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万見
- PDB-9j9d: Crystal structure of ALK5 kinase domain in complex with inhibitor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j9d
タイトルCrystal structure of ALK5 kinase domain in complex with inhibitor HM-279
要素TGF-beta receptor type-1
キーワードONCOPROTEIN / Protein kinase / Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular structure organization / epicardium morphogenesis / vascular endothelial cell proliferation / parathyroid gland development / transforming growth factor beta ligand-receptor complex / regulation of cardiac muscle cell proliferation / myofibroblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / transforming growth factor beta receptor activity ...extracellular structure organization / epicardium morphogenesis / vascular endothelial cell proliferation / parathyroid gland development / transforming growth factor beta ligand-receptor complex / regulation of cardiac muscle cell proliferation / myofibroblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / transforming growth factor beta receptor activity / ventricular compact myocardium morphogenesis / trophoblast cell migration / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / positive regulation of tight junction disassembly / cardiac epithelial to mesenchymal transition / mesenchymal cell differentiation / positive regulation of vasculature development / neuron fate commitment / activin receptor complex / positive regulation of extracellular matrix assembly / type II transforming growth factor beta receptor binding / transforming growth factor beta receptor activity, type I / activin receptor activity, type I / activin receptor activity, type II / BMP receptor activity / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / transforming growth factor beta receptor activity, type II / pharyngeal system development / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / transforming growth factor beta receptor activity, type III / activin binding / regulation of epithelial to mesenchymal transition / coronary artery morphogenesis / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / germ cell migration / filopodium assembly / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / activin receptor signaling pathway / response to cholesterol / embryonic cranial skeleton morphogenesis / I-SMAD binding / transforming growth factor beta binding / collagen fibril organization / negative regulation of chondrocyte differentiation / endothelial cell activation / anterior/posterior pattern specification / skeletal system morphogenesis / lens development in camera-type eye / positive regulation of filopodium assembly / artery morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / SMAD binding / negative regulation of endothelial cell proliferation / roof of mouth development / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / positive regulation of SMAD protein signal transduction / blastocyst development / regulation of protein ubiquitination / epithelial to mesenchymal transition / bicellular tight junction / endothelial cell migration / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell proliferation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of cell migration / thymus development / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / positive regulation of apoptotic signaling pathway / post-embryonic development / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / kidney development / skeletal system development / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / cell motility / wound healing / cellular response to growth factor stimulus / male gonad development / UCH proteinases / nervous system development / peptidyl-serine phosphorylation / heart development / regulation of gene expression / positive regulation of cell growth / in utero embryonic development / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / protein kinase activity / regulation of cell cycle / endosome / Ub-specific processing proteases / intracellular signal transduction / cilium / positive regulation of cell migration / membrane raft
類似検索 - 分子機能
GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TGF-beta receptor type-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.337 Å
データ登録者Arai, M. / Hanada, M. / Taniguchi, H. / Ohmoto, H. / Naka, K. / Sawa, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery of HM-279, a Potent Inhibitor of ALK5 for Improving Therapeutic Efficacy of Cancer Immunotherapy.
著者: Arai, M. / Hanada, M. / Taniguchi, H. / Nakajima, F. / Ohmoto, H. / Inoue, T. / Naka, K. / Sawa, M.
履歴
登録2024年8月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TGF-beta receptor type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6536
ポリマ－34,9531
非ポリマー7005
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area620 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area14170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.455, 75.677, 89.625
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TGF-beta receptor type-1 / TGFR-1 / Activin A receptor type II-like protein kinase of 53kD / Activin receptor-like kinase 5 / ...TGFR-1 / Activin A receptor type II-like protein kinase of 53kD / Activin receptor-like kinase 5 / ALK-5 / ALK5 / Serine/threonine-protein kinase receptor R4 / SKR4 / TGF-beta type I receptor / Transforming growth factor-beta receptor type I / TGF-beta receptor type I / TbetaR-I


分子量: 34953.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFBR1, ALK5, SKR4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P36897, receptor protein serine/threonine kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1L30 / 2-((1-(but-2-yn-1-yl)-1H-pyrazol-4-yl)(cyclopropylmethyl)amino)-5-(4-(dimethylcarbamoyl)-1H-pyrrol-2-yl)thiazole-4-carboxamide


分子量: 451.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25N7O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20-25% PEG8000, 0.2 M Na acetate, 0.1 M Tris-HCl pH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.337→50 Å / Num. obs: 66655 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.52 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.337→1.42 Å / Num. unique obs: 20131 / CC1/2: 0.727

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WOU

2wou


解像度: 1.337→44.813 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 0.883 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.059 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2089 3290 5.001 %
Rwork0.1903 62495 -
all0.191 --
obs-65785 99.516 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 12.503 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.001 Å20 Å2-0 Å2
2--0.003 Å2-0 Å2
3----0.004 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.337→44.813 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2351 0 48 225 2624
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0132539
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0172412
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2031.6473443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2241.5835540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6265319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.31120.685146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.012101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.7715448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3521524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022878
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02621
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1680.22127
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1540.21193
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.2983
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0950.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1290.212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1450.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1320.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5831.271207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5831.2691206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0541.8981510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0531.8991511
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6341.3161332
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6341.3171333
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0461.9431917
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.0461.9441918
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it2.68414.542892
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other2.60314.3392861
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.337-1.3720.2572360.25244830.25248430.8780.8897.43960.231
1.372-1.4090.2412330.22344300.22446720.9070.91299.80740.203
1.409-1.450.2092270.21343070.21345650.9350.92899.32090.192
1.45-1.4950.2172220.20542110.20644490.9350.9499.64040.183
1.495-1.5430.2172160.19641070.19743310.9360.94399.81530.175
1.543-1.5980.1872080.1939510.1941620.9510.94999.92790.168
1.598-1.6580.1922010.19538260.19540370.9460.94699.75230.175
1.658-1.7250.1831940.19536810.19538970.9550.9599.43550.175
1.725-1.8020.2211870.19335480.19537360.9360.94599.97320.176
1.802-1.890.2131780.19233800.19435750.9490.9599.52450.178
1.89-1.9920.2251710.19232530.19434240.9360.9471000.181
1.992-2.1120.1971620.17530770.17732390.9540.9611000.172
2.112-2.2580.1951520.17228890.17330430.9580.95999.93430.172
2.258-2.4380.2031420.18526960.18628390.9490.95499.96480.191
2.438-2.670.211310.18625030.18726370.9460.95399.88620.197
2.67-2.9840.2161200.18822670.1923930.9440.95199.74930.205
2.984-3.4430.2041050.17520080.17721380.9520.9698.83070.199
3.443-4.2110.172900.17217040.17218150.970.96798.8430.2
4.211-5.9290.223720.18613670.18714450.9590.96899.58480.231
5.929-44.8130.285430.2418070.2438640.9370.94198.37960.291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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