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- PDB-9jls: Crystal structure of GH57 family amylopullulanase from Aquifex ae... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jls
タイトルCrystal structure of GH57 family amylopullulanase from Aquifex aeolicus wild type in complex with acarbose
要素Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / GH57 family / amylopullulanase / Aquifex aeolicus
機能・相同性: / Glycoside hydrolase family 57, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 57 / Glycoside hydrolase 38, N-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / catalytic activity / carbohydrate metabolic process / alpha-acarbose / Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Zhu, Z.M. / Wang, W.W. / Li, M.J. / Xu, Q. / Zhou, H. / Huang, L.Q. / Wang, Q.S. / Yu, F.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2024
タイトル: High-Temperature Crystallization Method for the GH57 Family Hyperthermophilic Amylopullulanase from Aquifex aeolicus
著者: Zhu, Z. / Wang, W. / Huang, L. / Xu, Q. / Zhou, H. / Li, M. / Yu, F. / Wang, Q.
履歴
登録2024年9月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein
B: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein
C: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein
D: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,3278
ポリマ－232,7454
非ポリマー2,5824
水00
1
A: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8322
ポリマ－58,1861
非ポリマー6461
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8322
ポリマ－58,1861
非ポリマー6461
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8322
ポリマ－58,1861
非ポリマー6461
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8322
ポリマ－58,1861
非ポリマー6461
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.430, 167.410, 97.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein


分子量: 58186.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: aq_720 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66934
#2: 多糖
4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 645.606 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-acarbose
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 40% MPD, 5% PEG 8000, 0.1M MES 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→66.5 Å / Num. obs: 41253 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.961 / Rrim(I) all: 0.406 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 3.06→3.14 Å / Rmerge(I) obs: 1.653 / Num. unique obs: 3050 / CC1/2: 0.357 / Rpim(I) all: 0.761 / Rrim(I) all: 1.824

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.06→66.5 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2296 2058 5 %
Rwork0.1802 --
obs0.1826 41196 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.06→66.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16342 0 176 0 16518
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00216984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52922984
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6492226
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422428
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042882
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.06-3.130.35971270.2922616X-RAY DIFFRACTION99
3.13-3.210.32551150.25972597X-RAY DIFFRACTION99
3.21-3.30.311470.24672604X-RAY DIFFRACTION99
3.3-3.390.27891330.22532599X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.50.27151480.22462591X-RAY DIFFRACTION99
3.5-3.630.25821400.19922612X-RAY DIFFRACTION99
3.63-3.770.23471420.19112585X-RAY DIFFRACTION100
3.77-3.940.22471640.1792557X-RAY DIFFRACTION99
3.94-4.150.23991320.16412615X-RAY DIFFRACTION99
4.15-4.410.20031550.15452617X-RAY DIFFRACTION99
4.41-4.750.19291360.14962608X-RAY DIFFRACTION99
4.75-5.230.21671240.15092643X-RAY DIFFRACTION99
5.23-5.990.26311100.17442645X-RAY DIFFRACTION100
5.99-7.540.21051400.18422632X-RAY DIFFRACTION100
7.54-66.50.15541450.13542617X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.54710.692-0.37660.8670.38281.3599-0.109-0.0474-0.1890.04470.1491-0.13170.1750.1658-0.06040.32830.0391-0.02330.4097-0.00120.393119.4554-3.4399.5792
27.47542.62130.56484.2449-0.01380.9745-0.0382-0.28420.20240.05420.0275-0.25530.09530.07750.02270.33940.0118-0.01210.3977-0.03510.276431.4144.589115.024
32.03760.1502-0.28872.0877-0.08530.94740.01310.0670.0538-0.1033-0.00820.20120.0459-0.219-0.00710.3041-0.0201-0.03640.30080.00840.31170.90770.22221.9624
45.70472.26542.9667.13442.27487.85290.0897-0.24740.05620.2757-0.32810.26310.4255-0.47040.21280.3708-0.01060.01850.28860.01050.26330.29424.691119.6419
58.5735-0.9563-5.09832.55291.01334.7939-0.07370.9890.1633-0.3166-0.06520.0095-0.059-0.46160.10970.5054-0.0952-0.08050.41110.00770.27266.52380.5255-12.4336
