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万見
- PDB-9jm0: retron Ec86-effector fiber -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jm0
タイトルretron Ec86-effector fiber
要素
  • DNA (85-MER)
  • RNA (5'-R(P*CP*GP*UP*AP*AP*GP*GP*GP*UP*GP*CP*GP*CP*A)-3')
  • RNA (82-MER)
  • Retron Ec86 putative ribosyltransferase/DNA-binding protein
  • Retron Ec86 reverse transcriptase
キーワードRNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / Reverse transcriptase / RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / defense response to virus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase), msDNA / : / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AR6 / NICOTINAMIDE / : / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Retron Ec86 putative ribosyltransferase/DNA-binding protein / Retron Ec86 reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wang, Y.J. / Guan, Z.Y. / Wang, C. / Zou, T.T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: DNA methylation activates retron Ec86 filaments for antiphage defense.
著者: Yanjing Wang / Chen Wang / Zeyuan Guan / Jie Cao / Jia Xu / Shuangshuang Wang / Yongqing Cui / Qiang Wang / Yibei Chen / Yongqi Yin / Delin Zhang / Hongbo Liu / Ming Sun / Shuangxia Jin / Pan ...著者: Yanjing Wang / Chen Wang / Zeyuan Guan / Jie Cao / Jia Xu / Shuangshuang Wang / Yongqing Cui / Qiang Wang / Yibei Chen / Yongqi Yin / Delin Zhang / Hongbo Liu / Ming Sun / Shuangxia Jin / Pan Tao / Tingting Zou /
要旨: Retrons are a class of multigene antiphage defense systems typically consisting of a retron reverse transcriptase, a non-coding RNA, and a cognate effector. Although triggers for several retron ...Retrons are a class of multigene antiphage defense systems typically consisting of a retron reverse transcriptase, a non-coding RNA, and a cognate effector. Although triggers for several retron systems have been discovered recently, the complete mechanism by which these systems detect invading phages and mediate defense remains unclear. Here, we focus on the retron Ec86 defense system, elucidating its modes of activation and mechanisms of action. We identified a phage-encoded DNA cytosine methyltransferase (Dcm) as a trigger of the Ec86 system and demonstrated that Ec86 is activated upon multicopy single-stranded DNA (msDNA) methylation. We further elucidated the structure of a tripartite retron Ec86-effector filament assembly that is primed for activation by Dcm and capable of hydrolyzing nicotinamide adenine dinucleotide (NAD). These findings provide insights into the retron Ec86 defense mechanism and underscore an emerging theme of antiphage defense through supramolecular complex assemblies.
履歴
登録2024年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月23日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / em_admin ...chem_comp / em_admin / em_software / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _em_admin.last_update ..._chem_comp.name / _em_admin.last_update / _em_software.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.12025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Group: Data processing / Experimental summary / Structure summary
Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / entity
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _chem_comp.name / _em_admin.last_update ..._chem_comp.name / _em_admin.last_update / _em_software.name / _entity.pdbx_description

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retron Ec86 reverse transcriptase
C: Retron Ec86 putative ribosyltransferase/DNA-binding protein
D: DNA (85-MER)
E: RNA (82-MER)
F: RNA (5'-R(P*CP*GP*UP*AP*AP*GP*GP*GP*UP*GP*CP*GP*CP*A)-3')
B: Retron Ec86 reverse transcriptase
G: DNA (85-MER)
H: RNA (82-MER)
I: RNA (5'-R(P*CP*GP*UP*AP*AP*GP*GP*GP*UP*GP*CP*GP*CP*A)-3')
J: Retron Ec86 putative ribosyltransferase/DNA-binding protein
K: Retron Ec86 reverse transcriptase
L: Retron Ec86 putative ribosyltransferase/DNA-binding protein
M: DNA (85-MER)
N: RNA (82-MER)
O: RNA (5'-R(P*CP*GP*UP*AP*AP*GP*GP*GP*UP*GP*CP*GP*CP*A)-3')
P: Retron Ec86 reverse transcriptase
Q: DNA (85-MER)
R: RNA (82-MER)
S: RNA (5'-R(P*CP*GP*UP*AP*AP*GP*GP*GP*UP*GP*CP*GP*CP*A)-3')
T: Retron Ec86 putative ribosyltransferase/DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)522,41122
ポリマ－521,72920
非ポリマー6812
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ABKPCJLT

#1: タンパク質
Retron Ec86 reverse transcriptase / Ec86-RT / ORF320 / Reverse transcriptase / RT


分子量: 37832.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ret, LM2_00877 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P23070, RNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質
Retron Ec86 putative ribosyltransferase/DNA-binding protein / ORF223


分子量: 35538.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: LM2_00875 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DV88

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DNA鎖 , 1種, 4分子 DGMQ

#3: DNA鎖
DNA (85-MER)


分子量: 26320.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: GenBank: 341167

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RNA鎖 , 2種, 8分子 EHNRFIOS

#4: RNA鎖
RNA (82-MER)


分子量: 26199.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: msrRNA / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: GenBank: 341167
#5: RNA鎖
RNA (5'-R(P*CP*GP*UP*AP*AP*GP*GP*GP*UP*GP*CP*GP*CP*A)-3')


分子量: 4541.771 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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非ポリマー , 2種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE


分子量: 122.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose


分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: retron Ec86-effector fiber / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI SPIRIT
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 270375 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00429609
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.62942241
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d27.1729100
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0394965
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043477

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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