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万見
- PDB-9j6z: Structure of AAV8 in complex with its receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j6z
タイトルStructure of AAV8 in complex with its receptor
要素
  • Capsid protein
  • Carboxypeptidase D
キーワードVIRAL PROTEIN/HYDROLASE / AAV8 / receptor / complex / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


metallocarboxypeptidase D / serine-type carboxypeptidase activity / peptide metabolic process / RND1 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / T=1 icosahedral viral capsid / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / metallocarboxypeptidase activity / protein processing / nucleotide binding ...metallocarboxypeptidase D / serine-type carboxypeptidase activity / peptide metabolic process / RND1 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / T=1 icosahedral viral capsid / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / metallocarboxypeptidase activity / protein processing / nucleotide binding / structural molecule activity / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase D, carboxypeptidase-like domain 3 / Carboxypeptidase D, carboxypeptidase-like domain 2 / : / Carboxypeptidase regulatory-like domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. ...Carboxypeptidase D, carboxypeptidase-like domain 3 / Carboxypeptidase D, carboxypeptidase-like domain 2 / : / Carboxypeptidase regulatory-like domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxypeptidase D / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Xu, H. / Wang, G.P. / Su, X.D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFC2301402 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: An alternate receptor for adeno-associated viruses.
著者: Bijay P Dhungel / Hua Xu / Rajini Nagarajah / Joseph Vitale / Alex C H Wong / Divya Gokal / Yue Feng / Mehdi Sharifi Tabar / Cynthia Metierre / Chirag Parsania / Xiaohui Song / Guopeng Wang / ...著者: Bijay P Dhungel / Hua Xu / Rajini Nagarajah / Joseph Vitale / Alex C H Wong / Divya Gokal / Yue Feng / Mehdi Sharifi Tabar / Cynthia Metierre / Chirag Parsania / Xiaohui Song / Guopeng Wang / Xiao-Dong Su / Charles G Bailey / John E J Rasko /
要旨: Systemic gene therapy using adeno-associated virus (AAV) vectors is approved for the treatment of several genetic disorders, but challenges and toxicities associated with high vector doses remain. We ...Systemic gene therapy using adeno-associated virus (AAV) vectors is approved for the treatment of several genetic disorders, but challenges and toxicities associated with high vector doses remain. We report an alternate receptor for AAV (AAVR2, carboxypeptidase D [CPD]), which is distinct from the multi-serotype AAV receptor (AAVR). AAVR2 enables the transduction of clade E AAVs, including AAV8, and determines an exclusive AAVR-independent transduction pathway for AAV11 and AAV12. We characterized direct binding between the AAV8 capsid and AAVR2 by cryo-electron microscopy (cryo-EM) and identified contact residues. We observed that AAV8 directly binds to the carboxypeptidase-like domain 1 of AAVR2 via its variable region VIII and demonstrated that AAV capsids that lack AAVR2 binding can be bioengineered to engage with AAVR2. Finally, we overexpressed a minimal functional AAVR2 to enhance AAV transduction in vivo. Our study provides insights into AAV biology and clinically deployable solutions to reduce dose-related toxicities associated with AAV vectors.
履歴
登録2024年8月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
5: Capsid protein
6: Capsid protein
7: Capsid protein
A: Carboxypeptidase D
c: Capsid protein
o: Capsid protein
p: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)541,9847
ポリマ－541,9847
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Capsid protein


分子量: 81833.047 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8JQF8
#2: タンパク質 Carboxypeptidase D / Metallocarboxypeptidase D / gp180


分子量: 50985.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPD / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75976, metallocarboxypeptidase D
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: AAV8 in complex with receptor / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)202813
31Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30953 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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