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万見
- PDB-9j6l: Solution structure of human Glutathione Peroxidase 4 (Sec73Cys) w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j6l
タイトルSolution structure of human Glutathione Peroxidase 4 (Sec73Cys) with eight mutations
要素Phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase GPX4
キーワードAPOPTOSIS / ferroptosis / cancer / enzyme / peroxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipid-hydroperoxide glutathione peroxidase / phospholipid-hydroperoxide glutathione peroxidase activity / Synthesis of 12-eicosatetraenoic acid derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / selenium binding / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / glutathione peroxidase / lipoxygenase pathway / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins ...phospholipid-hydroperoxide glutathione peroxidase / phospholipid-hydroperoxide glutathione peroxidase activity / Synthesis of 12-eicosatetraenoic acid derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / selenium binding / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / glutathione peroxidase / lipoxygenase pathway / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / arachidonate metabolic process / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / glutathione peroxidase activity / long-chain fatty acid biosynthetic process / negative regulation of ferroptosis / dendrite development / protein polymerization / phospholipid metabolic process / cerebellum development / multicellular organism growth / nuclear envelope / response to estradiol / chromatin organization / response to oxidative stress / spermatogenesis / response to lipopolysaccharide / apoptotic process / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione peroxidase active site / Glutathione peroxidases active site. / Glutathione peroxidase / Glutathione peroxidase conserved site / Glutathione peroxidase / Glutathione peroxidases signature 2. / Glutathione peroxidase profile. / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase GPX4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Furuita, K. / Sugiki, T. / Inomata, K. / Miyanoiri, Y. / Kobayashi, N. / Fujiwara, T. / Kojima, C.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H04856 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22H05536 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H03191 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22K19184 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101072 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Glutathione Disulfide Acts as a Feedback Inhibitor of GPx4 Redox Reaction through Allosteric Regulation
著者: Inomata, K. / Furuita, K. / Sugiki, T. / Nakada, K. / Kodama, T.S. / Miyanoiri, Y. / Kobayashi, N. / Fujiwara, T. / Kojima, C.
履歴
登録2024年8月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase GPX4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8521
ポリマ－19,8521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase GPX4 / PHGPx / Glutathione peroxidase 4 / GPx-4 / GSHPx-4


分子量: 19851.635 Da / 分子数: 1
変異: T27H, C29S, C37A, C64S, U73C, C93R, C102S, C134E, C175V
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPX4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P36969, phospholipid-hydroperoxide glutathione peroxidase, glutathione peroxidase
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
132isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
142isotropic12D 1H-1H NOESY
152isotropic13D HNCO
162isotropic13D HN(CA)CO
172isotropic13D CBCA(CO)NH
182isotropic13D HN(CA)CB
192isotropic13D HBHA(CO)NH
1102isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1112isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1122isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1132isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution150 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 1 mM DTT, 0.4 mM [U-15N] Phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase GPX4, 95% H2O/5% D2O15N_sample95% H2O/5% D2O
solution250 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 1 mM DTT, 0.4 mM [U-13C; U-15N] Phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase GPX4, 95% H2O/5% D2O13C15N_sample95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMpotassium phosphatenatural abundance1
50 mMpotassium chloridenatural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
0.4 mMPhospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase GPX4[U-15N]1
50 mMpotassium phosphatenatural abundance2
50 mMpotassium chloridenatural abundance2
1 mMDTTnatural abundance2
0.4 mMPhospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase GPX4[U-13C; U-15N]2
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
hmsISTHyberts SG, Wagner G解析
MagRO-NMRViewKobayashi, N.peak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
MagRO-NMRViewKobayashi, N.chemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Amber20Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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