PDB-9j4j: Crystal structure of GH9l Inulin fructotransferases(IFTase)incomp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j4j

タイトル

Crystal structure of GH9l Inulin fructotransferases(IFTase)incomplex with nystose(F3)

要素

DFA-III-forming inulin fructotransferase

キーワード

CARBOHYDRATE / IFTase / catalytic pathway / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

inulin fructotransferase (DFA-III-forming) / inulin fructotransferase (DFA-III-forming) activity / transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Paenarthrobacter aurescens (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.803 Å

データ登録者

Chen, G. / Wang, Z.X. / Yang, Y.Q. / Li, Y.G. / Zhang, T. / Ouyang, S.Y. / Zhang, L. / Chen, Y. / Ruan, X.L. / Miao, M.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
Chinese Academy of Sciences	2018YFC1602101	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31972029	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31770948	中国

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Elucidation of the mechanism underlying the sequential catalysis of inulin by fructotransferase.
著者: Chen, G. / Wang, Z.X. / Yang, Y. / Li, Y. / Zhang, T. / Ouyang, S. / Zhang, L. / Chen, Y. / Ruan, X. / Miao, M.

履歴

登録	2024年8月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j4j.cif.gz	247.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j4j.ent.gz	192.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j4j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9j4j_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9j4j_full_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示
XML形式データ	9j4j_validation.xml.gz	48.1 KB	表示
CIF形式データ	9j4j_validation.cif.gz	63.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/9j4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/9j4j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9j4iC 9j4kC 9j4lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: DFA-III-forming inulin fructotransferase

B: DFA-III-forming inulin fructotransferase

C: DFA-III-forming inulin fructotransferase

ヘテロ分子

134 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.642, 167.642, 85.297
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 17分子 ABC

#1: タンパク質	DFA-III-forming inulin fructotransferase 分子量: 43214.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paenarthrobacter aurescens (バクテリア) 遺伝子: ift / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: F8QV43, inulin fructotransferase (DFA-III-forming)
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
糖 , 4種, 8分子

#2: 多糖

beta-D-fructofuranose-(1-1)-beta-D-fructofuranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

#3: 多糖

beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: nystose

#4: 多糖

beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

#5: 糖

ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / Density meas: 53.91 Mg/m³ / 溶媒含有率: 53.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate monohydrate 0.1 M Tris (pH 8.5) 25% (w/v) polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 33668 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 11.22
反射シェル	解像度: 2.8→2.85 Å / R_merge(I) obs: 0.495 / Num. unique obs: 1682

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.803→48.441 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 10.101 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.322 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2079	1701	5.059 %
R_work	0.1582	31924	-
all	0.161	-	-
obs	-	33625	99.736 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.522 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.011 Å²	0.005 Å²	0 Å²
2-	-	0.011 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.034 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.803→48.441 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9081	0	293	14	9388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	9588
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	8880
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.772	1.682	13047
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.2	1.615	20451
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.325	5	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.315	22.372	468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.856	15	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.335	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10785
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	8863
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.154	0.2	4443
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	4918
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.147	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.235	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.871	3.24	4833
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.871	3.24	4832
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.892	4.859	6036
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.892	4.859	6037
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.428	3.564	4755
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.428	3.564	4755
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.588	5.271	7011
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.588	5.272	7012
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.091	38.887	9475
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.091	38.889	9476

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.803-2.876	0.288	112	0.149	2305	X-RAY DIFFRACTION	97.7751
2.876-2.955	0.198	133	0.146	2295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.955-3.04	0.236	95	0.153	2253	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.134	0.203	121	0.164	2146	X-RAY DIFFRACTION	100
3.134-3.237	0.2	121	0.151	2086	X-RAY DIFFRACTION	100
3.237-3.35	0.194	115	0.147	2034	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.477	0.219	96	0.149	1979	X-RAY DIFFRACTION	100
3.477-3.618	0.194	113	0.146	1876	X-RAY DIFFRACTION	100
3.618-3.779	0.244	94	0.141	1797	X-RAY DIFFRACTION	99.9472
3.779-3.964	0.208	91	0.15	1746	X-RAY DIFFRACTION	99.837
3.964-4.178	0.202	95	0.148	1661	X-RAY DIFFRACTION	99.8862
4.178-4.431	0.2	85	0.15	1553	X-RAY DIFFRACTION	99.939
4.431-4.737	0.151	67	0.134	1482	X-RAY DIFFRACTION	99.7424
4.737-5.116	0.192	81	0.143	1354	X-RAY DIFFRACTION	99.9304
5.116-5.603	0.207	69	0.156	1270	X-RAY DIFFRACTION	99.8509
5.603-6.263	0.203	61	0.195	1144	X-RAY DIFFRACTION	99.8343
6.263-7.23	0.268	57	0.214	1018	X-RAY DIFFRACTION	100
7.23-8.85	0.222	42	0.19	871	X-RAY DIFFRACTION	99.6725
8.85-12.492	0.215	34	0.197	680	X-RAY DIFFRACTION	99.8601
12.492-48.441	0.233	19	0.307	374	X-RAY DIFFRACTION	96.5602

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 17分子 ABC

-
糖 , 4種, 8分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 17分子 ABC

-糖 , 4種, 8分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 17分子 ABC

-
糖 , 4種, 8分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)