PDB-9jd0: Crystal structure of TMPRSS2 in complex with nanobody

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jd0

タイトル

Crystal structure of TMPRSS2 in complex with nanobody

要素

(Transmembrane protease serine 2 ...) x 2
Nanobody

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN / Complex / Antibody / Host protease

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / serine-type endopeptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Wang, H. / Zhao, Z. / Liu, X. / Duan, Y. / Yang, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: The crystal structure of coronavirus RBD-TMPRSS2 complex provides basis for the discovery of therapeutic antibodies.
著者: Zhao, Z. / Yang, Q. / Liu, X. / Li, M. / Duan, Y. / Du, M. / Zhou, A. / Liu, H. / He, Y. / Wang, W. / Lu, Y. / Zhang, X. / Wang, H. / Yang, X. / Zhang, H. / Chen, X. / Rao, Z. / Yang, H.

履歴

登録	2024年8月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jd0.cif.gz	227 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jd0.ent.gz	176.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jd0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jd0_validation.pdf.gz	519.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jd0_full_validation.pdf.gz	528.2 KB	表示
XML形式データ	9jd0_validation.xml.gz	52.7 KB	表示
CIF形式データ	9jd0_validation.cif.gz	70.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/9jd0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/9jd0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jcxC 9jcyC 9jd1C 9u8gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (6) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (6)
#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (1)
#264 - 2021年12月
SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transmembrane protease serine 2 non-catalytic chain

B: Transmembrane protease serine 2 non-catalytic chain

C: Transmembrane protease serine 2 catalytic chain

D: Transmembrane protease serine 2 catalytic chain

F: Nanobody

E: Nanobody

ヘテロ分子

118 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transmembrane protease serine 2 non-catalytic chain

C: Transmembrane protease serine 2 catalytic chain

E: Nanobody

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
59.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transmembrane protease serine 2 non-catalytic chain

D: Transmembrane protease serine 2 catalytic chain

F: Nanobody

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.547, 137.547, 130.325
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

-
Transmembrane protease serine 2 ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Transmembrane protease serine 2 non-catalytic chain 分子量: 16054.661 Da / 分子数: 2 / 変異: S250D,S251D,R252D,Q253D, S254K / 由来タイプ: 組換発現詳細: We choose the ectodomain of transmembrane protease serine 2 (residues: 109-492) for expression. Residues 250-255 responsible for autocleavage are substituted with DDDDK. The recombinant ...詳細: We choose the ectodomain of transmembrane protease serine 2 (residues: 109-492) for expression. Residues 250-255 responsible for autocleavage are substituted with DDDDK. The recombinant protein was cleaved into two chains (A and C) in the purification. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS2, PRSS10 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O15393
#2: タンパク質	Transmembrane protease serine 2 catalytic chain 分子量: 27856.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: We choose the ectodomain of transmembrane protease serine 2 (residues: 109-492) for expression. Residues 250-255 responsible for autocleavage are substituted with DDDDK. The recombinant ...詳細: We choose the ectodomain of transmembrane protease serine 2 (residues: 109-492) for expression. Residues 250-255 responsible for autocleavage are substituted with DDDDK. The recombinant protein was cleaved into two chains (A and C) in the purification. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS2, PRSS10 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O15393

#1: タンパク質

Transmembrane protease serine 2 non-catalytic chain

分子量: 16054.661 Da / 分子数: 2 / 変異: S250D,S251D,R252D,Q253D, S254K / 由来タイプ: 組換発現
詳細: We choose the ectodomain of transmembrane protease serine 2 (residues: 109-492) for expression. Residues 250-255 responsible for autocleavage are substituted with DDDDK. The recombinant ...
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS2, PRSS10
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O15393

#2: タンパク質

Transmembrane protease serine 2 catalytic chain

分子量: 27856.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: We choose the ectodomain of transmembrane protease serine 2 (residues: 109-492) for expression. Residues 250-255 responsible for autocleavage are substituted with DDDDK. The recombinant ...
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS2, PRSS10
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O15393

-
抗体 / 糖 , 2種, 4分子 FE

#3: 抗体

Nanobody

分子量: 14704.325 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The recombinant protein encompasses a C-terminal linker ("GS") followed by a 6 x His tag.
由来: (組換発現)

Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 698分子

#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 691 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 0.2 M sodium malonate pH 6.0, 10% (w/v) Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→43.5 Å / Num. obs: 84570 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.97 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.106 / R_rim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 19.63

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2-2.12	0.883	13431	0.9	0.915	1
2.12-2.27	0.581	12704	0.955	0.601	1
2.27-2.45	0.375	11843	0.982	0.388	1
2.45-2.68	0.246	10942	0.991	0.255	1
2.68-3	0.146	9943	0.997	0.151	1
3-3.46	0.083	8814	0.998	0.086	1
3.46-4.23	0.058	7518	0.999	0.06	1
4.23-5.96	0.051	5907	0.999	0.053	1
5.96-43.5	0.046	3467	0.999	0.048	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21_5207-000)	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→43.5 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2205	4224	5 %
R_work	0.188	-	-
obs	0.1896	84501	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→43.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7613	0	64	691	8368

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	7960
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.692	10837
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.65	2852
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1151
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1415

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.02	0.308	137	0.2677	2612	X-RAY DIFFRACTION	98
2.02-2.05	0.2728	137	0.2396	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.07	0.2639	141	0.227	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.1	0.2581	137	0.2321	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.12	0.2851	140	0.2145	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.15	0.2851	140	0.221	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.18	0.2467	139	0.2179	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.2738	138	0.2161	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.25	0.2643	141	0.2131	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.29	0.2707	140	0.2094	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.33	0.2277	139	0.1969	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.37	0.2287	139	0.2071	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.42	0.2463	140	0.2115	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.47	0.2641	140	0.2187	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.52	0.2756	139	0.2218	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.58	0.241	140	0.2122	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.64	0.271	141	0.2096	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.71	0.2646	140	0.1999	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.79	0.2345	141	0.2069	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.88	0.2374	140	0.196	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.99	0.2399	141	0.2015	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.11	0.2488	142	0.2032	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.25	0.2029	140	0.1851	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.42	0.2026	142	0.1833	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.63	0.2111	143	0.171	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.91	0.1936	142	0.1632	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.31	0.1803	144	0.1516	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-4.93	0.1571	144	0.1418	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
4.93-6.21	0.1776	146	0.1718	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
6.21-43.5	0.2263	151	0.1958	2878	X-RAY DIFFRACTION	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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