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万見
- PDB-9jh8: Cryo-EM structure of CpAgo_gDNA-tg_ssDNA monomeric ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jh8
タイトルCryo-EM structure of CpAgo_gDNA-tg_ssDNA monomeric ternary complex
要素
  • Clostridium perfringens Argonaute (CpAgo)
  • DNA (5'-D(*AP*CP*T*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / pAgos / nucleotide-binding pocket / PAZ / cryo-EM / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性: / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.81 Å
データ登録者Liu, Y. / Li, S. / Zhang, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: The PAZ pocket and dimerization drive CpAgo's guide-independent and DNA-guided dual catalysis.
著者: Yuchan Liu / Jiasu Zhang / Ji Liu / Shengchun Zhang / Linfeng An / Wenbing Xie / Kaiming Zhang / Shanshan Li /
要旨: Argonaute proteins (Agos) play essential roles in nucleic acid targeting across life domains. While eukaryotic Agos (eAgos) utilize small-interfering RNAs (siRNAs) or microRNAs (miRNAs) for RNA ...Argonaute proteins (Agos) play essential roles in nucleic acid targeting across life domains. While eukaryotic Agos (eAgos) utilize small-interfering RNAs (siRNAs) or microRNAs (miRNAs) for RNA interference, the mechanisms driving prokaryotic Agos (pAgos) in bacterial defense remain underexplored. Here, we characterize the mesophilic pAgo from Clostridium perfringens (CpAgo), which exhibits robust guide-independent and DNA-guided activity at 37 °C. CpAgo efficiently degrades plasmids and structured RNAs into small fragments, generating DNA fragments that serve as guides for subsequent cleavage. Cryo-electron microscopy reveals a positively-charged PAZ nucleotide-binding pocket, critical for both guide-dependent and guide-independent substrate recognition and cleavage. Structural analysis identifies CpAgo's dimerization as a prerequisite for catalytic activity, supporting both nucleic acid degradation and targeted action. Functional assays in Escherichia coli demonstrate CpAgo's role in bacterial defense by mediating plasmid degradation and DNA-guided cleavage. These findings position CpAgo as a critical component of prokaryotic immunity and a promising tool for biotechnology.
履歴
登録2024年9月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年2月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 2.02026年2月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Clostridium perfringens Argonaute (CpAgo)
C: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*CP*T*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,2404
ポリマ－99,1853
非ポリマー551
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Clostridium perfringens Argonaute (CpAgo)


分子量: 86285.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3')


分子量: 6588.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*T*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3')


分子量: 6311.114 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of CpAgo_gDNA-tg_ssDNA monomeric ternary complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.09 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 52.44 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.2粒子像選択
2EPU画像取得
8PHENIXモデル精密化
12cryoSPARC4.5.1分類
13cryoSPARC4.5.1３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1935304
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 281262 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0126962
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.1339533
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.5264088
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0651043
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071090

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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