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- PDB-9j4t: Structural basis for recognition of SARS-CoV-2 conserved nucleoca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j4t
タイトルStructural basis for recognition of SARS-CoV-2 conserved nucleocapside epitopes by dominant T cell receptors
要素
  • (SPR epitope specific TCR CLB1 ...) x 2
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain
  • Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / TCR / T cell receptor / SARS-CoV-2 / Nucleocapside / HLA-B7 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to host immune response / viral RNA genome packaging / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / negative regulation of interferon-beta production / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / Maturation of nucleoprotein / poly(U) RNA binding / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly ...response to host immune response / viral RNA genome packaging / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / negative regulation of interferon-beta production / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / Maturation of nucleoprotein / poly(U) RNA binding / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / TAP binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / MHC class I protein binding / detection of bacterium / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / secretory granule membrane / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / VEGFR2 mediated vascular permeability / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / protein sequestering activity / molecular condensate scaffold activity / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / transferrin transport / defense response / MHC class I peptide loading complex / cellular response to iron ion / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / NOD1/2 Signaling Pathway / MHC class I protein complex / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / cellular response to nicotine / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / RNA stem-loop binding / specific granule lumen / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interleukin-1 signaling / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / viral capsid / positive regulation of cellular senescence / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / MHC class II protein complex binding / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / PIP3 activates AKT signaling / late endosome membrane / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / protein-folding chaperone binding / ER-Phagosome pathway / viral nucleocapsid / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / early endosome membrane / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host extracellular region / Induction of Cell-Cell Fusion / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / host cell Golgi apparatus / Attachment and Entry / learning or memory / immune response
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Nucleoprotein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Yuan, P. / Wu, D.C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32270995 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100985 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into clonal restriction and diversity in T cell recognition of two immunodominant SARS-CoV-2 nucleocapsid epitopes.
著者: Yuan, P. / Chen, G. / Li, Y. / Liu, X. / Saravanakumar, S. / Zhao, J. / Ji, Q. / Wang, H. / Lin, Y.W. / Elbahnasawy, M. / Weng, N.P. / Pierce, B.G. / Mariuzza, R.A. / Wu, D.
履歴
登録2024年8月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年1月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Nucleoprotein
D: SPR epitope specific TCR CLB1 ALPHA
E: SPR epitope specific TCR CLB1 BETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6225
ポリマ－95,6225
非ポリマー00
水13,007722
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.105, 102.725, 160.147
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Human leukocyte antigen B / HLA-B


分子量: 32093.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01889
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
SPR epitope specific TCR CLB1 ... , 2種, 2分子 DE

#4: タンパク質 SPR epitope specific TCR CLB1 ALPHA


分子量: 22687.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#5: タンパク質 SPR epitope specific TCR CLB1 BETA


分子量: 27666.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 723分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N


分子量: 1295.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC9
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 722 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M ammonium citrate dibasic, and 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→48.9 Å / Num. obs: 61913 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 10.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.04→2.11 Å / Num. unique obs: 6115 / CC1/2: 0.782

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.04→48.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 4.723 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23157 3093 5 %RANDOM
Rwork0.18745 ---
obs0.18967 58820 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.044 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.14 Å2-0 Å20 Å2
2--0.34 Å2-0 Å2
3----1.48 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.04→48.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6586 0 0 722 7308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0196765
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7661.9359195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.866314012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0825811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.20523.739353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.596151087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1141554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2961
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021668
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7972.9293262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7972.9293261
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0414.3754067
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.044.3764068
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6073.3363503
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6063.3373504
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6284.8365129
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.26925.0038156
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.03224.4057785
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.093 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 220 -
Rwork0.255 4319 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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