PDB-9jfn: Arginine decarboxylase in Aspergillus oryzae complexed with agmatine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jfn

タイトル

Arginine decarboxylase in Aspergillus oryzae complexed with agmatine

要素

(L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing ...) x 2

キーワード

LYASE / arginine decarboxylase / pyruvoyl-dependent decarboxylase / agumatine / Aspergillus oryzae

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatidylserine decarboxylase activity / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Mikami, B. / Yasukawa, K. / Fujiwara, S. / Takita, T. / Mizutani, K. / Odagaki, Y. / Murakami, Y.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Unveiling the reaction mechanism of arginine decarboxylase in Aspergillus oryzae: Insights from crystal structure analysis.
著者: Odagaki, Y. / Murakami, Y. / Takita, T. / Mizutani, K. / Mikami, B. / Fujiwara, S. / Yasukawa, K.

履歴

登録	2024年9月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jfn.cif.gz	479.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jfn.ent.gz	317.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jfn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jfn_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jfn_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9jfn_validation.xml.gz	89.8 KB	表示
CIF形式データ	9jfn_validation.cif.gz	122.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/9jfn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/9jfn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jerC 9jf5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

E: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

B: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

F: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

C: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

G: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

D: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

H: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

ヘテロ分子

232 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

E: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Gel filtration showed monomer, hexamer and dodecamer. This enzyme seems to be mainly monomer in solution.
58.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

F: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.1 kDa, 2 ポリマー
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3

C: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

G: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

H: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.749, 197.286, 196.412
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-862- HOH

-
L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing ... , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein 分子量: 51174.055 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌) / 遺伝子: AO090102000327 / プラスミド: pET-28a(+)-Ao-ADC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2UAM5, arginine decarboxylase
#2: タンパク質・ペプチド	L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein 分子量: 4678.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌) / 遺伝子: AO090102000327 / プラスミド: pET-28a(+)-Ao-ADC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2UAM5, arginine decarboxylase

-
非ポリマー , 4種, 1453分子

#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-AG2 / AGMATINE / (4-AMINOBUTYL)GUANIDINE / アグマチン分子量: 130.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₄N₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.61 % / 解説: rectangle plate
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M sodium acetate buffer (pH 7.0), 12% w/v PEG 3350 The crystal was soaked in the reservoir solution with 10 mM L-agmatine for 10 min. followed by brief soaking to the same solution ...詳細: 0.1 M sodium acetate buffer (pH 7.0), 12% w/v PEG 3350 The crystal was soaked in the reservoir solution with 10 mM L-agmatine for 10 min. followed by brief soaking to the same solution containing 30% ethylene glycol before flash-cooling.

結晶

マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.61 % / 解説: rectangle plate

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M sodium acetate buffer (pH 7.0), 12% w/v PEG 3350 The crystal was soaked in the reservoir solution with 10 mM L-agmatine for 10 min. followed by brief soaking to the same solution ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 140013 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.19 % / B_iso Wilson estimate: 37.79 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.009 / R_rim(I) all: 0.0096 / Net I/σ(I): 17.86
反射シェル	解像度: 2.15→2.28 Å / 冗長度: 9.53 % / R_merge(I) obs: 0.968 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Num. unique obs: 22183 / CC_1/2: 0.884 / R_rim(I) all: 1.022 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.15→43.49 Å / SU ML: 0.2573 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.8923
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2135	6998	5 %
R_work	0.1758	132906	-
obs	0.1777	139904	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→43.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13192	0	604	1317	15113

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	14330
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7947	19239
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0491	2050
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	2506
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.3241	5242

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.17	0.3457	217	0.3286	4107	X-RAY DIFFRACTION	93.25
2.17-2.2	0.3462	231	0.2934	4387	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.2-2.23	0.2847	232	0.2797	4398	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.23-2.26	0.3696	233	0.2977	4421	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.26-2.28	0.3045	231	0.2486	4389	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.28-2.32	0.2616	232	0.2368	4394	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.32-2.35	0.2816	232	0.2327	4404	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.35-2.38	0.2899	233	0.2242	4419	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.38-2.42	0.2923	232	0.2368	4402	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.42-2.46	0.2689	230	0.2123	4391	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.46-2.5	0.2578	234	0.2087	4434	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.5-2.55	0.2728	232	0.206	4416	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.55-2.6	0.2431	234	0.2026	4431	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.6-2.65	0.2839	232	0.1973	4424	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.65-2.71	0.2374	232	0.1936	4416	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.71-2.77	0.2395	233	0.1855	4431	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.77-2.84	0.2491	233	0.1897	4422	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.84-2.92	0.2242	233	0.1947	4425	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.92-3	0.2569	232	0.1987	4406	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.1	0.2485	234	0.1976	4450	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.21	0.2431	234	0.1912	4441	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.34	0.2298	235	0.1778	4457	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.34-3.49	0.2075	234	0.1724	4446	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.68	0.1995	234	0.1693	4457	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.68-3.91	0.1669	235	0.1473	4459	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.21	0.188	235	0.1409	4474	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-4.63	0.1549	236	0.1299	4486	X-RAY DIFFRACTION	100
4.63-5.3	0.1616	238	0.1291	4519	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3-6.67	0.1962	240	0.1511	4554	X-RAY DIFFRACTION	99.96
6.67-43.49	0.1558	245	0.1548	4646	X-RAY DIFFRACTION	99.13

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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