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万見
- PDB-9j5v: Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1-Gi complex bound to CpY -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j5v
タイトルHuman Lysophosphatidic Acid Receptor 1-Gi complex bound to CpY
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Lysophosphatidic acid receptor 1,Lysophosphatidic acid receptor 1,Lysophosphatidic acid receptor 1,LgBiT
  • scFv16
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to 1-oleoyl-sn-glycerol 3-phosphate / lysophosphatidic acid receptor activity / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis / Adenylate cyclase inhibitory pathway / Lysosphingolipid and LPA receptors / lysophosphatidic acid binding / negative regulation of cilium assembly / corpus callosum development / bleb assembly / optic nerve development ...cellular response to 1-oleoyl-sn-glycerol 3-phosphate / lysophosphatidic acid receptor activity / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis / Adenylate cyclase inhibitory pathway / Lysosphingolipid and LPA receptors / lysophosphatidic acid binding / negative regulation of cilium assembly / corpus callosum development / bleb assembly / optic nerve development / cellular response to oxygen levels / oligodendrocyte development / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / regulation of synaptic vesicle cycle / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / regulation of metabolic process / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Extra-nuclear estrogen signaling / photoreceptor outer segment membrane / spectrin binding / G alpha (i) signalling events / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of dendritic spine development / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / G-protein alpha-subunit binding / photoreceptor outer segment / positive regulation of protein localization to cell cortex / positive regulation of stress fiber assembly / G protein-coupled serotonin receptor binding / neurogenesis / photoreceptor inner segment / cardiac muscle cell apoptotic process / myelination / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / cerebellum development / dendritic shaft / cell chemotaxis / PDZ domain binding / G protein-coupled receptor activity / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / GABA-ergic synapse / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GDP binding / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / regulation of cell shape / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / negative regulation of neuron projection development
類似検索 - 分子機能
Lysophosphatidic acid receptor EDG-2 / Lysophosphatidic acid receptor / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit ...Lysophosphatidic acid receptor EDG-2 / Lysophosphatidic acid receptor / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Lysophosphatidic acid receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
Bos taurus (ウシ)
synthetic construct (人工物)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Akasaka, H. / Shihoya, W. / Nureki, O.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H05037 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Structural mechanisms of potent lysophosphatidic acid receptor 1 activation by nonlipid basic agonists.
著者: Hiroaki Akasaka / Fumiya K Sano / Wataru Shihoya / Osamu Nureki /
要旨: Lysophosphatidic acid receptor 1 (LPA) is one of the G protein-coupled receptors activated by the lipid mediator, lysophosphatidic acid (LPA). LPA is associated with a variety of diseases, and LPA ...Lysophosphatidic acid receptor 1 (LPA) is one of the G protein-coupled receptors activated by the lipid mediator, lysophosphatidic acid (LPA). LPA is associated with a variety of diseases, and LPA agonists have potential therapeutic value for treating obesity and depression. Although potent nonlipid LPA agonists have recently been identified, the mechanisms of nonlipid molecule-mediated LPA activation remain unclear. Here, we report a cryo-electron microscopy structure of the human LPA-G complex bound to a nonlipid basic agonist, CpY, which has 30-fold higher agonistic activity as compared with LPA. Structural comparisons of LPA with other lipid GPCRs revealed that the negative charge in the characteristic binding pocket of LPA allows the selective recognition of CpY, which lacks a polar head. In addition, our structure show that the ethyl group of CpY directly pushes W271 to fix the active conformation. Endogenous LPA lacks these chemical features, which thus represent the crucial elements of nonlipid agonists that potently activate LPA. This study provides detailed mechanistic insights into the ligand recognition and activation of LPA by nonlipid agonists, expanding the scope for drug development targeting the LPA receptors.
履歴
登録2024年8月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月27日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月27日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月27日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月27日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月27日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月27日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
R: Lysophosphatidic acid receptor 1,Lysophosphatidic acid receptor 1,Lysophosphatidic acid receptor 1,LgBiT
S: scFv16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,9946
ポリマ－178,7195
非ポリマー2751
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 BGA

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 40470.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gnb1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P54311
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7563.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P59768
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein


分子量: 40415.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNAI1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P63097

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タンパク質 / 抗体 / 非ポリマー , 3種, 3分子 RS

#4: タンパク質 Lysophosphatidic acid receptor 1,Lysophosphatidic acid receptor 1,Lysophosphatidic acid receptor 1,LgBiT / LPA receptor 1 / LPA-1 / Lysophosphatidic acid receptor Edg-2


分子量: 62548.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) synthetic construct (人工物)
遺伝子: LPAR1, EDG2, LPA1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92633
#5: 抗体 scFv16


分子量: 27720.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#6: 化合物 ChemComp-A1L3Q / CpY / (2~{R})-2-(diethylamino)-2-(2-ethyl-3-methyl-1-benzofuran-7-yl)ethanol


分子量: 275.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H25NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1-Gi complex bound to ONO-0740556COMPLEX#1-#50MULTIPLE SOURCES
2Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1COMPLEX#11RECOMBINANT
3Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1COMPLEX#21RECOMBINANT
4Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2COMPLEX#31RECOMBINANT
5Lysophosphatidic Acid Receptor 1COMPLEX#41RECOMBINANT
6scFv16COMPLEX#51RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
41NO
51NO
61NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Rattus norvegicus (ドブネズミ)10116
33Homo sapiens (ヒト)9606
44Bos taurus (ウシ)9913
55Homo sapiens (ヒト)9606
66Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 277598 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0078961
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.92412155
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.2281242
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041389
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041536

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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