PDB-9j4k: Crystal structure of GH9l Inulinfructotransferases (IFTase) in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j4k

タイトル

Crystal structure of GH9l Inulinfructotransferases (IFTase) in complex with GF2

要素

DFA-III-forming inulin fructotransferase

キーワード

CARBOHYDRATE / IFTase / catalytic pathway / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

inulin fructotransferase (DFA-III-forming) / inulin fructotransferase (DFA-III-forming) activity / transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Paenarthrobacter aurescens (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.201 Å

データ登録者

Chen, G. / Wang, Z.X. / Yang, Y.Q. / Li, Y.G. / Zhang, T. / Ouyang, S.Y. / Zhang, L. / Chen, Y. / Ruan, X.L. / Miao, M.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
Chinese Academy of Sciences	2018YFC1602101	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31972029	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31770948	中国

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Elucidation of the mechanism underlying the sequential catalysis of inulin by fructotransferase.
著者: Chen, G. / Wang, Z.X. / Yang, Y. / Li, Y. / Zhang, T. / Ouyang, S. / Zhang, L. / Chen, Y. / Ruan, X. / Miao, M.

履歴

登録	2024年8月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j4k.cif.gz	257.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j4k.ent.gz	199.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j4k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/9j4k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/9j4k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9j4iC 9j4jC 9j4lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: DFA-III-forming inulin fructotransferase

B: DFA-III-forming inulin fructotransferase

C: DFA-III-forming inulin fructotransferase

ヘテロ分子

133 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.580, 167.580, 85.478
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質

DFA-III-forming inulin fructotransferase

分子量: 43214.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Paenarthrobacter aurescens (バクテリア)
遺伝子: ift / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: F8QV43, inulin fructotransferase (DFA-III-forming)

#2: 多糖

beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: 1-kestose

記述子	タイプ	プログラム
DFrufb2-1DFrufb2-1DGlcpa	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][ha122h-2b_2-5]/1-2-2/a1-b2_b1-c2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate monohydrate 0.1 M Tris (pH 8.5) 25% (w/v) polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 69363 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 23.48
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / R_merge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique obs: 3469

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.201→48.423 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 3.527 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.16 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1843	3508	5.062 %
R_work	0.1462	65788	-
all	0.148	-	-
obs	-	69296	99.885 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.899 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.018 Å²	-0.009 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.018 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.059 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.201→48.423 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9081	0	204	547	9832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	9519
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	8844
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.433	1.67	12963
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.221	1.603	20364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.203	5	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.824	22.215	474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.129	15	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.72	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10821
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2133
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.185	0.2	1639
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	8760
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.149	0.2	4546
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	4532
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	583
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.03	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.11	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.249	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.569	3.463	4839
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.567	3.463	4838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.21	5.192	6045
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.21	5.193	6046
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.99	3.749	4680
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.988	3.749	4680
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.889	5.547	6915
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.889	5.548	6916
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.184	42.023	9924
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.124	41.794	9837

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.201-2.258	0.19	259	0.138	4838	X-RAY DIFFRACTION	99.6286
2.258-2.32	0.18	245	0.135	4730	X-RAY DIFFRACTION	99.9197
2.32-2.387	0.199	230	0.145	4598	X-RAY DIFFRACTION	99.8759
2.387-2.461	0.195	246	0.143	4443	X-RAY DIFFRACTION	99.8935
2.461-2.541	0.199	223	0.144	4340	X-RAY DIFFRACTION	99.8468
2.541-2.63	0.191	229	0.142	4161	X-RAY DIFFRACTION	99.8862
2.63-2.73	0.212	195	0.161	4052	X-RAY DIFFRACTION	99.9294
2.73-2.841	0.215	211	0.16	3914	X-RAY DIFFRACTION	99.9758
2.841-2.967	0.212	207	0.151	3703	X-RAY DIFFRACTION	99.8723
2.967-3.112	0.2	190	0.156	3567	X-RAY DIFFRACTION	100
3.112-3.281	0.197	180	0.15	3413	X-RAY DIFFRACTION	99.9722
3.281-3.479	0.188	159	0.147	3240	X-RAY DIFFRACTION	99.9706
3.479-3.719	0.172	165	0.144	3019	X-RAY DIFFRACTION	99.9686
3.719-4.017	0.164	167	0.138	2795	X-RAY DIFFRACTION	99.7642
4.017-4.4	0.17	150	0.135	2594	X-RAY DIFFRACTION	99.8544
4.4-4.919	0.146	134	0.114	2354	X-RAY DIFFRACTION	99.9197
4.919-5.679	0.192	102	0.154	2095	X-RAY DIFFRACTION	99.9545
5.679-6.953	0.225	95	0.189	1772	X-RAY DIFFRACTION	100
6.953-9.821	0.183	79	0.151	1381	X-RAY DIFFRACTION	100
9.821-48.423	0.13	42	0.173	779	X-RAY DIFFRACTION	99.035

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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