PDB-9j4l: Crystal structure of GH9l Inulin fructotransferases (IFTase)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j4l

タイトル

Crystal structure of GH9l Inulin fructotransferases (IFTase)

要素

DFA-III-forming inulin fructotransferase

キーワード

CARBOHYDRATE / fructotransferases

機能・相同性

機能・相同性情報

inulin fructotransferase (DFA-III-forming) / inulin fructotransferase (DFA-III-forming) activity / transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Paenarthrobacter aurescens (バクテリア)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Chen, G. / Wang, Z.X. / Yang, Y.Q. / Li, Y.G. / Zhang, T. / Ouyang, S.Y. / Zhang, L. / Chen, Y. / Ruan, X.L. / Miao, M.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
Chinese Academy of Sciences	2018YFC1602101	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31972029	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31770948	中国

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Elucidation of the mechanism underlying the sequential catalysis of inulin by fructotransferase.
著者: Chen, G. / Wang, Z.X. / Yang, Y. / Li, Y. / Zhang, T. / Ouyang, S. / Zhang, L. / Chen, Y. / Ruan, X. / Miao, M.

履歴

登録	2024年8月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j4l.cif.gz	229.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j4l.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j4l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/9j4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/9j4l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9j4iC 9j4jC 9j4kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: DFA-III-forming inulin fructotransferase

B: DFA-III-forming inulin fructotransferase

C: DFA-III-forming inulin fructotransferase

130 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.680, 167.680, 85.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	DFA-III-forming inulin fructotransferase 分子量: 43214.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paenarthrobacter aurescens (バクテリア) 遺伝子: ift / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: F8QV43, inulin fructotransferase (DFA-III-forming)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Tris (pH 8.5),and 25% (w/v) polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→19.95 Å / Num. obs: 73905 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.7 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 9.58
反射シェル	解像度: 2.15→2.21 Å / Num. unique obs: 9303 / CC_1/2: 0.512

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
RESOLVE		モデル構築
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.15→9.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.184 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	3724	5.039 %
R_work	0.205	70181	-
all	0.206	-	-
obs	-	73905	99.038 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.252 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.026 Å²	0.013 Å²	0 Å²
2-	-	0.026 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.085 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→9.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9080	0	0	0	9080

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	9272
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.015	8649
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.863	1.639	12625
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.412	1.578	19889
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.044	5	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.369	22.398	467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.791	15	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.367	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.139	0.2	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	10785
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.014	0.02	2117
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	1617
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.243	0.2	8669
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	4463
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	4641
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	203
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.035	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.138	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.257	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.082	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.03	2.218	4836
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.029	2.218	4835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.737	3.318	6038
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.737	3.318	6039
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.117	2.368	4436
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.116	2.368	4437
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.966	3.475	6587
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.966	3.475	6588
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.696	25.984	9395
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.697	25.985	9396

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.205	0.333	238	0.289	4727	X-RAY DIFFRACTION	91.2852
2.205-2.265	0.267	256	0.257	4914	X-RAY DIFFRACTION	97.8796
2.265-2.33	0.3	280	0.247	4868	X-RAY DIFFRACTION	99.8061
2.33-2.4	0.295	237	0.246	4761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.478	0.251	249	0.233	4622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.478-2.563	0.26	218	0.222	4464	X-RAY DIFFRACTION	100
2.563-2.659	0.254	219	0.233	4342	X-RAY DIFFRACTION	99.9781
2.659-2.765	0.248	223	0.217	4153	X-RAY DIFFRACTION	100
2.765-2.885	0.245	211	0.212	3968	X-RAY DIFFRACTION	100
2.885-3.023	0.25	203	0.21	3805	X-RAY DIFFRACTION	99.9751
3.023-3.183	0.238	220	0.199	3636	X-RAY DIFFRACTION	99.9741
3.183-3.37	0.211	195	0.201	3444	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.596	0.218	185	0.18	3225	X-RAY DIFFRACTION	99.9414
3.596-3.873	0.195	165	0.175	3036	X-RAY DIFFRACTION	100
3.873-4.227	0.198	138	0.174	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
4.227-4.7	0.167	129	0.154	2577	X-RAY DIFFRACTION	99.8524
4.7-5.377	0.196	136	0.166	2263	X-RAY DIFFRACTION	99.9583
5.377-6.469	0.261	91	0.221	1977	X-RAY DIFFRACTION	100
6.469-8.703	0.21	66	0.203	1575	X-RAY DIFFRACTION	99.9391
8.703-9.62	0.21	65	0.197	1013	X-RAY DIFFRACTION	99.7225

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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