PDB-9jkp: Crystal structure of the Staphylococcus aureus GTPase Era in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jkp

タイトル

Crystal structure of the Staphylococcus aureus GTPase Era in complex with GDP

要素

GTPase Era

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / ribosome / maturation / GTPase

機能・相同性

機能・相同性情報

ribosomal small subunit binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / rRNA binding / GTPase activity / GTP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.76 Å

データ登録者

Klochkova, E. / Biktimirov, A. / Islamov, D. / Belousov, A. / Yusupov, M. / Usachev, K.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of the GDP-bound GTPase Era from Staphylococcus aureus.
著者: Klochkova, E. / Biktimirov, A. / Islamov, D. / Belousov, A. / Validov, S. / Yusupov, M. / Usachev, K.

履歴

登録	2024年9月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jkp.cif.gz	299.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jkp.ent.gz	210.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jkp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/9jkp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/9jkp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1)

登録構造単位

B: GTPase Era

ヘテロ分子

34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.146, 78.146, 244.905
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	GTPase Era 分子量: 34379.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: era, SAOUHSC_01668 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FY06
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.38 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 0.228M tri-Potassium citrate pH 8.3, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.977 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.977 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.76→48.2 Å / Num. obs: 20362 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.025 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 15.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
4.12-4.71	0.019	26.4	2047	0.999	0.019	0.027	100
3.74-4.12	0.029	16.5	2041	0.998	0.029	0.041	100
3.47-3.74	0.054	9.6	2039	0.996	0.054	0.077	100
3.27-3.47	0.111	5.2	1996	0.974	0.111	0.157	100
3.11-3.27	0.202	2.9	2020	0.916	0.202	0.285	100
2.97-3.11	0.33	1.8	2001	0.852	0.33	0.467	100
2.86-2.97	0.542	1.1	1995	0.622	0.542	0.766	100
2.76-2.86	1.037	0.6	1879	0.417			94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
XDS	January 10, 2022	データスケーリング
Coot	0.9.8.95	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.76→48.195 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 31.059 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.224 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2236	1018	5.003 %
R_work	0.1698	19330	-
all	0.173	-	-
obs	-	20348	99.569 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 98.104 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.498 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.498 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.996 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.76→48.195 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2404	0	29	17	2450

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	2478
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.016	2417
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.57	1.834	3345
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.29	1.79	5584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.179	5	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.724	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.538	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.819	10	474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.595	10	114
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.136	0.2	374
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2828
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	526
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.14	0.2	330
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.103	0.2	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.131	0.2	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.06	0.2	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.072	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.053	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.082	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.09	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	19.715	7.096	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	19.707	7.098	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	28.861	12.859	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	28.864	12.86	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	20.083	7.503	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	20.065	7.504	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	29.524	13.761	1853
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	29.516	13.761	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	35.594	69	2444
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	35.582	68.998	2444
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.918	3	4895

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.76-2.831	0.372	70	0.378	1317	0.377	1462	0.94	0.898	94.87	0.373
2.831-2.909	0.339	72	0.349	1369	0.349	1441	0.925	0.938	100	0.338
2.909-2.993	0.341	69	0.308	1323	0.31	1392	0.931	0.953	100	0.281
2.993-3.084	0.319	68	0.279	1278	0.282	1346	0.941	0.959	100	0.25
3.084-3.185	0.337	65	0.245	1244	0.249	1309	0.938	0.973	100	0.203
3.185-3.296	0.272	65	0.209	1227	0.212	1293	0.957	0.981	99.9227	0.168
3.296-3.42	0.25	61	0.184	1169	0.187	1230	0.94	0.983	100	0.148
3.42-3.559	0.214	60	0.166	1138	0.169	1198	0.974	0.987	100	0.137
3.559-3.717	0.232	58	0.153	1095	0.157	1153	0.975	0.991	100	0.129
3.717-3.897	0.167	55	0.128	1042	0.13	1097	0.988	0.993	100	0.108
3.897-4.106	0.176	52	0.12	997	0.123	1049	0.983	0.992	100	0.101
4.106-4.353	0.146	50	0.112	954	0.114	1004	0.99	0.992	100	0.097
4.353-4.651	0.214	47	0.097	886	0.102	933	0.976	0.995	100	0.087
4.651-5.02	0.158	44	0.118	845	0.12	889	0.99	0.994	100	0.108
5.02-5.493	0.198	42	0.126	783	0.13	825	0.978	0.992	100	0.115
5.493-6.131	0.21	37	0.163	719	0.166	756	0.975	0.984	100	0.147
6.131-7.061	0.18	34	0.15	643	0.152	677	0.979	0.985	100	0.135
7.061-8.602	0.222	29	0.165	552	0.168	581	0.973	0.982	100	0.168
8.602-11.976	0.216	24	0.182	447	0.184	471	0.984	0.984	100	0.2
11.976-48.195	0.419	16	0.308	299	0.313	315	0.921	0.946	100	0.342

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 31.921 Å / Origin y: 18.1211 Å / Origin z: -43.3582 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0637 Å²	0.0094 Å²	-0.0129 Å²	-	0.3966 Å²	0.067 Å²	-	-	0.0327 Å²
L	1.649 °²	0.819 °²	-2.4749 °²	-	1.855 °²	-1.5349 °²	-	-	4.8259 °²
S	-0.0193 Å °	0.1064 Å °	-0.0723 Å °	-0.2756 Å °	0.0579 Å °	-0.0088 Å °	0.1271 Å °	-0.2894 Å °	-0.0386 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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