PDB-9jf5: Arginine decarboxylase in Aspergillus oryzae complexed with arginine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jf5

タイトル

Arginine decarboxylase in Aspergillus oryzae complexed with arginine

要素

(L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing ...) x 2

キーワード

LYASE / arginine decarboxylase pyruvoyl-dependent decarboxylase agumatine Aspergillus oryzae

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatidylserine decarboxylase activity / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Mikami, B. / Yasukawa, K. / Fujiwara, S. / Takita, T. / Mizutani, K. / Odagaki, Y. / Murakami, Y.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Unveiling the reaction mechanism of arginine decarboxylase in Aspergillus oryzae: Insights from crystal structure analysis.
著者: Odagaki, Y. / Murakami, Y. / Takita, T. / Mizutani, K. / Mikami, B. / Fujiwara, S. / Yasukawa, K.

履歴

登録	2024年9月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jf5.cif.gz	495.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jf5.ent.gz	326.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jf5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/9jf5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/9jf5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jerC 9jfnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

E: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

B: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

F: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

C: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

G: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

D: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

H: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

ヘテロ分子

234 kDa, 8 ポリマー
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1

A: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

E: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Gelfiltration shows there are monomer, hexamer and dodecamer. This enzyme seems to be mainly monomer in solution.
58.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

F: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.7 kDa, 2 ポリマー
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3

C: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

G: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.5 kDa, 2 ポリマー
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4

D: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

H: L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.020, 195.575, 196.124
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-917- HOH
2	1	D-958- HOH

-
L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing ... , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein 分子量: 51174.055 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌) / 遺伝子: AO090102000327 / プラスミド: pET-28a(+)-Ao-ADC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2UAM5, arginine decarboxylase
#2: タンパク質・ペプチド	L-tryptophan decarboxylase PsiD-like domain-containing protein 分子量: 4678.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌) / 遺伝子: AO090102000327 / プラスミド: pET-28a(+)-Ao-ADC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2UAM5, arginine decarboxylase

-
非ポリマー , 4種, 1850分子

#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-AG2 / AGMATINE / (4-AMINOBUTYL)GUANIDINE / アグマチン分子量: 130.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₄N₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.36 % / 解説: rectagle plate
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M sodium acetate buffer (pH 7.0), 12% w/v PEG 3350. The crystal was soaked in the reservoir solution with 1 mM L-arginine for 10 min before flash-cooling.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 200882 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.66 % / B_iso Wilson estimate: 27.23 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 18.02
反射シェル	解像度: 1.9→2.02 Å / 冗長度: 7.26 % / R_merge(I) obs: 0.847 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / Num. unique obs: 32042 / CC_1/2: 0.808 / R_rim(I) all: 0.911 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 1.9→47.44 Å / SU ML: 0.2029 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.3586
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1889	10043	5 %
R_work	0.1603	190729	-
obs	0.1617	200772	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13181	0	707	1689	15577

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0064	14486
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8018	19413
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0522	2058
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0068	2531
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.536	5324

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.3458	322	0.3074	6114	X-RAY DIFFRACTION	96.39
1.92-1.94	0.3151	335	0.2691	6361	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.94-1.97	0.2698	329	0.237	6246	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.97-1.99	0.2308	333	0.2221	6328	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.99-2.02	0.2797	332	0.2123	6314	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.02-2.05	0.2436	334	0.2	6327	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.05-2.08	0.2394	332	0.1944	6310	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.08-2.11	0.2345	334	0.1887	6344	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.11-2.14	0.2258	333	0.1868	6330	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.14-2.17	0.2075	333	0.1783	6323	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.17-2.21	0.2288	333	0.1785	6325	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.21-2.25	0.2146	333	0.172	6323	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.25-2.3	0.2063	333	0.1675	6327	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.34	0.205	334	0.1601	6348	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.34-2.39	0.2077	335	0.1592	6358	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.39-2.45	0.1917	332	0.1627	6323	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.45-2.51	0.2117	335	0.1558	6350	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.51-2.58	0.1994	336	0.1579	6389	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.58-2.65	0.1939	333	0.1603	6316	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.65-2.74	0.2131	335	0.1574	6364	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.74-2.84	0.1807	335	0.1549	6376	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.84-2.95	0.2189	335	0.1653	6349	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.09	0.1943	335	0.1602	6366	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.25	0.1967	336	0.1519	6395	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.45	0.1649	338	0.1536	6411	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.45-3.72	0.1627	337	0.1455	6401	X-RAY DIFFRACTION	99.7
3.72-4.09	0.1459	338	0.1337	6419	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.09-4.68	0.1481	339	0.1282	6435	X-RAY DIFFRACTION	99.99
4.68-5.9	0.1623	342	0.1421	6511	X-RAY DIFFRACTION	99.99
5.9-47.44	0.1724	352	0.1651	6646	X-RAY DIFFRACTION	99.46

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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