rescue moribund mice with lethal severe fever with thrombocytopenia virus infection
著者: Quan, C.S. / Qi, J.X. / Shi, W.F.

履歴

登録	2024年9月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jqv.cif.gz	654.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jqv.ent.gz	480 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jqv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/9jqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/9jqv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jquC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Envelopment polyprotein

H: SD12 heavy chain

L: SD12 light chain

B: Envelopment polyprotein

C: SD12 heavy chain

D: SD12 light chain

ヘテロ分子

168 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Envelopment polyprotein

H: SD12 heavy chain

L: SD12 light chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
84.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Envelopment polyprotein

C: SD12 heavy chain

D: SD12 light chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
83.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.064, 82.342, 125.293
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.310, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
抗体 , 2種, 4分子 HCLD

#2: 抗体	SD12 heavy chain 分子量: 23511.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	SD12 light chain 分子量: 23599.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 339分子 AB

#1: タンパク質	Envelopment polyprotein / M polyprotein 分子量: 35968.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Sequence reference for source organism SFTS virus JS4 is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0A1S6K8S9. 由来: (組換発現) SFTS virus HB29 (ウイルス) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1S6K8S9
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Envelopment polyprotein / M polyprotein

分子量: 35968.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence reference for source organism SFTS virus JS4 is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0A1S6K8S9.
由来: (組換発現)

SFTS virus HB29 (ウイルス) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1S6K8S9

#7: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
糖 , 3種, 4分子

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#6: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.44 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M sodium HEPES, 7.0, 15 % w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 74450 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 37.92 Å² / CC_1/2: 0.979 / Net I/σ(I): 11.105
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 66789 / CC_1/2: 0.614

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→45.92 Å / SU ML: 0.3303 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.6736
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2552	3373	5.05 %
R_work	0.2254	63416	-
obs	0.227	66789	89.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11345	0	120	337	11802

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0041	11740
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7116	15901
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0449	1752
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	2038
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.2698	4268

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.43	0.4059	90	0.3294	1502	X-RAY DIFFRACTION	51.21
2.43-2.47	0.3482	105	0.3232	1647	X-RAY DIFFRACTION	56.64
2.47-2.51	0.4005	87	0.3156	1859	X-RAY DIFFRACTION	63.2
2.51-2.55	0.4162	94	0.29	1993	X-RAY DIFFRACTION	67.78
2.55-2.59	0.3788	104	0.2828	2190	X-RAY DIFFRACTION	73.86
2.59-2.64	0.2988	123	0.2786	2260	X-RAY DIFFRACTION	78.39
2.64-2.69	0.2726	118	0.2818	2476	X-RAY DIFFRACTION	83.33
2.69-2.75	0.3385	151	0.2724	2563	X-RAY DIFFRACTION	87.75
2.75-2.8	0.3404	152	0.2722	2705	X-RAY DIFFRACTION	93.18
2.8-2.87	0.295	160	0.2737	2893	X-RAY DIFFRACTION	98.01
2.87-2.94	0.3404	132	0.2707	2941	X-RAY DIFFRACTION	98.97
2.94-3.02	0.2972	173	0.28	2873	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.02-3.11	0.2913	153	0.2701	2949	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.11-3.21	0.3062	160	0.2588	2941	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.33	0.2888	163	0.2408	2931	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.33-3.46	0.2935	139	0.2354	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-3.62	0.2643	141	0.2307	2972	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.62-3.81	0.2392	160	0.2166	2941	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.81-4.04	0.2556	158	0.2028	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-4.36	0.2026	158	0.1783	2957	X-RAY DIFFRACTION	99.94
4.36-4.79	0.214	150	0.1612	2953	X-RAY DIFFRACTION	99.87
4.79-5.49	0.1935	162	0.1732	2989	X-RAY DIFFRACTION	99.9
5.49-6.91	0.1928	174	0.2043	2970	X-RAY DIFFRACTION	99.9
6.91-45.92	0.1932	166	0.2114	3005	X-RAY DIFFRACTION	98.51

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.285846637623	-0.0480830127	0.12739141009	0.558338592124	-0.20087544061	0.7733731861	-0.0517777044635	0.025424136321	0.0655286357067	0.239471395754	0.0526563878973	-0.0330882948776	0.0140918844832	-0.0863908961185	0.00737539261247	0.32853883108	0.0619595797685	0.0227563832601	0.202211600726	-0.00844284081505	0.178173830344	-27.0787344815	20.707595733	-15.5159138512
2	0.267754971415	0.0343814090831	0.185290666095	0.213300210691	0.0528816263543	0.678626559564	0.189301890103	-0.0574612922645	-0.0663785304812	0.24286829696	-0.102021004106	0.00732043147787	0.226434368561	-0.0305634265548	0.0559270700412	0.437112864475	-0.0731494929271	-0.0465247690502	0.243943211006	0.0357726999701	0.225484667972	19.2421013528	25.2361693123	-7.00849587935
3	0.153842903114	0.196185798126	0.0482969465906	0.589240905928	0.184971736959	0.176700833198	-0.0948170400591	0.0678430297796	-0.0770755606322	0.0357987959021	0.134923575773	-0.164271665709	0.258549048466	-0.0836041365591	-0.00239204254841	0.164122706072	-0.0378216901073	0.0368742571001	0.289838097121	-0.0395881679748	0.287860675507	18.1161539777	17.6832280604	-59.6237240213
4	0.653504346681	0.28491394151	-0.226648270926	1.0461067267	-0.166532725373	0.159758862258	-0.328430561438	0.0968040924624	0.0266876681325	-0.158799717048	0.313372391757	0.0588596956618	-0.0235340016942	-0.0363886930935	-0.00259344852893	0.129221472707	-0.171633530341	-0.00379027658917	0.26544213934	-0.00483835250572	0.221505465809	24.8608362968	34.3138009782	-65.2807883282
5	0.228232443739	0.0725751740065	-0.0469540452807	0.631439691367	0.371335439483	0.250965965754	-0.197024701815	-0.0137321123709	0.238679406095	-0.203626467262	0.155064002288	0.187850827605	-0.335927579464	0.0121066078342	-0.0200912683796	0.129799944217	-0.093248492929	-0.0527504840078	0.121915472197	0.0966668375906	0.208194629841	-21.2846839701	28.341212116	-67.4829944477
6	0.58116424992	0.322002335406	0.410428640286	0.887022584253	0.429914221437	0.335449705267	-0.232868514583	0.133144508213	-0.00546072987697	-0.246319340757	0.15165770037	-0.0779552599686	-0.208797657394	0.105601179393	-0.0828516612806	0.172408390912	-0.0957979046522	0.0220386143336	0.215097854579	0.00379186641615	0.236776634429	-18.5105047218	10.1517275831	-72.2864764507

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain A	A	A - F	21 - 349	1
2	2	chain B	B	I - M	21 - 348	1
3	3	chain C	C	N	1 - 223	1 - 214
4	4	chain D	D	O	1 - 211	1 - 211
5	5	chain H	H	G	1 - 223	1 - 214
6	6	chain L	L	H	1 - 211	1 - 211

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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