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- PDB-9jd1: Crystal structure of TMPRSS2 in complex with Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jd1
タイトルCrystal structure of TMPRSS2 in complex with Fab
要素
  • (Transmembrane protease serine 2 ...) x 2
  • Heavy chain of Fab
  • Light chain of Fab
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / Complex / Antibody / Host protease
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / serine-type endopeptidase activity ...transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat ...Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane protease serine 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wang, H. / Liu, X. / Zhao, Z. / Duan, Y. / Yang, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92169109 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: The crystal structure of coronavirus RBD-TMPRSS2 complex provides basis for the discovery of therapeutic antibodies.
著者: Zhao, Z. / Yang, Q. / Liu, X. / Li, M. / Duan, Y. / Du, M. / Zhou, A. / Liu, H. / He, Y. / Wang, W. / Lu, Y. / Zhang, X. / Wang, H. / Yang, X. / Zhang, H. / Chen, X. / Rao, Z. / Yang, H.
履歴
登録2024年8月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Transmembrane protease serine 2 catalytic chain
A: Light chain of Fab
B: Heavy chain of Fab
C: Transmembrane protease serine 2 non-catalytic chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7419
ポリマ－93,4114
非ポリマー1,3305
水12,016667
1
D: Transmembrane protease serine 2 catalytic chain
C: Transmembrane protease serine 2 non-catalytic chain
ヘテロ分子

A: Light chain of Fab
B: Heavy chain of Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7419
ポリマ－93,4114
非ポリマー1,3305
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455x-1/2,-y+1/2,-z1
Buried area8040 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area35800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.164, 89.176, 201.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Transmembrane protease serine 2 ... , 2種, 2分子 DC

#1: タンパク質 Transmembrane protease serine 2 catalytic chain


分子量: 27856.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: We choose the ectodomain of transmembrane protease serine 2 (residues: 109-492) for expression. Residues 250-255 responsible for autocleavage are substituted with DDDDK. The recombinant ...詳細: We choose the ectodomain of transmembrane protease serine 2 (residues: 109-492) for expression. Residues 250-255 responsible for autocleavage are substituted with DDDDK. The recombinant protein was cleaved into two chains (A and C) in the purification.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS2, PRSS10
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O15393
#4: タンパク質 Transmembrane protease serine 2 non-catalytic chain


分子量: 16054.661 Da / 分子数: 1 / Mutation: S250D,S251D,R252D,Q253D, S254K / 由来タイプ: 組換発現
詳細: We choose the ectodomain of transmembrane protease serine 2 (residues: 109-492) for expression. Residues 250-255 responsible for autocleavage are substituted with DDDDK. The recombinant ...詳細: We choose the ectodomain of transmembrane protease serine 2 (residues: 109-492) for expression. Residues 250-255 responsible for autocleavage are substituted with DDDDK. The recombinant protein was cleaved into two chains (A and C) in the purification.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS2, PRSS10
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O15393

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#2: 抗体 Light chain of Fab


分子量: 23615.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Heavy chain of Fab


分子量: 25883.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The recombinant protein encompasses a C-terminal linker ("GS") followed by a 6 x His tag.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 1種, 1分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 671分子

#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 50 mM MES pH 5.6, 8.6% (w/v) Polyethylene glycol 4,000, 17.1% (v/v) Polyethylene glycol 600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→31.43 Å / Num. obs: 66877 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 12.55
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.9-2.010.836106220.9240.8711
2.01-2.150.54499860.9630.5661
2.15-2.320.37393920.9820.3891
2.32-2.540.26586410.9890.2761
2.54-2.840.17478650.9940.1821
2.84-3.280.11669760.9970.1211
3.28-4.010.08659460.9970.091
4.01-5.650.07346840.9970.0761
5.65-31.430.06427650.9980.0671

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.2_5419: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→31.43 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2233 3798 2.99 %
Rwork0.1901 --
obs0.1911 126953 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→31.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6180 0 62 667 6909
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056442
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8028772
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1032322
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056970
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071128
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.920.39651370.36044491X-RAY DIFFRACTION98
1.92-1.950.3311400.30074497X-RAY DIFFRACTION100
1.95-1.970.29061400.2844594X-RAY DIFFRACTION100
1.97-20.30031450.26874619X-RAY DIFFRACTION100
2-2.030.30871410.25974523X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.060.25291370.2434546X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.10.27611430.24054628X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.130.30791400.22644548X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.170.2731450.2334561X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.210.2991350.22614553X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.260.25661430.21084536X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.310.28931390.21764589X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.360.27231410.21124532X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.420.29141480.20834616X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.490.22651390.20964511X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.560.24561410.21124632X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.640.26671390.20084520X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.740.26781400.20794590X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.850.23941410.20174565X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.980.23631430.19994538X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.130.22241400.19484612X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.330.19011410.18484548X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.580.18151400.16774583X-RAY DIFFRACTION100
3.58-3.940.19511380.15964530X-RAY DIFFRACTION100
3.95-4.510.18021420.13844568X-RAY DIFFRACTION100
4.51-5.680.18781350.14574585X-RAY DIFFRACTION100
5.68-31.430.17931450.18754540X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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