PDB-9jcy: Crystal structure of the HCoV-HKU1 RBD in complex with Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jcy

タイトル

Crystal structure of the HCoV-HKU1 RBD in complex with Fab

要素

Heavy chain of Fab
Light chain of Fab
Spike protein S1

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN / Complex / Antibody / HCoV-HKU1

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Human coronavirus HKU1 (ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Wang, H. / Zhao, Z. / Liu, X. / Duan, Y. / Yang, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: The crystal structure of coronavirus RBD-TMPRSS2 complex provides basis for the discovery of therapeutic antibodies.
著者: Zhao, Z. / Yang, Q. / Liu, X. / Li, M. / Duan, Y. / Du, M. / Zhou, A. / Liu, H. / He, Y. / Wang, W. / Lu, Y. / Zhang, X. / Wang, H. / Yang, X. / Zhang, H. / Chen, X. / Rao, Z. / Yang, H.

履歴

登録	2024年8月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jcy.cif.gz	173.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jcy.ent.gz	131.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jcy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jcy_validation.pdf.gz	476 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jcy_full_validation.pdf.gz	479.5 KB	表示
XML形式データ	9jcy_validation.xml.gz	39.5 KB	表示
CIF形式データ	9jcy_validation.cif.gz	54.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/9jcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/9jcy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jcxC 9jd0C 9jd1C 9u8gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Spike protein S1

C: Heavy chain of Fab

B: Light chain of Fab

ヘテロ分子

83.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.235, 161.286, 57.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
抗体 , 2種, 2分子 CB

#2: 抗体	Heavy chain of Fab 分子量: 24898.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The heavy chain of Fab was expressed with a C-termianl linker ("GS") followed by a 6 x His tag. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Light chain of Fab 分子量: 23343.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質

Spike protein S1

分子量: 34275.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: We choose the segment of spike (residues 323-609) for expression. The recombinant protein encompasses a C-terminal linker ("SGLEVLFQGPGGS") followed by an 8 x His tag.
由来: (組換発現)

Human coronavirus HKU1 (isolate N1) (ウイルス)
遺伝子: S, 3
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q5MQD0

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 644分子

#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 640 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 0.2% (w/v) Ala-Ala, 0.2% (w/v) Ala-Gln, 0.2% (w/v) Gly-Glu, 0.2% (w/v) Gly-L-Ala, 0.2% (w/v) Gly-L-Asp, 0.2% (w/v) Gly-Sar, 0.2% (w/v) L-Carnosine, 0.2% (w/v) Leu-Ala hydrate, 0.1 M Buffer ...詳細: 0.2% (w/v) Ala-Ala, 0.2% (w/v) Ala-Gln, 0.2% (w/v) Gly-Glu, 0.2% (w/v) Gly-L-Ala, 0.2% (w/v) Gly-L-Asp, 0.2% (w/v) Gly-Sar, 0.2% (w/v) L-Carnosine, 0.2% (w/v) Leu-Ala hydrate, 0.1 M Buffer System 3 [Tris (base); BICINE] pH 8.5, 20% (v/v) PEG 500* MME, 10 % w/v PEG 20,000; for TMPRSS2:VHH77, 0.2 M sodium malonate pH 6.0, 10% (w/v) Polyethylene glycol 3,350

結晶

マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.58 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.2% (w/v) Ala-Ala, 0.2% (w/v) Ala-Gln, 0.2% (w/v) Gly-Glu, 0.2% (w/v) Gly-L-Ala, 0.2% (w/v) Gly-L-Asp, 0.2% (w/v) Gly-Sar, 0.2% (w/v) L-Carnosine, 0.2% (w/v) Leu-Ala hydrate, 0.1 M Buffer ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→30.74 Å / Num. obs: 79102 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.093 / R_rim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 11.65

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.8-1.91	0.601	12711	0.877	0.651	1
1.91-2.04	0.349	11994	0.949	0.38	1
2.04-2.2	0.243	11156	0.974	0.263	1
2.2-2.41	0.178	10306	0.982	0.194	1
2.41-2.7	0.133	9305	0.991	0.144	1
2.7-3.11	0.093	8255	0.994	0.102	1
3.11-3.81	0.067	6963	0.996	0.074	1
3.81-5.37	0.057	5381	0.996	0.063	1
5.37-30.74	0.054	3031	0.997	0.059	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21_5207-000)	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→30.74 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 20.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2029	3955	5 %
R_work	0.1729	-	-
obs	0.1744	79025	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5512	0	52	640	6204

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5727
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.86	7795
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.044	2063
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	867
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1003

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3195	138	0.2764	2615	X-RAY DIFFRACTION	99
1.82-1.84	0.2818	143	0.262	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.87	0.2812	139	0.2325	2627	X-RAY DIFFRACTION	99
1.87-1.89	0.2824	141	0.2251	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.92	0.2414	142	0.2068	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.95	0.2404	140	0.1978	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.98	0.2285	139	0.1861	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.01	0.235	144	0.1854	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.05	0.1908	139	0.1805	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.08	0.2189	142	0.1801	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.12	0.2472	139	0.1923	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.17	0.2551	142	0.1902	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.22	0.2442	141	0.1869	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.27	0.2311	143	0.1879	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.32	0.2337	139	0.1851	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.39	0.2138	143	0.1823	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.46	0.2157	139	0.1805	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.54	0.2217	142	0.1761	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.63	0.2026	143	0.1814	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.73	0.2167	143	0.1753	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.86	0.2085	140	0.1762	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.01	0.2214	142	0.1721	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.19	0.2029	140	0.1676	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.44	0.1939	141	0.1561	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.79	0.1662	143	0.156	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.79-4.33	0.1784	142	0.1435	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.33-5.45	0.1451	143	0.1442	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
5.45-30.74	0.1945	143	0.1833	2723	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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