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- PDB-9jcx: Crystal structure of the HCoV-HKU1 RBD and TMPRSS2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jcx
タイトルCrystal structure of the HCoV-HKU1 RBD and TMPRSS2
要素
  • (Transmembrane protease serine 2 ...) x 2
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN / Complex / Receptor / HCoV-HKU1
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell ...transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal ...Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane protease serine 2 / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human coronavirus HKU1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Wang, H. / Li, M. / Duan, Y. / Yang, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92169109 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: The crystal structure of coronavirus RBD-TMPRSS2 complex provides basis for the discovery of therapeutic antibodies.
著者: Zhao, Z. / Yang, Q. / Liu, X. / Li, M. / Duan, Y. / Du, M. / Zhou, A. / Liu, H. / He, Y. / Wang, W. / Lu, Y. / Zhang, X. / Wang, H. / Yang, X. / Zhang, H. / Chen, X. / Rao, Z. / Yang, H.
履歴
登録2024年8月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transmembrane protease serine 2 non-catalytic chain
C: Transmembrane protease serine 2 catalytic chain
B: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8747
ポリマ－78,1703
非ポリマー7044
水43224
1
A: Transmembrane protease serine 2 non-catalytic chain
C: Transmembrane protease serine 2 catalytic chain
ヘテロ分子

B: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8747
ポリマ－78,1703
非ポリマー7044
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445x-1/2,-y-1/2,-z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area29840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.350, 120.720, 126.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Transmembrane protease serine 2 ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Transmembrane protease serine 2 non-catalytic chain


分子量: 16054.661 Da / 分子数: 1 / 変異: S250D,S251D,R252D,Q253D, S254K / 由来タイプ: 組換発現
詳細: We choose the ectodomain of transmembrane protease serine 2 (residues: 109-492) for expression. Residues 250-255 responsible for autocleavage are substituted with DDDDK. The recombinant ...詳細: We choose the ectodomain of transmembrane protease serine 2 (residues: 109-492) for expression. Residues 250-255 responsible for autocleavage are substituted with DDDDK. The recombinant protein was cleaved into two chains (A and C) in the purification.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS2, PRSS10
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O15393
#2: タンパク質 Transmembrane protease serine 2 catalytic chain


分子量: 27840.742 Da / 分子数: 1 / 変異: S441A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: We choose the ectodomain of transmembrane protease serine 2 (residues: 109-492) for expression. Residues 250-255 responsible for autocleavage are substituted with DDDDK. The recombinant ...詳細: We choose the ectodomain of transmembrane protease serine 2 (residues: 109-492) for expression. Residues 250-255 responsible for autocleavage are substituted with DDDDK. The recombinant protein was cleaved into two chains (A and C) in the purification.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS2, PRSS10
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O15393

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 B

#3: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 34275.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: We choose the segment of spike (residues 323-609) for expression. The recombinant protein encompasses a C-terminal linker ("SGLEVLFQGPGGS") followed by an 8 x His tag.
由来: (組換発現) Human coronavirus HKU1 (isolate N1) (ウイルス)
遺伝子: S, 3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q5MQD0
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 25分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.2 M Tris pH 7.0, 0.2 M MgCl2, 10% (w/v) Polyethylene glycol 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→19.95 Å / Num. obs: 25815 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.27 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15.24
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsCC1/2Diffraction-ID
2.75-2.9140180.9211
2.91-3.1138100.9491
3.11-3.3535880.9871
3.35-3.6632840.9921
3.66-4.0730190.9951
4.07-4.6726850.9971
4.67-5.6423290.9981
5.64-7.6818550.9981
7.68-19.9512270.9991

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.2_5419: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→19.95 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 1288 5 %
Rwork0.2054 --
obs0.207 25737 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5072 0 43 24 5139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025265
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5267179
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6681893
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045783
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004935
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.860.35491400.29392653X-RAY DIFFRACTION100
2.86-2.990.31751400.28792671X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.150.28981420.25892688X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.340.2991410.24252683X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.60.23251410.2162679X-RAY DIFFRACTION100
3.6-3.960.22381440.22722X-RAY DIFFRACTION100
3.96-4.530.21071430.16452728X-RAY DIFFRACTION100
4.53-5.680.19351450.17582753X-RAY DIFFRACTION100
5.68-19.950.21811520.19192872X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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