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- PDB-9ja5: Cryo-EM structure of Tdk1-Bdf1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ja5
タイトルCryo-EM structure of Tdk1-Bdf1 complex
要素Meiotically up-regulated gene 135 protein,SWR1 complex bromodomain subunit bdf1,Immunoglobulin G-binding protein G
キーワードCELL CYCLE / signaling protein / meiotic cell cycle
機能・相同性
機能・相同性情報


Swr1 complex / IgG binding / DNA repair-dependent chromatin remodeling / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / meiotic cell cycle / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / extracellular region / nucleus
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF1773 / Mug135-like, C-terminal domain / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif ...Domain of unknown function DUF1773 / Mug135-like, C-terminal domain / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Meiotically up-regulated gene 135 protein / Immunoglobulin G-binding protein G / SWR1 complex bromodomain subunit bdf1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
Streptococcus sp. group G (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zhang, J. / Ye, K.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071199, 91940302 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37010201 中国
National Basic Research Program of China (973 Program)2017YFA0504600 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: A meiotic driver hijacks an epigenetic reader to disrupt mitosis in noncarrier offspring.
著者: Yu Hua / Jianxiu Zhang / Man-Yun Yang / Fan-Yi Zhang / Jing-Yi Ren / Xiao-Hui Lyu / Yan Ding / Fang Suo / Guang-Can Shao / Jun Li / Meng-Qiu Dong / Keqiong Ye / Li-Lin Du /
要旨: Killer meiotic drivers (KMDs) are selfish genetic elements that distort Mendelian inheritance by selectively killing meiotic products lacking the KMD element, thereby promoting their own propagation. ...Killer meiotic drivers (KMDs) are selfish genetic elements that distort Mendelian inheritance by selectively killing meiotic products lacking the KMD element, thereby promoting their own propagation. Although KMDs have been found in diverse eukaryotes, only a limited number of them have been characterized at the molecular level, and their killing mechanisms remain largely unknown. In this study, we identify that a gene previously deemed essential for cell survival in the fission yeast is a single-gene KMD. This gene, , kills nearly all progeny in a × cross. By analyzing polymorphisms of among natural strains, we identify a resistant haplotype, HT3. This haplotype lacks killing ability yet confers resistance to killing by the wild-type . Proximity labeling experiments reveal an interaction between Tdk1, the protein product of , and the epigenetic reader Bdf1. Interestingly, the nonkilling Tdk1-HT3 variant does not interact with Bdf1. Cryoelectron microscopy further elucidated the binding interface between Tdk1 and Bdf1, pinpointing mutations within Tdk1-HT3 that disrupt this interface. During sexual reproduction, Tdk1 forms stable Bdf1-binding nuclear foci in all spores after meiosis. These foci persist in germinated progeny and impede chromosome segregation during mitosis by generating aberrant chromosomal adhesions. This study identifies a KMD that masquerades as an essential gene and reveals the molecular mechanism by which this KMD hijacks cellular machinery to execute killing. Additionally, we unveil that losing the hijacking ability is an evolutionary path for this single-gene KMD to evolve into a nonkilling resistant haplotype.
履歴
登録2024年8月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Meiotically up-regulated gene 135 protein,SWR1 complex bromodomain subunit bdf1,Immunoglobulin G-binding protein G
B: Meiotically up-regulated gene 135 protein,SWR1 complex bromodomain subunit bdf1,Immunoglobulin G-binding protein G
C: Meiotically up-regulated gene 135 protein,SWR1 complex bromodomain subunit bdf1,Immunoglobulin G-binding protein G
D: Meiotically up-regulated gene 135 protein,SWR1 complex bromodomain subunit bdf1,Immunoglobulin G-binding protein G
E: Meiotically up-regulated gene 135 protein,SWR1 complex bromodomain subunit bdf1,Immunoglobulin G-binding protein G
F: Meiotically up-regulated gene 135 protein,SWR1 complex bromodomain subunit bdf1,Immunoglobulin G-binding protein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,0436
ポリマ－296,0436
非ポリマー00
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: 抗体
Meiotically up-regulated gene 135 protein,SWR1 complex bromodomain subunit bdf1,Immunoglobulin G-binding protein G / IgG-binding protein G


分子量: 49340.484 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母), (組換発現) Streptococcus sp. group G (バクテリア)
遺伝子: mug135, SPCC330.04c, bdf1, brf1, SPCC1450.02, SPCC191.13, spg
発現宿主: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
参照: UniProt: O74876, UniProt: Q9Y7N0, UniProt: P06654
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Tdk1-Bdf1 complex / タイプ: COMPLEX
詳細: The fusion protein comprises of the residues 211-357 of Tdk1,a linker sequence(SGGGSGGGSGGGSGFKKASSSDNKEQGGGSGGGSGSGGGS), residues 372-554 of Bdf1, a linker sequence of (SGGGSSGGGS) and ...詳細: The fusion protein comprises of the residues 211-357 of Tdk1,a linker sequence(SGGGSGGGSGGGSGFKKASSSDNKEQGGGSGGGSGSGGGS), residues 372-554 of Bdf1, a linker sequence of (SGGGSSGGGS) and residues 228-282 of Immunoglobulin G-binding protein G(GB1).
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)284812
21Streptococcus sp. group G (バクテリア)1320
由来(組換発現)生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
12 mMPotassium phosphate monobasicKH2PO41
24 mMSodium Phosphate DibasicNa2HPO41
3136 mMSodium chlorideNaCl1
42.6 mMPotassium chlorideKCl1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot for 5 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 948
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Tridiem 4K / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 32

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC3初期オイラー角割当
11cryoSPARC3最終オイラー角割当
12cryoSPARC3分類
13cryoSPARC3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 288083 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0148472
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.12511406
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.4451134
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0641224
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051518

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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