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- PDB-9j3p: Human Pigment Epithelium-Derived Factor with Zinc Ions Crystalliz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j3p
タイトルHuman Pigment Epithelium-Derived Factor with Zinc Ions Crystallized in P2(1)2(1)2(1) Space Group
要素Pigment epithelium-derived factor
キーワードSIGNALING PROTEIN / metal-binding protein / neurotrophic factor / anti-tumorigenic factor
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to cobalt ion / ovulation cycle / response to peptide / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / axon hillock / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / response to acidic pH / response to arsenic-containing substance / short-term memory / positive regulation of neurogenesis ...cellular response to cobalt ion / ovulation cycle / response to peptide / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / axon hillock / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / response to acidic pH / response to arsenic-containing substance / short-term memory / positive regulation of neurogenesis / negative regulation of endothelial cell migration / basement membrane / cellular response to dexamethasone stimulus / cellular response to retinoic acid / negative regulation of angiogenesis / cellular response to glucose stimulus / kidney development / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of neuron projection development / melanosome / : / retina development in camera-type eye / negative regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pigment epithelium derived factor, serpin domain / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors
類似検索 - ドメイン・相同性
Pigment epithelium-derived factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Belousov, A.S. / Chistyakov, D.V. / Baksheeva, V.E. / Bulgakov, T.K. / Bukhdruker, S.S. / Zamyatnin, A.A. / Zinchenko, D.V. / Tsvetkov, P.O. / Permyakov, S.E. / Zernii, E.Y. / Borshchevskiy, V.I.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation21-15-00123 ロシア
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: A role of pigment epithelium-derived factor in zinc-mediated mechanism of neurodegeneration in glaucoma.
著者: Chistyakov, D.V. / Belousov, A.S. / Shevelyova, M.P. / Iomdina, E.N. / Baksheeva, V.E. / Shebardina, N.G. / Moysenovich, A.M. / Bulgakov, T.K. / Petrov, S.Y. / Shishkin, M.L. / Tulush, S.S. / ...著者: Chistyakov, D.V. / Belousov, A.S. / Shevelyova, M.P. / Iomdina, E.N. / Baksheeva, V.E. / Shebardina, N.G. / Moysenovich, A.M. / Bulgakov, T.K. / Petrov, S.Y. / Shishkin, M.L. / Tulush, S.S. / Tiulina, V.V. / Pogodina, E.I. / Gancharova, O.S. / Filippova, O.M. / Baldin, A.V. / Goriainov, S.V. / Nikolskaya, A.I. / Zalevsky, A.O. / Deviatkin, A.A. / Vologzhannikova, A.A. / Gorokhovets, N.V. / Litus, E.A. / Komarov, S.V. / Devred, F. / Sergeeva, M.G. / Mishin, A.V. / Bukhdruker, S.S. / Wu, L. / Araujo, E.A. / Zamyatnin Jr., A.A. / Senin, I.I. / Zinchenko, D.V. / Tsvetkov, P.O. / Borshchevskiy, V.I. / Permyakov, S.E. / Zernii, E.Y.
履歴
登録2024年8月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
改定 1.22025年10月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pigment epithelium-derived factor
B: Pigment epithelium-derived factor
C: Pigment epithelium-derived factor
D: Pigment epithelium-derived factor
E: Pigment epithelium-derived factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,72128
ポリマ－221,5575
非ポリマー2,16323
水11,854658
1
A: Pigment epithelium-derived factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7135
ポリマ－44,3111
非ポリマー4024
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pigment epithelium-derived factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8646
ポリマ－44,3111
非ポリマー5535
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Pigment epithelium-derived factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7306
ポリマ－44,3111
非ポリマー4195
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Pigment epithelium-derived factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6895
ポリマ－44,3111
非ポリマー3784
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Pigment epithelium-derived factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7246
ポリマ－44,3111
非ポリマー4125
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.234, 131.567, 227.831
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質
Pigment epithelium-derived factor / PEDF / Cell proliferation-inducing gene 35 protein / EPC-1 / Serpin F1


分子量: 44311.465 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINF1, PEDF, PIG35 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P36955
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000


分子量: 120.147 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 658 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.01 % / 解説: Diamond-shaped crystals of about 100 um.
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Sodium sulfate, 20 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 1.23984 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.23984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→19.95 Å / Num. obs: 129458 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 52.41 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 6.85
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.26 / Num. unique obs: 18717 / CC1/2: 0.11 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→19.95 Å / SU ML: 0.4003 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.9613
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2514 12480 5.09 %
Rwork0.217 232745 -
obs0.2187 129458 97.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14487 0 99 658 15244
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002915014
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.611920397
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04262388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00432579
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.08645614
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.120.45982950.4545415X-RAY DIFFRACTION67.53
2.12-2.150.43242840.44275866X-RAY DIFFRACTION74.49
2.15-2.170.42464680.42667442X-RAY DIFFRACTION93.63
2.17-2.20.40194160.41577679X-RAY DIFFRACTION97.31
2.2-2.230.37934440.4087713X-RAY DIFFRACTION97.14
2.23-2.260.45194050.42317888X-RAY DIFFRACTION99.07
2.26-2.290.34764120.37377915X-RAY DIFFRACTION99.57
2.29-2.330.36314040.35527977X-RAY DIFFRACTION99.81
2.33-2.360.3484320.34447918X-RAY DIFFRACTION99.96
2.36-2.40.33824700.33937939X-RAY DIFFRACTION99.94
2.4-2.440.34254090.32817941X-RAY DIFFRACTION99.8
2.44-2.490.31954470.31897950X-RAY DIFFRACTION99.87
2.49-2.540.34074640.31577880X-RAY DIFFRACTION99.96
2.54-2.590.31873880.29687925X-RAY DIFFRACTION99.89
2.59-2.640.32074720.2857982X-RAY DIFFRACTION99.86
2.64-2.710.29254190.27347893X-RAY DIFFRACTION99.87
2.71-2.770.28934630.27097944X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.850.32044630.27127990X-RAY DIFFRACTION99.89
2.85-2.930.31334420.2677827X-RAY DIFFRACTION99.96
2.93-3.030.29944340.25747949X-RAY DIFFRACTION99.99
3.03-3.130.28884040.2497969X-RAY DIFFRACTION99.98
3.13-3.260.25434010.23467967X-RAY DIFFRACTION99.96
3.26-3.410.27914110.22397965X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.590.273850.20518010X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.810.20954110.1927934X-RAY DIFFRACTION100
3.81-4.10.22554050.17368014X-RAY DIFFRACTION100
4.1-4.510.18854130.15257953X-RAY DIFFRACTION99.99
4.51-5.150.17933650.14198013X-RAY DIFFRACTION99.95
5.15-6.450.18694500.1697893X-RAY DIFFRACTION100
6.45-19.950.19414040.15977994X-RAY DIFFRACTION99.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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