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万見
- PDB-9jfq: Structure of LaTranC complex bound to 27nt complementary DNA subs... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jfq
タイトルStructure of LaTranC complex bound to 27nt complementary DNA substrate, conformation 2
要素
  • (DNA (42-MER)) x 2
  • LaTranC
  • RNA (195-MER)
キーワードIMMUNE SYSTEM/DNA/RNA / LaTranC CRISPR RNA complex / DNA / gene editing / IMMUNE SYSTEM-DNA-RNA complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Lawsonibacter sp. (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å
データ登録者Zhang, S. / Liu, J.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32201224 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32230088 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32250012 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32201224 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Functional RNA splitting drove the evolutionary emergence of type V CRISPR-Cas systems from transposons.
著者: Shuai Jin / Zixu Zhu / Yunjia Li / Shouyue Zhang / Yijing Liu / Danyuan Li / Yuanqing Li / Yingfeng Luo / Zhiheng Cheng / Kevin Tianmeng Zhao / Qiang Gao / Guanglei Yang / Hongchao Li / ...著者: Shuai Jin / Zixu Zhu / Yunjia Li / Shouyue Zhang / Yijing Liu / Danyuan Li / Yuanqing Li / Yingfeng Luo / Zhiheng Cheng / Kevin Tianmeng Zhao / Qiang Gao / Guanglei Yang / Hongchao Li / Ronghong Liang / Rui Zhang / Jin-Long Qiu / Yong E Zhang / Jun-Jie Gogo Liu / Caixia Gao /
要旨: Transposon-encoded TnpB nucleases gave rise to type V CRISPR-Cas12 effectors through multiple independent domestication events. These systems use different RNA molecules as guides for DNA targeting: ...Transposon-encoded TnpB nucleases gave rise to type V CRISPR-Cas12 effectors through multiple independent domestication events. These systems use different RNA molecules as guides for DNA targeting: transposon-derived right-end RNAs (reRNAs or omega RNAs) for TnpB and CRISPR RNAs for type V CRISPR-Cas systems. However, the molecular mechanisms bridging transposon activity and CRISPR immunity remain unclear. We identify TranCs (transposon-CRISPR intermediates) derived from distinct IS605- or IS607-TnpB lineages. TranCs utilize both CRISPR RNAs and reRNAs to direct DNA cleavage. The cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of LaTranC from Lawsonibacter sp. closely resembles that of the ISDra2 TnpB complex; however, unlike a single-molecule reRNA, the LaTranC guide RNA is functionally split into a tracrRNA and crRNA. An engineered RNA split of ISDra2 TnpB enabled activity with a CRISPR array. These findings indicate that functional RNA splitting was the primary molecular event driving the emergence of diverse type V CRISPR-Cas systems from transposons.
履歴
登録2024年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LaTranC
C: DNA (42-MER)
F: RNA (195-MER)
G: DNA (42-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,4784
ポリマ－153,4784
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 LaTranC


分子量: 64660.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lawsonibacter sp. (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
#2: DNA鎖 DNA (42-MER)


分子量: 12841.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lawsonibacter sp. (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
#3: RNA鎖 RNA (195-MER)


分子量: 62948.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lawsonibacter sp. (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
#4: DNA鎖 DNA (42-MER)


分子量: 13028.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lawsonibacter sp. (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: LaTranC / タイプ: COMPLEX / 詳細: LaTraC complex (27-nt matched) conformation 2 / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Lawsonibacter sp. (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2448326 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0037780
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.64711290
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d23.9212369
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381329
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005845

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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