PDB-9jlr: Crystal structure of GH57 family amylopullulanase from Aquifex ae...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jlr

タイトル

Crystal structure of GH57 family amylopullulanase from Aquifex aeolicus mutant E256Q in complex with maltopentaose

要素

Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / GH57 family / amylopullulanase / Aquifex aeolicus

機能・相同性

: / Glycoside hydrolase family 57, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 57 / Glycoside hydrolase 38, N-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / catalytic activity / carbohydrate metabolic process / alpha-maltopentaose / Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.79 Å

データ登録者

Zhu, Z.M. / Wang, W.W. / Li, M.J. / Xu, Q. / Zhou, H. / Huang, L.Q. / Wang, Q.S. / Yu, F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2024
タイトル: High-Temperature Crystallization Method for the GH57 Family Hyperthermophilic Amylopullulanase from Aquifex aeolicus
著者: Zhu, Z. / Wang, W. / Huang, L. / Xu, Q. / Zhou, H. / Li, M. / Yu, F. / Wang, Q.

履歴

登録	2024年9月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jlr.cif.gz	810.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jlr.ent.gz	680 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jlr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9jlr_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jlr_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	9jlr_validation.xml.gz	76.9 KB	表示
CIF形式データ	9jlr_validation.cif.gz	98.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/9jlr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/9jlr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9jlqC 9jlsC 9jlwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

B: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

C: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

D: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

237 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
59.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.170, 165.170, 98.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.46, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

分子量: 58323.418 Da / 分子数: 4 / 変異: E256Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: aq_720 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66934

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltopentaose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.41 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 45% MPD, 5% PEG8000, 0.1 M MES 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97914 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.79→62.92 Å / Num. obs: 52825 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2.79→2.86 Å / R_merge(I) obs: 1.687 / Num. unique obs: 3869 / CC_1/2: 0.391 / R_rim(I) all: 1.816

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.79→46.01 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2446	2612	4.95 %
R_work	0.188	-	-
obs	0.1907	52769	98.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.79→46.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16352	0	224	51	16627

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	17039
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.799	23051
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.15	2259
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	2457
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2880

