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万見
- EMDB-61595: retron Ec86-effector fiber -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61595
タイトルretron Ec86-effector fiber
マップデータ
試料
  • 複合体: retron Ec86-effector fiber
    • タンパク質・ペプチド: Retron Ec86 reverse transcriptase
    • タンパク質・ペプチド: Retron Ec86 putative ribosyltransferase/DNA-binding protein
    • DNA: DNA (85-MER)
    • RNA: RNA (82-MER)
    • RNA: RNA (5'-R(P*CP*GP*UP*AP*AP*GP*GP*GP*UP*GP*CP*GP*CP*A)-3')
  • リガンド: NICOTINAMIDE
  • リガンド: [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE
キーワードReverse transcriptase / RNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / defense response to virus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase), msDNA / : / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Retron Ec86 putative ribosyltransferase/DNA-binding protein / Retron Ec86 reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wang YJ / Guan ZY / Wang C / Zou TT
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: DNA methylation activates retron Ec86 filaments for antiphage defense.
著者: Yanjing Wang / Chen Wang / Zeyuan Guan / Jie Cao / Jia Xu / Shuangshuang Wang / Yongqing Cui / Qiang Wang / Yibei Chen / Yongqi Yin / Delin Zhang / Hongbo Liu / Ming Sun / Shuangxia Jin / Pan ...著者: Yanjing Wang / Chen Wang / Zeyuan Guan / Jie Cao / Jia Xu / Shuangshuang Wang / Yongqing Cui / Qiang Wang / Yibei Chen / Yongqi Yin / Delin Zhang / Hongbo Liu / Ming Sun / Shuangxia Jin / Pan Tao / Tingting Zou /
要旨: Retrons are a class of multigene antiphage defense systems typically consisting of a retron reverse transcriptase, a non-coding RNA, and a cognate effector. Although triggers for several retron ...Retrons are a class of multigene antiphage defense systems typically consisting of a retron reverse transcriptase, a non-coding RNA, and a cognate effector. Although triggers for several retron systems have been discovered recently, the complete mechanism by which these systems detect invading phages and mediate defense remains unclear. Here, we focus on the retron Ec86 defense system, elucidating its modes of activation and mechanisms of action. We identified a phage-encoded DNA cytosine methyltransferase (Dcm) as a trigger of the Ec86 system and demonstrated that Ec86 is activated upon multicopy single-stranded DNA (msDNA) methylation. We further elucidated the structure of a tripartite retron Ec86-effector filament assembly that is primed for activation by Dcm and capable of hydrolyzing nicotinamide adenine dinucleotide (NAD). These findings provide insights into the retron Ec86 defense mechanism and underscore an emerging theme of antiphage defense through supramolecular complex assemblies.
履歴
登録2024年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月18日-
マップ公開2024年12月18日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61595.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61595.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 280 pix.
= 299.6 Å		1.07 Å/pix.
x 280 pix.
= 299.6 Å		1.07 Å/pix.
x 280 pix.
= 299.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-2.191449 - 4.1874213
平均 (標準偏差)0.0019668809 (±0.10469317)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 299.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61595_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61595_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : retron Ec86-effector fiber

全体名称: retron Ec86-effector fiber
要素
  • 複合体: retron Ec86-effector fiber
    • タンパク質・ペプチド: Retron Ec86 reverse transcriptase
    • タンパク質・ペプチド: Retron Ec86 putative ribosyltransferase/DNA-binding protein
    • DNA: DNA (85-MER)
    • RNA: RNA (82-MER)
    • RNA: RNA (5'-R(P*CP*GP*UP*AP*AP*GP*GP*GP*UP*GP*CP*GP*CP*A)-3')
  • リガンド: NICOTINAMIDE
  • リガンド: [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE

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超分子 #1: retron Ec86-effector fiber

超分子名称: retron Ec86-effector fiber / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Retron Ec86 reverse transcriptase

