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万見
- PDB-9jev: Crystal structure of a cupin protein (tm1459) in zinc (Zn) substi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jev
タイトルCrystal structure of a cupin protein (tm1459) in zinc (Zn) substituted form
要素Cupin type-2 domain-containing protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Cupin
機能・相同性Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / metal ion binding / Cupin type-2 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Fujieda, N. / Ichihashi, H. / Kurisu, G. / Itoh, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JSPS KAKENHI 21H01954 日本
引用ジャーナル: Chem Asian J / 年: 2025
タイトル: Unusual Self-Hydroxylation in 4-Histidine Tetrad-Supporting Nonheme Iron Center.
著者: Fujieda, N. / Ishihama, K.I. / Ichihashi, H. / Yanagisawa, S. / Kurisu, G. / Itoh, S.
履歴
登録2024年9月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cupin type-2 domain-containing protein
B: Cupin type-2 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0504
ポリマ－26,9192
非ポリマー1312
水5,783321
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area10330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.598, 57.871, 74.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cupin type-2 domain-containing protein


分子量: 13459.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM_1459 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1H0
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 25%(w/v) Jeffamine ED-2001, 0.1 M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→50 Å / Num. obs: 85007 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 21.76
反射 シェル解像度: 1.12→1.14 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.757 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique obs: 4227 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
SHELXL精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WSD

5wsd


解像度: 1.12→30 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1767 4251 5 %RANDOM
Rwork0.138 ---
all0.1388 ---
obs0.1388 84933 99.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3723 0 2 342 4067
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.0105
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.0248
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.4097
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.0768
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.6639
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.0251
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.0444
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.1467
LS精密化 シェル解像度: 1.12→1.16 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.211 8131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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