69.3078-1.3338-0.72094.9260.55156.7743-0.02080.32830.50170.0910.3733-0.3878-0.46990.3871-0.41590.4291-0.06860.0230.4777-0.00130.266220.8734-4.0231-10.0625
73.83330.26840.07050.5734-0.04631.19220.0095-0.25430.06870.0845-0.01170.19350.0193-0.16120.00530.351-0.00910.03390.3336-0.02230.421-24.70139.024330.0854
81.5339-0.3315-0.94844.15252.39854.09020.01130.32050.0464-0.71970.0129-0.0985-0.30870.0132-0.09910.4834-0.06460.0410.47270.10080.4143-5.397346.37168.2107
92.18231.5165-0.0394.7639-0.96351.4542-0.10010.2224-0.0849-0.35730.1441-0.10410.02660.1679-0.00290.33460.01610.09540.4223-0.02410.34513.141538.270619.9715
105.53181.04510.46784.0110.40443.73980.1367-0.4805-0.52010.4323-0.0572-0.18520.2629-0.0401-0.08090.38430.00730.01760.389-0.01960.2652-0.482831.592434.7792
113.3369-0.37961.87072.2522-0.77583.3366-0.15860.4377-0.4117-0.2550.11990.2518-0.04240.04970.05110.4991-0.11710.05480.5506-0.00830.3137-6.130637.49665.2712
127.0605-3.06760.83367.19371.38774.1388-0.05260.5761-0.36930.3732-0.25120.83660.33580.11320.28240.5032-0.072-0.02360.4894-0.01980.3573-20.331742.05267.2509
132.16571.1124-0.45443.08250.35251.7474-0.1860.22860.1235-0.26750.2478-0.0875-0.26180.1507-0.0650.4582-0.00930.06590.5030.04620.377829.094349.3303-25.5219
147.15556.17261.63539.6063-1.87592.9143-0.12210.20350.10370.63950.1974-1.27940.60960.8108-0.07060.61210.17810.06980.8742-0.22860.757950.999447.8303-20.3762
151.78360.5743-0.7881.6340.30682.6738-0.07860.10590.0512-0.06190.1326-0.09580.0982-0.0933-0.0390.46260.03270.05980.39370.02270.366421.913543.6511-20.3642
169.04341.69220.22163.19751.08212.84630.0640.4577-0.7924-0.13280.1367-0.29690.7971-0.0583-0.16850.9119-0.00250.06130.48470.02410.352721.894527.3665-27.7058
173.33222.17710.82778.96732.26234.11160.1486-0.1567-0.17720.9359-0.2589-0.70050.373-0.19020.11080.42370.01180.08260.41020.10910.345418.595444.4109-2.5468
186.13721.9849-2.27414.64282.70224.1275-0.341-0.2685-0.7228-0.62750.3325-0.82130.25320.81360.08460.3665-0.03330.17040.690.0850.410226.592352.4877-7.4301
195.7434-5.3019-1.49488.43051.15292.2936-0.1369-0.37080.25890.36070.0302-0.669-0.28110.48110.14770.5101-0.0378-0.07120.51990.10660.356225.745266.1583-6.6979
201.84390.7613-0.15442.0864-0.86581.7311-0.10620.43280.1369-0.15030.23190.42070.0178-0.3409-0.13860.4646-0.0752-0.07790.6092-0.00430.45114.6451-10.729447.5581
212.81960.4820.13412.55170.05174.88590.0960.11190.09520.2271-0.1241-0.283-0.04980.34890.0380.3530.0102-0.03260.37680.00660.389629.0279-8.91563.9163
221.87980.0930.41891.6973-0.80943.8288-0.09090.26990.4253-0.15950.05080.1539-0.63850.04270.03660.47390.0164-0.01630.4056-0.02860.42921.6925.776856.2175
235.92695.69211.67115.896-0.29549.0430.0249-0.16390.9894-1.1816-0.06060.5833-1.5447-0.04670.0950.6421-0.0748-0.1030.4690.02880.32413.0773-13.672667.4478
242.9322-0.23161.483.6934-0.76521.5513-0.1886-0.1852-0.0409-0.15620.0650.11570.0939-0.35090.12650.4982-0.0689-0.00390.5708-0.06890.491213.6158-27.130568.5684
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 88 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 89 through 185 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 186 through 360 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 361 through 396 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 397 through 435 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 436 through 477 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 194 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 195 through 245 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 246 through 322 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 323 through 396 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 397 through 435 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 436 through 477 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 1 through 88 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 89 through 123 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 124 through 322 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 323 through 396 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 397 through 435 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 436 through 460 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 461 through 484 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 1 through 200 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 201 through 278 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 279 through 435 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 436 through 460 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 461 through 484 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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