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.79-2.84	0.3772	158	0.3232	2596	X-RAY DIFFRACTION	99
2.84-2.9	0.3863	123	0.308	2638	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9-2.95	0.3653	163	0.2861	2612	X-RAY DIFFRACTION	99
2.95-3.02	0.3065	146	0.2605	2576	X-RAY DIFFRACTION	97
3.02-3.09	0.2843	148	0.2492	2622	X-RAY DIFFRACTION	99
3.09-3.17	0.3146	147	0.2365	2631	X-RAY DIFFRACTION	98
3.17-3.25	0.2888	161	0.2265	2626	X-RAY DIFFRACTION	99
3.25-3.35	0.318	144	0.2282	2609	X-RAY DIFFRACTION	98
3.35-3.46	0.3072	123	0.2075	2667	X-RAY DIFFRACTION	98
3.46-3.58	0.2473	143	0.1956	2622	X-RAY DIFFRACTION	99
3.58-3.72	0.2595	123	0.1837	2674	X-RAY DIFFRACTION	98
3.72-3.89	0.2389	130	0.1837	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
3.89-4.1	0.2199	155	0.179	2627	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1-4.35	0.2309	141	0.1632	2650	X-RAY DIFFRACTION	99
4.35-4.69	0.1879	116	0.1523	2682	X-RAY DIFFRACTION	98
4.69-5.16	0.2334	122	0.1651	2683	X-RAY DIFFRACTION	98
5.16-5.9	0.2412	141	0.1744	2658	X-RAY DIFFRACTION	99
5.91-7.43	0.2242	103	0.1945	2673	X-RAY DIFFRACTION	98
7.44-46.01	0.1557	125	0.1365	2676	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6204	0.2513	0.294	0.7516	0.0004	1.4244	-0.0507	-0.0617	0.0238	0.0818	0.0626	-0.1803	0.0908	0.2771	0.0208	0.4272	-0.01	-0.0021	0.4166	-0.0155	0.4367	26.9449	0.598	13.9122
2	1.2723	0.4654	-0.0014	1.245	0.4415	2.0185	-0.0395	0.2237	-0.144	-0.2162	0.1013	0.0524	0.0945	-0.1644	-0.0159	0.4486	-0.0419	0.0404	0.433	0.0071	0.4795	2.07	-3.425	0.1415
3	4.1441	1.073	0.1854	1.8857	-0.6696	1.9527	-0.0395	-0.2351	0.1901	-0.0185	-0.1658	-0.1586	-0.1509	-0.1515	0.2124	0.4286	0.0179	0.0305	0.4248	-0.0305	0.4573	1.982	8.1833	17.8993
4	2.2555	-1.4788	-0.4828	2.569	0.9239	2.3825	-0.0644	0.4231	0.2869	-0.5935	0.1608	-0.3208	-0.4026	0.0534	-0.0104	0.5098	-0.087	0.0042	0.4815	-0.0041	0.5124	7.905	-0.1223	-11.0222
5	7.3668	0.5379	0.3629	2.0393	0.9058	8.1431	-0.1385	0.1619	0.7298	-0.2097	0.1084	-0.1261	-0.3552	-0.0689	0.0419	0.4416	-0.0345	0.0849	0.5976	-0.003	0.532	21.9859	-4.767	-8.5039
6	4.4635	0.593	-0.7103	1.0029	0.0062	0.413	-0.1861	-0.5123	0.2594	0.0673	0.2212	0.2148	-0.2394	-0.2829	-0.0562	0.3587	0.012	0.0144	0.4262	0.029	0.4996	-18.5832	43.0749	26.7779
7	5.5827	0.3103	-0.1524	1.009	0.4559	0.8857	0.1525	-0.4097	-1.3612	-0.1453	0.061	0.2703	0.1783	0.0248	0.0061	0.55	0.0118	0.0043	0.5951	0.0718	0.848	-34.5098	27.3173	27.5128
8	4.0026	0.5405	-0.0026	0.7793	0.1522	0.6747	0.0941	-0.7753	0.1957	0.1966	-0.0875	0.189	-0.1019	-0.1425	-0.0418	0.4785	0.0152	0.0049	0.6166	-0.0199	0.4975	-24.3118	42.0626	34.1948
9	2.6124	0.1847	0.436	1.584	0.1784	1.7416	0.02	-0.0252	-0.1348	-0.0689	0.0898	0.026	-0.1108	0.107	-0.0305	0.3767	-0.0194	0.0057	0.3679	0.0248	0.4829	0.5078	37.6328	19.6247
10	3.2675	-0.2591	-0.1222	0.8138	-0.4558	2.4206	-0.1287	-0.1658	-0.1586	-0.0827	-0.0587	0.1223	0.3248	0.036	0.0203	0.4869	-0.0059	0.0151	0.3187	-0.0107	0.4592	-2.4559	36.0886	21.6541
11	6.4639	-1.3314	0.3056	3.7121	0.0629	6.4218	-0.2767	0.0679	-0.2093	0.0874	0.2612	0.4162	0.1046	-0.4937	0.0128	0.5139	-0.0467	-0.0121	0.6124	-0.0297	0.388	-20.0079	40.9201	6.8785
12	2.6046	0.612	0.6696	1.8251	-0.2516	1.6849	-0.0403	0.3205	-0.0466	-0.1537	0.2233	0.3187	0.1677	-0.6553	-0.121	0.6011	-0.0558	-0.075	0.8087	0.0888	0.522	3.6854	-9.7166	48.6283
13	2.001	0.0457	0.128	1.1923	-0.6766	2.7519	0.0389	0.1375	0.2017	-0.0142	0.0393	-0.0854	-0.3786	0.1164	-0.1274	0.5197	-0.0407	-0.0163	0.4634	-0.018	0.4892	24.8618	-0.1479	59.8987
14	2.8367	1.713	1.6969	5.638	-2.4279	3.4815	-0.3187	-0.2156	0.1227	-0.4446	0.323	-0.0303	-0.531	-0.2594	0.0758	0.536	-0.0445	-0.01	0.6929	0.0306	0.404	11.7823	-18.8057	69.5056
15	3.252	1.3304	-0.7708	2.0048	0.2738	1.4612	-0.1795	0.1235	0.0575	-0.4153	0.189	-0.2219	0.1586	0.2542	-0.0575	0.6777	0.0226	0.0734	0.6561	0.051	0.4932	4.0941	46.8866	65.0183
16	2.1786	0.1736	-0.3429	1.0709	-0.1279	1.3285	-0.2289	0.3829	-0.0252	-0.2252	-0.0337	0.0379	0.0509	-0.2266	0.0986	0.5679	-0.0014	0.0014	0.5517	0.0312	0.4785	-16.8488	45.7471	73.3231
17	2.4962	-0.0342	-0.8045	1.7687	0.1719	2.6677	-0.1132	0.3416	-0.4321	-0.3144	-0.0029	-0.1957	0.4762	-0.1734	0.1423	0.7918	-0.0464	0.1044	0.5958	-0.0031	0.6219	-13.4672	25.5524	69.2586
18	2.6198	0.797	0.8826	3.9534	-0.0305	2.73	0.226	-0.1503	-0.3161	0.3106	0.0914	0.0427	0.4631	-0.1229	-0.1373	0.6452	0.021	0.0317	0.5775	0.0555	0.3791	-17.0953	34.496	86.0272
19	1.9988	-0.0682	0.025	5.5053	-1.0581	2.9273	-0.0303	-0.223	0.0249	0.6568	0.0248	-0.3924	-0.3311	0.0783	0.0031	0.5752	0.0238	-0.0044	0.5209	-0.0402	0.3905	-12.4344	55.8659	89.5295
20	2.432	1.1578	-0.9291	4.7793	1.9378	3.6159	0.0395	-0.2848	0.2626	-0.1723	0.1688	-0.7857	0.2745	0.4219	-0.2543	0.4542	-0.0478	0.105	0.6089	0.0394	0.6355	-6.1722	58.4614	84.5471

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 185 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 186 through 322 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 323 through 396 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 397 through 435 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 436 through 477 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 123 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 124 through 200 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 201 through 360 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 361 through 434 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 435 through 477 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 1 through 185 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 186 through 444 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 445 through 484 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 1 through 158 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 159 through 278 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 279 through 396 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 397 through 419 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 420 through 444 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 445 through 485 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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