PDB-9jne: Crystal Structure of SME-1 E166A mutant in complex with Doripenem

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jne

タイトル

Crystal Structure of SME-1 E166A mutant in complex with Doripenem

要素

beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Acyl Enzyme Complex / Carbapenemase / DBO

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Dhankhar, K. / Hazra, S.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of SME-1 E166A mutant in complex with Doripenem
著者: Dhankhar, K. / Hazra, S.

履歴

登録	2024年9月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jne.cif.gz	270.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jne.ent.gz	171.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jne.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jne_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jne_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9jne_validation.xml.gz	27.3 KB	表示
CIF形式データ	9jne_validation.cif.gz	35.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/9jne ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/9jne	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-lactamase

B: beta-lactamase

ヘテロ分子

61.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.743, 51.768, 75.004
Angle α, β, γ (deg.)	90, 114.216, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 267 / Label seq-ID: 3 - 269

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	beta-lactamase / SME E166A 分子量: 30345.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: sme-2, blaSME-1, blaSME-4, blaSME1, SME12620_22 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54488, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-DRW / (2S,3R,4S)-2-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-3-methyl-4-({(3S,5S)-5-[(sulfamoylamino)methyl]pyrrolidin-3-yl}sulfanyl)-3,4-dihydro-2H-pyrrole-5-carboxylic acid / Doripenem(open form, pyrroline tautomer form 2, SP3 connection to Thio as S isomer) 分子量: 422.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₆N₄O₆S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 4000, 0.2M Lithium Chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→28.553 Å / Num. obs: 17497 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.9 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / Num. unique obs: 1981 / CC_1/2: 0.994

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→28.553 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.854 / SU B: 26.712 / SU ML: 0.269 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.38 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2913	907	5.188 %
R_work	0.209	16575	-
all	0.213	-	-
obs	-	17482	99.071 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.364 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.826 Å²	0 Å²	-0.643 Å²
2-	-	-0.202 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.033 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.553 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4108	0	81	126	4315

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	4268
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.549	1.82	5752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.496	5	534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.496	5	34
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.647	10	739
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.193	10	184
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.17	0.2	638
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3190
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	1999
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	2943
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.206	0.2	199
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.274	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.387	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.541	0.767	2139
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	11.009	1.37	2672
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.839	0.907	2129
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.011	1.626	3080
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	24.577	8.874	6513
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.461	3	4268
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.083	0.05	8816

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08261	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08261	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.5-2.564	0.325	69	0.209	1223	0.215	1292	0.928	0.975	100	0.192
2.564-2.634	0.383	58	0.209	1169	0.217	1227	0.926	0.975	100	0.196
2.634-2.71	0.279	58	0.203	1160	0.207	1220	0.951	0.978	99.8361	0.19
2.71-2.792	0.314	79	0.19	1110	0.198	1190	0.945	0.98	99.916	0.178
2.792-2.883	0.366	68	0.235	1101	0.244	1170	0.914	0.966	99.9145	0.222
2.883-2.983	0.346	61	0.228	1033	0.235	1095	0.919	0.967	99.9087	0.216
2.983-3.095	0.358	43	0.222	1017	0.228	1061	0.918	0.969	99.9057	0.211
3.095-3.219	0.273	45	0.23	997	0.232	1046	0.952	0.968	99.6176	0.226
3.219-3.36	0.304	50	0.235	941	0.238	996	0.948	0.967	99.498	0.233
3.36-3.522	0.233	44	0.218	895	0.219	950	0.97	0.976	98.8421	0.216
3.522-3.709	0.276	41	0.236	846	0.238	906	0.946	0.973	97.9029	0.23
3.709-3.93	0.28	45	0.213	804	0.217	861	0.966	0.976	98.6063	0.216
3.93-4.196	0.264	38	0.182	759	0.186	818	0.961	0.98	97.4328	0.181
4.196-4.524	0.19	35	0.159	709	0.161	756	0.984	0.986	98.4127	0.163
4.524-4.943	0.262	24	0.174	653	0.177	700	0.963	0.986	96.7143	0.179
4.943-5.506	0.332	26	0.205	601	0.21	634	0.923	0.979	98.8959	0.208
5.506-6.319	0.289	33	0.222	535	0.227	573	0.977	0.977	99.1274	0.221
6.319-7.646	0.258	48	0.197	440	0.204	490	0.974	0.984	99.5918	0.205
7.646-10.445	0.206	26	0.155	362	0.158	396	0.983	0.988	97.9798	0.172
10.445-28.553	0.272	16	0.234	220	0.237	250	0.981	0.981	94.4	0.247

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