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万見
- PDB-9jiy: Macrophage migration inhibitory factor S61H/Y100H mutant complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jiy
タイトルMacrophage migration inhibitory factor S61H/Y100H mutant complexed with three Zinc ions (Zn3-MIF(S61H/Y100H)-L)
要素Macrophage migration inhibitory factor
キーワードCYTOKINE / Macrophage migration inhibitory factor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of mature B cell apoptotic process / carboxylic acid metabolic process / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of protein metabolic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / protein homotrimerization / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of B cell proliferation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of cell migration / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / Cell surface interactions at the vascular wall / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular senescence / protease binding / vesicle / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Tautomerase/MIF superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / ISOPROPYL ALCOHOL / Macrophage migration inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Himiyama, T. / Okamoto, Y.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJAX1913 日本
Japan Science and TechnologyJPMJPR22A4 日本
Japan Science and TechnologyJPMJFR212H 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H05118 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24K08609 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A cytokine-based designer enzyme with an abiological multinuclear metal center exhibits intrinsic and extrinsic catalysis.
著者: Ueno, A. / Takida, F. / Kita, T. / Ishii, T. / Himiyama, T. / Mabuchi, T. / Okamoto, Y.
履歴
登録2024年9月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage migration inhibitory factor
B: Macrophage migration inhibitory factor
C: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,82219
ポリマ－37,5373
非ポリマー1,28516
水7,044391
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9410 Å2
ΔGint-202 kcal/mol
Surface area13370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.153, 68.211, 86.906
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Macrophage migration inhibitory factor / MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / ...MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase


分子量: 12512.295 Da / 分子数: 3 / 変異: S61H/Y100H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIF, GLIF, MMIF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14174, phenylpyruvate tautomerase, L-dopachrome isomerase

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非ポリマー , 6種, 407分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.0M ammonium sulfate, 20mM Tris-HCl buffer (pH 7.5), 3% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→48.22 Å / Num. obs: 126809 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / Rmerge(I) obs: 0.823 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 6215 / CC1/2: 0.669 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→48.212 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 0.965 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.034 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1737 6378 5.033 %
Rwork0.1552 120353 -
all0.156 --
obs-126731 99.892 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.855 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.075 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.053 Å2-0 Å2
3---0.128 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→48.212 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2607 0 68 391 3066
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0122793
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162609
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8551.7833807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6361.7266001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6575357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.98515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.52510423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.63510118
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02646
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2570.2514
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2080.22486
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.21393
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0880.21502
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2240.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1370.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0270.25
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1390.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5341.6781410
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5311.6781410
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5773.0241773
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.5783.0241774
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.582.0651383
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.5782.0661384
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.033.6242034
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.0283.6242035
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it14.42420.7413109
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other13.56518.3593012
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.55835402
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.2-1.2310.284870.27187580.27292480.9690.9799.96760.25
1.231-1.2650.2594130.23686710.23790840.9740.9781000.212
1.265-1.3020.2324300.20683810.20888130.9790.98499.97730.185
1.302-1.3420.2164750.19180790.19285560.9830.98899.97660.171
1.342-1.3850.1984290.17678400.17882760.9850.98999.91540.16
1.385-1.4340.1883730.16176690.16280440.9860.99299.97510.147
1.434-1.4880.1663690.14374110.14477800.9890.9931000.132
1.488-1.5490.1573650.12871130.12974800.990.99499.97330.121
1.549-1.6180.1583590.1268150.12171780.9880.99499.94430.116
1.618-1.6970.1673410.12565450.12768860.9870.9941000.123
1.697-1.7880.1653440.12861840.1365360.9860.99399.87760.129
1.788-1.8960.1473110.12358540.12561930.9890.99399.54790.129
1.896-2.0270.1373150.12155230.12258380.990.9921000.132
2.027-2.1890.1542920.1351790.13154730.9860.9999.96350.147
2.189-2.3980.1682630.14147540.14250290.9840.98999.76140.161
2.398-2.680.1492110.15443470.15445770.9860.98699.58490.181
2.68-3.0930.1842200.1638290.16140690.9760.98499.50850.191
3.093-3.7840.1711860.1732840.1734710.9830.98499.97120.204
3.784-5.3350.1711250.15526010.15627260.9850.9871000.188
5.335-48.2120.252700.24115160.24116090.960.96398.57050.375

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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