PDB-9jer: Arginine decarboxylase in Aspergillus oryzae, ligand-free form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jer

タイトル

Arginine decarboxylase in Aspergillus oryzae, ligand-free form

要素

(L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein) x 2

キーワード

LYASE / arginine decarboxylase pyruvoyl-dependent decarboxylase agumatine Aspergillus oryzae

機能・相同性

L-tryptophan decarboxylase PsiD-like / Phophatidylserine decarboxylase / Phosphatidylserine decarboxylase-related / Phosphatidylserine decarboxylase / phosphatidylserine decarboxylase activity / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / mitochondrion / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Mikami, B. / Yasukawa, K. / Fujiwara, S. / Takita, T. / Mizutani, K. / Odagaki, Y. / Murakami, Y.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Unveiling the reaction mechanism of arginine decarboxylase in Aspergillus oryzae: Insights from crystal structure analysis.
著者: Odagaki, Y. / Murakami, Y. / Takita, T. / Mizutani, K. / Mikami, B. / Fujiwara, S. / Yasukawa, K.

履歴

登録	2024年9月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jer.cif.gz	400.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jer.ent.gz	320.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jer.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jer_validation.pdf.gz	546.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jer_full_validation.pdf.gz	562.6 KB	表示
XML形式データ	9jer_validation.xml.gz	94.4 KB	表示
CIF形式データ	9jer_validation.cif.gz	131.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/9jer ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/9jer	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jf5C 9jfnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

E: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

B: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

F: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

C: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

G: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

D: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

H: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

ヘテロ分子

232 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

E: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Gel filtration shows monomer, hexamer and dodecamer. This enzyme seems to be monomer in solution.
58.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

F: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

G: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

H: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.692, 196.484, 196.783
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-956- HOH
2	1	D-993- HOH

#1: タンパク質	L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein 分子量: 51174.055 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌) / 遺伝子: AO090102000327 / プラスミド: pET-28a(+)-Ao-ADC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2UAM5, arginine decarboxylase
#2: タンパク質・ペプチド	L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein 分子量: 4678.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌) / 遺伝子: AO090102000327 / プラスミド: pET-28a(+)-Ao-ADC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2UAM5, arginine decarboxylase
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1708 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.85 % / 解説: lectangle plate
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M sodium acetate buffer (pH 7.0), 12% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 203179 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.66 % / B_iso Wilson estimate: 26.29 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.093 / R_rim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 13.77
反射シェル	解像度: 1.9→2.02 Å / 冗長度: 7.27 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.69 / Num. unique obs: 32510 / CC_1/2: 0.884 / R_rim(I) all: 0.667 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→43.77 Å / SU ML: 0.1972 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.8917
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2023	10157	5 %
R_work	0.1688	192971	-
obs	0.1704	203128	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13153	0	602	1708	15463

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	14211
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8092	19062
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0506	2032
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	2482
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.8073	5182

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.2988	328	0.2608	6218	X-RAY DIFFRACTION	97.18
1.92-1.95	0.2645	336	0.2454	6395	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.95-1.97	0.2879	336	0.2283	6367	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.97-1.99	0.2765	336	0.2168	6387	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.99-2.02	0.2437	338	0.2167	6430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.05	0.2471	336	0.2	6376	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.05-2.08	0.2465	336	0.2044	6374	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.08-2.11	0.2276	337	0.1975	6399	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.11-2.14	0.2381	338	0.1978	6420	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.18	0.2272	336	0.1957	6392	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.18-2.21	0.2426	338	0.1994	6418	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.21-2.25	0.2357	338	0.1888	6420	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.25-2.3	0.232	336	0.1846	6391	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.34	0.2397	337	0.177	6402	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.4	0.2266	338	0.178	6415	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.4-2.45	0.224	336	0.1824	6393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.51	0.2156	339	0.1722	6426	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.51-2.58	0.2069	338	0.1766	6437	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.66	0.2192	338	0.1756	6413	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.74	0.2154	339	0.1748	6437	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.74-2.84	0.2256	340	0.1786	6464	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.95	0.2244	338	0.1825	6414	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.09	0.1994	339	0.1708	6449	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.09-3.25	0.1926	340	0.1677	6453	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.25-3.45	0.2043	341	0.168	6475	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.72	0.1747	341	0.1539	6491	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.72-4.09	0.1609	342	0.1404	6502	X-RAY DIFFRACTION	99.99
4.09-4.69	0.1524	343	0.1271	6507	X-RAY DIFFRACTION	99.99
4.69-5.9	0.1617	346	0.1391	6568	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9-43.77	0.1843	353	0.1593	6738	X-RAY DIFFRACTION	99.63

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)