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万見
- PDB-9j48: GFP bound to 24-mer DARPin-apoferritin model 6c -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j48
タイトルGFP bound to 24-mer DARPin-apoferritin model 6c
要素
  • Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
  • Green fluorescent protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/LUMINESCENT PROTEIN / GFP / DARPin / apoferritin / scaffold / METAL BINDING PROTEIN-LUMINESCENT PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / autophagosome / bioluminescence / Iron uptake and transport / generation of precursor metabolites and energy / ferrous iron binding / iron ion transport / tertiary granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / intracellular iron ion homeostasis / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Green fluorescent protein, GFP ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein / Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Lu, X. / Yan, M. / Zhang, H.M. / Hao, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0906004 中国
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2025
タイトル: A large, general and modular DARPin-apoferritin scaffold enables the visualization of small proteins by cryo-EM.
著者: Xin Lu / Ming Yan / Yang Cai / Xi Song / Huan Chen / Mengtan Du / Zhenyi Wang / Jia'an Li / Liwen Niu / Fuxing Zeng / Quan Hao / Hongmin Zhang /
要旨: Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) has emerged as an indispensable technique in structural biology that is pivotal for deciphering protein architectures. However, the medium-sized ...Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) has emerged as an indispensable technique in structural biology that is pivotal for deciphering protein architectures. However, the medium-sized proteins (30-40 kDa) that are prevalent in both eukaryotic and prokaryotic organisms often elude the resolving capabilities of contemporary cryo-EM methods. To address this challenge, we engineered a scaffold strategy that securely anchors proteins of interest to a robust, symmetric base via a selective adapter. Our most efficacious constructs, namely models 4 and 6c, feature a designed ankyrin-repeat protein (DARPin) rigidly linked to an octahedral human apoferritin via a helical linker. By utilizing these large, highly symmetric scaffolds (∼1 MDa), we achieved near-atomic-resolution cryo-EM structures of green fluorescent protein (GFP) and maltose-binding protein (MBP), revealing nearly all side-chain densities of GFP and the distinct structural features of MBP. The modular design of our scaffold allows the adaptation of new DARPins through minor amino-acid-sequence modifications, enabling the binding and visualization of a diverse array of proteins. The high symmetry and near-spherical shape of the scaffold not only mitigates the prevalent challenge of preferred particle orientation in cryo-EM but also significantly reduces the demands of image collection and data processing. This approach presents a versatile solution, breaking through the size constraints that have traditionally limited single-particle cryo-EM.
履歴
登録2024年8月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
a: Green fluorescent protein
B: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
b: Green fluorescent protein
C: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
c: Green fluorescent protein
D: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
d: Green fluorescent protein
E: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
e: Green fluorescent protein
F: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
f: Green fluorescent protein
G: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
g: Green fluorescent protein
H: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
h: Green fluorescent protein
I: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
i: Green fluorescent protein
J: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
j: Green fluorescent protein
K: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
k: Green fluorescent protein
L: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
l: Green fluorescent protein
M: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
m: Green fluorescent protein
N: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
n: Green fluorescent protein
O: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
o: Green fluorescent protein
P: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
p: Green fluorescent protein
Q: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
q: Green fluorescent protein
R: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
r: Green fluorescent protein
S: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
s: Green fluorescent protein
T: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
t: Green fluorescent protein
V: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
v: Green fluorescent protein
W: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
w: Green fluorescent protein
X: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
x: Green fluorescent protein
Y: Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
y: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,677,42048
ポリマ－1,677,42048
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
Designed ankyrin repeat proteins,Ferritin heavy chain, N-terminally processed


分子量: 43268.602 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794
#2: タンパク質 ...
Green fluorescent protein


分子量: 26623.918 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: gfp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A059PIQ0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: GFP bound with the 24-mer DARPin-apoferritin scaffold
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTrisTris1
250 mMsodium chlorideNacl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 1.28 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 39

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC9.01粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC9.01CTF補正
7PHENIX1.16モデルフィッティング
9PHENIX1.16モデル精密化
10Coot0.9モデル精密化
11cryoSPARC9.01初期オイラー角割当
12cryoSPARC9.01最終オイラー角割当
13cryoSPARC9.01分類
14cryoSPARC9.01３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 750123
対称性点対称性: O (正8面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17397 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 3AJO

3ajo


Accession code: 3AJO / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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