分子名称: Retron Ec86 reverse transcriptase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 37.83207 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKSAEYLNTF RLRNLGLPVM NNLHDMSKAT RISVETLRLL IYTADFRYRI YTVEKKGPEK RMRTIYQPSR ELKALQGWVL RNILDKLSS SPFSIGFEKH QSILNNATPH IGANFILNID LEDFFPSLTA NKVFGVFHSL GYNRLISSVL TKICCYKNLL P QGAPSSPK ...文字列:
MKSAEYLNTF RLRNLGLPVM NNLHDMSKAT RISVETLRLL IYTADFRYRI YTVEKKGPEK RMRTIYQPSR ELKALQGWVL RNILDKLSS SPFSIGFEKH QSILNNATPH IGANFILNID LEDFFPSLTA NKVFGVFHSL GYNRLISSVL TKICCYKNLL P QGAPSSPK LANLICSKLD YRIQGYAGSR GLIYTRYADD LTLSAQSMKK VVKARDFLFS IIPSEGLVIN SKKTCISGPR SQ RKVTGLV ISQEKVGIGR EKYKEIRAKI HHIFCGKSSE IEHVRGWLSF ILSVDSKSHR RLITYISKLE KKYGKNPLNK AKT LEHHHH HHHH

UniProtKB: Retron Ec86 reverse transcriptase

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分子 #2: Retron Ec86 putative ribosyltransferase/DNA-binding protein

分子名称: Retron Ec86 putative ribosyltransferase/DNA-binding protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 35.538242 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNKKFTDEQQ QQLIGHLTKK GFYRGANIKI TIFLCGGDVA NHQSWRHQLS QFLAKFSDVD IFYPEDLFDD LLAGQGQHSL LSLENILAE AVDVIILFPE SPGSFTELGA FSNNENLRRK LICIQDAKFK SKRSFINYGP VRLLRKFNSK SVLRCSSNEL K EMCDSSID ...文字列:
MNKKFTDEQQ QQLIGHLTKK GFYRGANIKI TIFLCGGDVA NHQSWRHQLS QFLAKFSDVD IFYPEDLFDD LLAGQGQHSL LSLENILAE AVDVIILFPE SPGSFTELGA FSNNENLRRK LICIQDAKFK SKRSFINYGP VRLLRKFNSK SVLRCSSNEL K EMCDSSID VARKLRLYKK LMASIKKVRK ENKVSKDIGN ILYAERFLLP CIYLLDSVNY RTLCELAFKA IKQDDVLSKI IV RSVVSRL INERKILQMT DGYQVTALGA SYVRSVFDRK TLDRLRLEIM NFENRRKSTF NYDKIPYAHP

UniProtKB: Retron Ec86 putative ribosyltransferase/DNA-binding protein

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分子 #3: DNA (85-MER)

分子名称: DNA (85-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 4 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 26.320875 KDa
配列文字列: (DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC) (DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT) (DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT) (DC) (DA)(DG)(DG)(DC)(DG) ...文字列:
(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC) (DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT) (DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT) (DC) (DA)(DG)(DG)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG) (DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC) (DC)(DA) (DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA) (DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG) (DT)(DA)(DA) (DC)(DT)(DC)(DA)(DG)

GENBANK: GENBANK: M24408.1

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分子 #4: RNA (82-MER)

分子名称: RNA (82-MER) / タイプ: rna / ID: 4 / 詳細: msrRNA / コピー数: 4
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 26.19941 KDa
配列文字列:
AUGCGCACCC UUAGCGAGAG GUUUAUCAUU AAGGUCAACC UCUGGAUGUU GUUUCGGCAU CCUGCAUUGA AUCUGAGUUA CU

GENBANK: GENBANK: M24408.1

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分子 #5: RNA (5'-R(P*CP*GP*UP*AP*AP*GP*GP*GP*UP*GP*CP*GP*CP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*CP*GP*UP*AP*AP*GP*GP*GP*UP*GP*CP*GP*CP*A)-3')
タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 4
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 4.541771 KDa
配列文字列:
CGUAAGGGUG CGCA

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分子 #6: NICOTINAMIDE

分子名称: NICOTINAMIDE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: NCA
分子量理論値: 122.125 Da
Chemical component information

ChemComp-NCA:
NICOTINAMIDE

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分子 #7: [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]ME...

分子名称: [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: AR6
分子量理論値: 559.316 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 270375
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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